Transkriptomisk tilgang til identifikation og prioritering af genomvarianter i neuroudviklingsforstyrrelser med misdannelse (ATOMICS)
Tre millioner mennesker i Frankrig er ramt af sjældne sygdomme. Blandt de 7000 forskellige sygdomme, der identificeres i dag, er neuroudviklingsforstyrrelser de vigtigste symptomer, der findes interessante 35.000 fødsler hvert år, ifølge den franske sundhedsmyndighed. I halvdelen af disse tilfælde er patienterne under 5 år, og en molekylær diagnose er kun tilgængelig hos 50 % af dem, forbundet med en diagnostisk vandring på over 5 år for 25 % af alle patienter.
High throughput DNA-sekventeringsteknologier er kraftfulde værktøjer til at belyse nye årsagsvarianter. Selvom det diagnostiske udbytte blev forfinet af DNA-seq, er datafortolkning og teknologiske grænser fortsat de to store forhindringer, som stadig skal overvindes. Manglende molekylær diagnose gennem en genomisk tilgang alene fremhæver behovet for at integrere multi-omiske tilgange såsom ribonukleinsyre-sekventering. Dette sekventeringsniveau tillader ny indsigt, såsom beviser for afvigende genekspression, mono-allel-ekspression eller unormal alternativ splejsning. Det gør det også muligt at detektere varianter, som ikke er i stand til kun at blive fundet via genomsekventering.
For nylig er en diagnostisk præstationsforbedring blevet beskrevet gennem foreningen af de to teknikker, dvs. Ribonukleinsyre-sekventering og genomsekventering i en sammenhæng med neuromuskulære sygdomme. Der blev dog kun udført få undersøgelser af neuroudviklingsforstyrrelser ud over misdannelsesegenskaber. Vi demonstrerede ved udgangen af 2022 en forbedring af diagnostiske resultater ved at bære genomsekventering plus Ribonucleic Acid-seq på samme tid på patient med tidligere exome negativ analyse. Desuden i 2023, Dekker et al. arbejdet kastede lys over en diagnostisk udbytteforbedring via det samme analytiske skema.
I lyset af disse første observationer har vores undersøgelse til formål at evaluere det diagnostiske bidrag af Ribonucleic Acid-seq parret med genomsekventering på en trio-måde versus genom-sekventering på en solo-måde, for at identificere en endelig diagnose for patient, der præsenterer neuroudviklingsforstyrrelser med udviklingsmæssige abnormiteter og uden en klar diagnose efter kromosommikroarray og/eller exom-sekventering analyse.
For at gennemføre vores undersøgelse med succes planlægger vi at rekruttere patient i en protokol, der vurderes med minimal risiko og minimale begrænsninger, for at sammenligne Ribonucleic Acid-seq udført på fibroblaster, udover genomsekventering på en solo- eller en trio-måde, med trio-genom-sekventering alene med det endelige mål for øje at opnå en ætiologisk diagnostik for en patient, der præsenterer sig med neuro-udviklingsforstyrrelser og udviklingsabnormiteter.
Studieoversigt
Status
Intervention / Behandling
Undersøgelsestype
Tilmelding (Anslået)
Fase
- Ikke anvendelig
Kontakter og lokationer
Studiekontakt
- Navn: Estelle COLIN, MD, PhD
- Telefonnummer: 02 41 35 36 37
- E-mail: estelle.colin@chu-angers.fr
Studiesteder
-
-
-
Angers, Frankrig
- Rekruttering
- University Hospital of Angers
-
Kontakt:
- Estelle Colin
-
Brest, Frankrig
- Rekruttering
- University Hospital of Brest
-
Kontakt:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
-
Le Mans, Frankrig
- Rekruttering
- Le Mans Hospital Center
-
Kontakt:
- Radka STOEVA
-
Nantes, Frankrig
- Ikke rekrutterer endnu
- University Hospital of Nantes
-
Kontakt:
- Bertrand ISIDOR
-
Rennes, Frankrig
- Rekruttering
- University Hospital of Rennes
-
Kontakt:
- Sylvie ODENT
-
Tours, Frankrig
- Ikke rekrutterer endnu
- University Hospital of Tours
-
Vannes, Frankrig
- Ikke rekrutterer endnu
- Vannes Hospital Center
-
Kontakt:
- Florence DEMURGER
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Barn
- Voksen
- Ældre voksen
Tager imod sunde frivillige
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- børn eller voksne uden nogen aldersgrænse, med neuroudviklingsforstyrrelser defineret ved:
- mellem 0 og 5 år med alvorlige udviklingsforsinkelser vedrørende motoriske og/eller sprogtilegnelser og/eller sociale kommunikationsforstyrrelser,
- > 6 år gammel med intellektuel mangel uanset sværhedsgraden (med neuropsykologisk evaluering, hvis den er tilgængelig), med potentielle tilknyttede manifestationer som epilepsi og/eller autisme og/eller adfærdsproblemer og/eller opmærksomhedsforstyrrelser med hyperaktivitet;
- med udviklingsmæssige anomalier og/eller dimorfi;
- uden bevis for klinisk diagnose
- negativ kromosomal mikroarray og/eller exom-sekventering
- negativt fragilt X-syndrom
- mulig hudbiopsi eller RNA-prøve ekstraheret fra fibroblastkultur, tilgængelig til brug i forskningssammenhæng inde i laboratoriecentret
- samtykke indhentet fra deltageren eller samtykke fra juridiske repræsentanter for en mindreårig patient eller en patient, der ikke kan give sit samtykke
- deltager, der er tilsluttet det franske sikkerhedsregime eller tilsvarende
Ekskluderingskriterier:
- Neuroudviklingsforstyrrelser med udviklingsmæssige anomalier fra ikke-genetiske årsager eller meget indlysende diagnose, for hvilke en molekylær test er tilgængelig i rutinepraksis, og hvis omkostninger er ringere end omkostningerne ved genomet og RNA-sekventeringen
- manglende vilje til at deltage, fra patienten eller fra de juridiske repræsentanter
- Gravide eller ammende kvinder
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Primært formål: Diagnostisk
- Tildeling: Ikke-randomiseret
- Interventionel model: Parallel tildeling
- Maskning: Ingen (Åben etiket)
Våben og indgreb
Deltagergruppe / Arm |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Andet: RNA-sekventering og trio-helgenom-sekventering
Hvert indekstilfælde vil blive analyseret gennem RNA-sekventering og trio-helgenom-sekventering.
Biologerne med ansvar for datafortolkning i denne arm vil have adgang til alle data.
|
Patienten behøver ikke at være blind
|
|
Andet: Kun genomsekventeringstrio
Hvert indekstilfælde vil blive analyseret gennem RNA-sekventering og trio-helgenom-sekventering.
I denne arm vil de biologer, der er ansvarlige for datafortolkning imidlertid blive blindet fra RNA-sekventeringsresultater
|
Patienten behøver ikke at være blind
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Sammenlign interessen for RNA-sekventering ud over en genomsekventering i trio versus en genomsekventeringstrio-analyse udført alene for at identificere den ætiologiske diagnose af patient med neuro-udviklingsforstyrrelser og udviklingsabnormiteter
Tidsramme: 12 måneder
|
At sammenligne interessen for RNA-sekventering, udført i fibroblaster ud over en genomsekventering i trio, versus en genomsekventering-trio-analyse udført alene, for at identificere den ætiologiske diagnose af patient med neuroudviklingsforstyrrelser og udviklingsmæssige abnormiteter, uden nogen åbenlys klinisk diagnose a priori og uden noget identificeret resultat efter kromosomalt mikroarray og/eller solo eller trio exome sekventering Antal klasse 4 eller klasse 5 (ifølge American College of Medical Genetics klassifikation) varianter, der er nyligt identificeret og tillader en diagnose for at forklare patientens symptomer, efter RNA-sekventering + genomsekventering-trio, vs genomsekventeringstrio alene.
|
12 måneder
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Primær færdiggørelse (Anslået)
Studieafslutning (Anslået)
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Anden identifikator: ANSM)
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .