Transkriptomisk tilnærming for identifisering og prioritering av genomvarianter ved nevroutviklingsforstyrrelser med misdannelse (ATOMICS)
Tre millioner mennesker i Frankrike er rammet av sjeldne sykdommer. Blant de 7000 forskjellige sykdommene som er identifisert i dag, er nevroutviklingsforstyrrelser de viktigste symptomene funnet interessant 35 000 fødsel hvert år, ifølge den franske helsemyndigheten. I halvparten av disse tilfellene er pasientene under 5 år og en molekylær diagnose er bare tilgjengelig hos 50 % av dem, assosiert med en diagnostisk vandring som overstiger 5 år for 25 % av alle pasienter.
DNA-sekvenseringsteknologier med høy gjennomstrømning er kraftige verktøy for å belyse nye årsaksvarianter. Selv om det diagnostiske utbyttet ble raffinert med DNA-seq, er datatolkning og teknologigrenser fortsatt de to store hindringene som fortsatt må overvinnes. Å savne en molekylær diagnose gjennom en genomisk tilnærming alene fremhever behovet for å integrere multiomiske tilnærminger som ribonukleinsyresekvensering. Dette sekvenseringsnivået tillater ny innsikt som bevis på avvikende genuttrykk, mono-allelekspresjon eller unormal alternativ spleising. Det gjør det også mulig å oppdage varianter som ikke er i stand til å bli funnet kun via genomsekvensering.
Nylig har en diagnostisk ytelsesforbedring blitt beskrevet gjennom assosiasjonen av de to teknikkene, dvs. Ribonukleinsyre-sekvens og genomsekvensering, i en sammenheng med nevromuskulære sykdommer. Imidlertid ble det kun utført få studier på nevroutviklingsforstyrrelser i tillegg til misdannelser. Vi demonstrerte innen utgangen av 2022, en forbedring av diagnostiske resultater ved å bære genomsekvensering pluss ribonukleinsyre-seq på samme tid på pasient med tidligere eksom negativ analyse. Dessuten i 2023, Dekker et al. arbeidet belyste en diagnostisk avkastningsforbedring via det samme analytiske skjemaet.
I møte med de første observasjonene, tar vår studie sikte på å evaluere det diagnostiske bidraget til Ribonucleic Acid-seq paret med genomsekvensering på en trio måte versus genomsekvensering på en solo måte, for å identifisere en endelig diagnose for pasienter med nevroutviklingsforstyrrelser med utviklingsavvik og uten en klar diagnose etter kromosommikroarray og/eller eksomsekvensering analyse.
For å lykkes med å gjennomføre studien vår planlegger vi å rekruttere pasient i en protokoll vurdert med minimal risiko og minimale begrensninger, for å sammenligne Ribonucleic Acid-seq utført på fibroblaster, i tillegg til genomsekvensering på en solo- eller en trio-måte, med trio-genomsekvensering alene, med det endelige målet i tankene å få en etiologisk diagnostikk for en pasient som har nevroutviklingsforstyrrelser og utviklingsavvik.
Studieoversikt
Status
Intervensjon / Behandling
Studietype
Registrering (Antatt)
Fase
- Ikke aktuelt
Kontakter og plasseringer
Studiekontakt
- Navn: Estelle COLIN, MD, PhD
- Telefonnummer: 02 41 35 36 37
- E-post: estelle.colin@chu-angers.fr
Studiesteder
-
-
-
Angers, Frankrike
- Rekruttering
- University Hospital of Angers
-
Ta kontakt med:
- Estelle Colin
-
Brest, Frankrike
- Rekruttering
- University Hospital of Brest
-
Ta kontakt med:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
-
Le Mans, Frankrike
- Rekruttering
- Le Mans Hospital Center
-
Ta kontakt med:
- Radka STOEVA
-
Nantes, Frankrike
- Har ikke rekruttert ennå
- University Hospital of Nantes
-
Ta kontakt med:
- Bertrand ISIDOR
-
Rennes, Frankrike
- Rekruttering
- University Hospital of Rennes
-
Ta kontakt med:
- Sylvie ODENT
-
Tours, Frankrike
- Har ikke rekruttert ennå
- University Hospital of Tours
-
Vannes, Frankrike
- Har ikke rekruttert ennå
- Vannes Hospital Center
-
Ta kontakt med:
- Florence DEMURGER
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Barn
- Voksen
- Eldre voksen
Tar imot friske frivillige
Beskrivelse
Inkluderingskriterier:
- barn eller voksne uten noen aldersgrense, med nevroutviklingsforstyrrelser definert av:
- mellom 0 og 5 år med alvorlige utviklingsforsinkelser angående motoriske og/eller språktilegnelser, og/eller sosiale kommunikasjonsforstyrrelser,
- > 6 år gammel med intellektuell svikt uansett alvorlighetsgrad (med hvis tilgjengelig, nevropsykologisk evaluering), med potensielle assosierte manifestasjoner som epilepsi og/eller autisme, og/eller atferdsproblemer og/eller oppmerksomhetssvikt hyperaktivitetsforstyrrelse;
- med utviklingsmessige anomalier og/eller dimorfisme;
- uten bevis for klinisk diagnose
- negativ kromosomal mikroarray og/eller eksomsekvensering
- negativt skjørt X-syndrom
- mulig hudbiopsi eller RNA-prøve ekstrahert fra fibroblastkultur, tilgjengelig for bruk i forskningssammenheng i laboratoriesenteret
- samtykke innhentet fra deltakeren eller, samtykke fra juridiske representanter for en mindreårig pasient eller en pasient som ikke kan samtykke
- deltaker tilknyttet det franske sikkerhetsregimet eller tilsvarende
Ekskluderingskriterier:
- Nevroutviklingsforstyrrelser med utviklingsavvik fra ikke-genetiske årsaker eller svært åpenbar diagnose der en molekylær test er tilgjengelig i rutinepraksis og hvor kostnadene er lavere enn kostnadene for genomet og RNA-sekvenseringen
- manglende vilje til å delta, fra pasienten eller fra de juridiske representantene
- Gravide eller ammende kvinner
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Primært formål: Diagnostisk
- Tildeling: Ikke-randomisert
- Intervensjonsmodell: Parallell tildeling
- Masking: Ingen (Open Label)
Våpen og intervensjoner
Deltakergruppe / Arm |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Annen: RNA-sekvensering og trio-helgenomsekvensering
Hvert indekstilfelle vil bli analysert gjennom RNA-sekvensering og trio-helgenomsekvensering.
Biologene med ansvar for datatolking i denne armen vil ha tilgang til alle data.
|
Pasienten trenger ikke å bli blindet
|
|
Annen: Bare genomsekvenseringstrio
Hvert indekstilfelle vil bli analysert gjennom RNA-sekvensering og trio-helgenomsekvensering.
I denne armen vil imidlertid biologene med ansvar for datatolkning bli blindet fra RNA-sekvenseringsresultater
|
Pasienten trenger ikke å bli blindet
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Sammenlign interessen for RNA-sekvensering i tillegg til en genomsekvensering i trio, versus en genomsekvenseringstrioanalyse utført alene, for å identifisere den etiologiske diagnosen til pasient med nevroutviklingsforstyrrelser og utviklingsavvik
Tidsramme: 12 måneder
|
For å sammenligne interessen for RNA-sekvensering, utført i fibroblaster i tillegg til en genomsekvensering i trio, versus en genomsekvensering-trio-analyse utført alene, for å identifisere den etiologiske diagnosen til pasient med nevroutviklingsforstyrrelser og utviklingsavvik, uten noen åpenbare kliniske diagnose a priori, og uten noe identifisert resultat etter kromosomal mikroarray og/eller solo eller trio exome sekvensering Antall klasse 4 eller klasse 5 (i henhold til American College of Medical Genetics klassifisering) varianter som nylig er identifisert og tillater en diagnose for å forklare pasientens symptomer, etter RNA-sekvensering + genomsekvensering-trio, vs genomsekvenseringstrio alene.
|
12 måneder
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Antatt)
Studiet fullført (Antatt)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Annen identifikator: ANSM)
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .