Transkriptominen lähestymistapa genomimuunnelmien tunnistamiseksi ja priorisoimiseksi epämuodostumiin liittyvissä neurokehityshäiriöissä (ATOMICS)
Ranskassa kolme miljoonaa ihmistä kärsii harvinaisista sairauksista. Ranskan terveysviranomaisen mukaan hermoston kehityshäiriöt ovat tärkeimmät oireet, joita pidetään kiinnostavina 35 000 synnytyksessä joka vuosi niiden 7000 erilaisen sairauden keskellä, joita nykyään tunnistetaan. Puolessa näistä tapauksista potilaat ovat alle 5-vuotiaita ja molekyylidiagnoosi on saatavilla vain 50 prosentilla heistä, mikä liittyy yli 5 vuoden diagnostiseen vaeltamaan 25 prosentilla kaikista potilaista.
Suuren suorituskyvyn DNA-sekvensointitekniikat ovat tehokkaita työkaluja uusien kausatiivisten varianttien selvittämiseen. Vaikka DNA-seq tarkisti diagnostista saantoa, tiedon tulkinta ja teknologian rajat ovat edelleen kaksi suurinta estettä, jotka on vielä voitettava. Molekyylidiagnoosin puuttuminen pelkän genomisen lähestymistavan kautta korostaa tarvetta integroida monialaisia lähestymistapoja, kuten ribonukleiinihapposekvensointi. Tämä sekvensointitaso mahdollistaa uuden näkemyksen, kuten todisteet poikkeavasta geeniekspressiosta, monoalleelisesta alleeliekspressiosta tai epänormaalista vaihtoehtoisesta silmukoitumisesta. Se mahdollistaa myös sellaisten varianttien havaitsemisen, joita ei voida löytää vain genomisekvenssin avulla.
Äskettäin on kuvattu diagnostisen suorituskyvyn parannusta näiden kahden tekniikan yhdistämisen kautta, ts. Ribonukleiinihapposekvenssi ja genomin sekvensointi neuromuskulaaristen sairauksien yhteydessä. Kuitenkin vain muutamia tutkimuksia tehtiin hermoston kehityshäiriöistä epämuodostumien piirteiden lisäksi. Vuoden 2022 loppuun mennessä osoitimme diagnostisten tulosten parantamisen suorittamalla genomisekvenssin ja ribonukleiinihapposeq:n samanaikaisesti potilaalla, jolla oli aiemmin negatiivinen exome-analyysi. Lisäksi vuonna 2023 Dekker et al. työ valaisi diagnostisen tuoton parantamisen saman analyyttisen kaavion avulla.
Näiden ensimmäisten havaintojen valossa tutkimuksemme tavoitteena on arvioida ribonukleiinihapposeq:n diagnostista panosta genomin sekvensointiin kolmimenetelmällä verrattuna genomin sekvensointiin yksinään, jotta löydettäisiin lopullinen diagnoosi potilaalle, jolla on hermoston kehityshäiriöitä. kehityshäiriöitä ja ilman selvää diagnoosia kromosomimikrosiru- ja/tai exome-sekvensointianalyysin jälkeen.
Suorittaaksemme tutkimuksemme onnistuneesti aiomme rekrytoida potilaan minimiriskin ja minimaalisin rajoituksin harkittuun protokollaan, verrata fibroblasteille suoritettua ribonukleiinihapposekvenssiä genomin sekvensoinnin lisäksi yksin tai trio-menetelmällä triogenomisekvensointiin. yksin, lopullisena tavoitteena saada etiologinen diagnoosi potilaalle, jolla on hermoston kehityshäiriöitä ja kehityshäiriöitä.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Estelle COLIN, MD, PhD
- Puhelinnumero: 02 41 35 36 37
- Sähköposti: estelle.colin@chu-angers.fr
Opiskelupaikat
-
-
-
Angers, Ranska
- Rekrytointi
- University Hospital of Angers
-
Ottaa yhteyttä:
- Estelle Colin
-
Brest, Ranska
- Rekrytointi
- University Hospital of Brest
-
Ottaa yhteyttä:
- Séverine AUDEBERT-BELLANGER
-
Le Mans, Ranska
- Rekrytointi
- Le Mans Hospital Center
-
Ottaa yhteyttä:
- Radka STOEVA
-
Nantes, Ranska
- Ei vielä rekrytointia
- University Hospital of Nantes
-
Ottaa yhteyttä:
- Bertrand ISIDOR
-
Rennes, Ranska
- Rekrytointi
- University Hospital of Rennes
-
Ottaa yhteyttä:
- Sylvie ODENT
-
Tours, Ranska
- Ei vielä rekrytointia
- University Hospital of Tours
-
Vannes, Ranska
- Ei vielä rekrytointia
- Vannes Hospital Center
-
Ottaa yhteyttä:
- Florence DEMURGER
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällön kriteerit:
- lapset tai aikuiset ilman ikärajaa, joilla on hermoston kehityshäiriöitä, jotka määrittelevät:
- 0–5-vuotiaat, joilla on vakavia motorisia ja/tai kielen taitoja ja/tai sosiaalisia kommunikaatiohäiriöitä koskevia kehitysviiveitä,
- > 6-vuotiaat, joilla on vakavuudesta riippumatta älyllinen puutos (jos saatavilla, neuropsykologinen arviointi), johon liittyy mahdollisia ilmenemismuotoja, kuten epilepsia ja/tai autismi ja/tai käyttäytymishäiriöt ja/tai tarkkaavaisuus-hyperaktiivisuushäiriö;
- joilla on kehityshäiriöitä ja/tai dimorfia;
- ilman näyttöä kliinisestä diagnoosista
- negatiivinen kromosomaalinen mikrosiru ja/tai eksomisekvensointi
- negatiivinen hauras X-oireyhtymä
- ihobiopsia mahdollista tai fibroblastiviljelmästä uutettu RNA-näyte, jota voidaan käyttää tutkimuskontekstissa laboratoriokeskuksessa
- osallistujalta saatu suostumus tai alaikäisen potilaan tai suostumuskyvyttömän potilaan laillisten edustajien suostumus
- osallistuja, joka kuuluu ranskalaiseen turvajärjestelmään tai vastaavaan
Poissulkemiskriteerit:
- Neurokehityshäiriöt, joihin liittyy ei-geneettisistä syistä johtuvia kehityshäiriöitä tai erittäin ilmeinen diagnoosi, joille on saatavilla molekyylitesti rutiinikäytännöissä ja joiden kustannukset ovat alhaisemmat kuin genomin ja RNA-sekvensoinnin kustannukset
- haluttomuus osallistua, potilas tai lailliset edustajat
- Raskaana oleville tai imettäville naisille
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei satunnaistettu
- Inventiomalli: Rinnakkaistehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Muut: RNA-sekvensointi ja trion koko genomin sekvensointi
Jokainen indeksitapaus analysoidaan RNA-sekvensoinnilla ja trio koko genomin sekvensoinnilla.
Tietojen tulkinnasta vastaavat biologit pääsevät käsiksi kaikkiin tietoihin.
|
Potilaan ei tarvitse olla sokea
|
|
Muut: Vain genomin sekvensointikolmio
Jokainen indeksitapaus analysoidaan RNA-sekvensoinnilla ja trio koko genomin sekvensoinnilla.
Tässä haarassa datan tulkinnasta vastaavat biologit ovat kuitenkin sokeita RNA-sekvensointituloksista.
|
Potilaan ei tarvitse olla sokea
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Vertaa RNA-sekvensoinnin mielenkiintoa genomin sekvensoinnin lisäksi trio-analyysiin verrattuna yksin suoritettuun genomin sekvensointitrio-analyysiin, jotta voidaan tunnistaa hermoston kehityshäiriöitä ja kehityspoikkeavuuksia sairastavan potilaan etiologinen diagnoosi
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Vertaa RNA-sekvensoinnin mielenkiintoa, joka suoritetaan fibroblasteille genomin sekvensoinnin lisäksi triossa, verrattuna yksin suoritettuun genomin sekvensointitrio-analyysiin, jotta voidaan tunnistaa hermoston kehityshäiriöitä ja kehityspoikkeavuuksia sairastavan potilaan etiologinen diagnoosi ilman ilmeisiä kliinisiä oireita. diagnoosi a priori ja ilman tunnistettua tulosta kromosomaalisen mikrosirun ja/tai yksin- tai trio-eksomin sekvensoinnin jälkeen Luokan numero 4 tai luokan 5 (American College of Medical Genetics -luokituksen mukaan) äskettäin tunnistetut variantit, jotka mahdollistavat diagnoosin selittävän potilaan oireet RNA-sekvensoinnin + genomin sekvensointitrion jälkeen, vs. genomin sekvensointitrio yksin.
|
12 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 49RC23_0426
- 2024-A01997-40 (Muu tunniste: ANSM)
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .