Studie med arvelig kreft tidlig diagnose (ICED). (ICED)

Arvelige genetiske endringer spiller en stor rolle i opptil 10 % av alle krefttilfeller. Det er identifisert mer enn 50 arvelige kreftsyndromer som disponerer et individ for å utvikle visse svulster, noe som resulterer i høy dødelighet når kreften har blitt diagnostisert på et avansert stadium. For tiden er det etablerte retningslinjer for overvåking for de fleste av disse syndromene, men disse innebærer hyppige kliniske, laboratorie-, radiologiske studier og invasive undersøkelser som er kostbare, tidkrevende og kan utelate påvisning av tidlige svulster. Det har vist seg at ved å diagnostisere en kreft før metastasering, kan kreftrelaterte dødsfall potensielt reduseres med 15 % innen 5 år.

Begrensninger for klinisk og radiologisk overvåking hos pasienter med genetiske tilstander For tiden er den eneste anbefalingen for en helkroppsskanning ved et kreftpredisposisjonssyndrom for pasienter med en kimlinje TP53-mutasjon. Helkropps-MR (WB-MRI) er en kostbar teknikk og krever tilgang til spesialistradiologer. Mens den kan oppdage en ondartet prosess, har WB-MRI også en høy påvisningsgrad av godartede lesjoner som vil kreve ytterligere tester, noe som står for betydelig ekstra plager og ventetid for pasientene. I Storbritannia er imidlertid tilgang til MR for hele kroppen varierende over hele landet og ikke rutinemessig finansiert. NHS-brystscreeningprogrammet (BSP) tilbyr overvåking av brystkreft med mammografi eller bryst-MR til kvinner som bærer en kimlinjemutert BRCA1, BRCA2, TP53, A-T homozygoter, PALB2, PTEN, STK11 eller CDH1. (15). Denne målrettede screeningen kan redusere forekomsten av brystkreft, men den screener ikke for andre potensielle svulster som kan oppstå hos en kvinne med en kimlinjemutasjon av de ovenfor nevnte genene. Koloskopi kan oppdage tidlig kolorektal kreft, selv om det er en invasiv, kostbar og tidkrevende prosedyre. Til slutt er klinisk undersøkelse ofte ikke tilstrekkelig for å oppdage asymptomatiske svulster, og de fleste pasienter vil dessverre ha avanserte maligniteter når kurativ behandling ikke lenger er mulig.

Det er et klart behov for nyere tilnærminger for tidlig oppdagelse av kreft i disse høyrisikokohortene, som er mindre invasive for pasienten, mindre ressurskrevende og med forbedret sensitivitet.

Denne studien vil informere om bruk av perifert blod ctDNA og påvisning av genetiske og epigenetiske endringer kan tjene som en blodbiomarkør for å oppdage tumorutvikling hos pasienter med høy risiko for kreft for tidligere diagnostisering av slike svulster.

Datainnsamling

Kvalifiserte pasienter vil få tatt blod- og valgfrie urinprøver ved screening, samt et sykehistorieark og symptomspørreskjema.

Analyse

Plasma og valgfri urin for genetiske og epigenetiske studier vil bli samlet inn, behandlet (Kategori 2-laboratorier) og lagret i henhold til PHE-retningslinjene (7) i RM Center for Molecular Pathology (ISO15189-akkreditert (UKAS-registrert nummer 9839). RMH CMP er det kreftdiagnostiske laboratoriet for North Thames GLH, en av syv NHS England Genomic Laboratory Hubs. Høyt volum og kostnadseffektiv sekvensering med høy gjennomstrømning kan utføres på senterets Illumina NovaSeq 6000 sequencer. Dette forslaget gir seg selv til rask og betydelig skalerbarhet. Enheten har en internasjonalt ledende merittliste innen ctDNA-forskning og har allerede validert ctDNA-genpaneler mot vevsbasert molekylær diagnostikk for pediatri (ct PED, i bruk, CR-UK stratifisert medisinprogram for å unngå biopsier hos barn) og kolorektal kreft - (ct GI) for påvisning av minimal gjenværende sykdom i tykktarmskreft som pilot for den NIHR-finansierte TRACC-studien (3 millioner pund tilskudd; januar 2020 i 8 år). 23 gen ctGI-panelet har blitt validert til en VAF-deteksjonsfølsomhet på 0,125 % og kan kjøres med en buffy coat (kimlinje) kontroll for å eliminere CHIP-artefakter. Panelet er egnet for å oppdage varianter innen GI og lungekreft og kan implementeres umiddelbart. Et lignende panel er utviklet for bruk ved brystkreft. Disse panelene har blitt brukt med suksess i en NIHR-finansiert diagnostisk triage-studie for pancancer PREVAIL. Fordelen med det interne ctGI-panelet er kostnaden ~ £300 per test (forbruksvarer pluss sekvensering) - kontra flere tusen pund gjennom en kommersiell leverandør. Kostnaden er derfor mindre enn en invasiv diagnostisk test (dvs. endoskopisk ultralyd og finnålsbiopsi med tilhørende personale og teatertid). En undergruppe av pasienter (n = 10) vil også ha plasma- og urinavledet ctDNA utsatt for sammenligning på tvers av plattformer med lavpass-helgenomsekvensering (low-pass WGS).

Ved studieregistreringen vil pasienten ha muligheten til å fylle ut et symptomspørreskjema, Hensikten med dette spørreskjemaet er å dokumentere tilstedeværelse eller fravær av symptomer gjennom hele studiedeltakelsen. Alle pasienter vil bli bedt om å fullføre det hver gang det er en prøvetaking (grunnlinje ved måned 0/måned 6 (valgfritt)/slutt av studien ved måned 12).

Det kliniske forskerteamet som vurderer hver pasient ved et av forskningsbesøkene, er ansvarlig for gjennomgangen av symptomspørreskjemaene fylt ut av pasientene. Hvis det er nye eller forverrede symptomer, vil forskerteamet rapportere disse til behandlende team eller allmennlege (fastlege) til pasienten, for å sikre at pasienten har passende oppfølging eller undersøkelser om nødvendig

Retrospektiv innsamling av klinisk og radiologisk informasjon

Resultatene fra radiologiske eller intervensjonelle (biopsier, endoskopier) studier, utført av pasientenes kliniske team som en del av deres standardbehandling, vil bli samlet inn av ICED-studieleger, for å tillate korrelativ analyse med resultatene av blod og valgfrie urinsekvensering og pasientspørreskjema.

Dataene som samles inn vil inkludere klinisk informasjon som tegn, symptomer og resultat av den kliniske undersøkelsen utført av behandlende kliniker, radiologiske rapporter, hvis pasienter vil gjennomgå rutinemessig radiologisk overvåking i henhold til lokal praksis og retningslinjer, histopatologisk diagnose for pasienter som gjennomgår biopsier eller operasjoner.

Statistisk betraktning

Tilsyn med statistisk analyse og bioinformatikk vil bli gitt av Dr Andrew Feber (ICR Group-leder og UCL) og Dr Catey Bunce (RM CTU Manager - Statistics & Training, RMH)

Denne studien er en utforskende biomarkørstudie, og hovedmålet er å vurdere om et ctDNA-signal oppdages gjennom genetiske eller epigenetiske endringer.

Generelt vil resultater rapporteres som effektstørrelser med 95 % konfidensintervall i motsetning til å presentere p-verdier. Siden studien ikke er drevet, vil det utvises forsiktighet ved tolkning av funn.

Dette er den første studien i sitt slag. Det er ikke invasivt utover standardtester som vil bli gjort på disse pasientene som en del av deres standardbehandling. Det er først og fremst en studie av estimering i stedet for en testing mot forhåndsdefinerte hypoteser, og som sådan har etterforskerne ikke inkludert en formell kraftberegning. I virkeligheten vil det å gi en slik beregning være noe akademisk siden det ikke er noen studier som vil gi robuste bevis i forhold til parametrene som kreves for beregninger av utvalgsstørrelse.

Analyse vil for det meste være beskrivende. Kontinuerlige variabler vil bli rapportert som gjennomsnitt og standardavvik hvis tilnærmet normal (vurdert ved inspeksjon av histogrammer eller medianer og interkvartilområder hvis det er åpenlyst avvik fra normalitet. Kategoriske variabler vil bli oppsummert ved hjelp av frekvenser og prosenter. Det vil bli skrevet en analyseplan før analyse.

Resultatene vil bli presentert i henhold til om pasienten har utviklet kreft under oppfølging eller ikke.

1. Prøvestørrelse Den estimerte prøvestørrelsen for denne studien er omtrent 80-100 individer, inkludert 40-50 pasienter i hver av de to kohortene. Dette antallet pasienter er basert på det faktiske antallet kimlinjevarianter som til enhver tid er registrert i bærerregisteret i Kreftgenetisk enhet ved RMH og og er på overvåking. Det estimerte antallet pasienter som vil utvikle en malignitet og vil ha et påvist ctDNA under studiedeltakelsen er lavere enn det totale antallet pasienter som er registrert (omtrent 30-35 % av pasientene). Denne prøvestørrelsesestimaten er basert på to prospektive studier, en inkludert pasienter med LI Fraumeni syndrom, hvor frekvensen av malignitet påvist ved en engangs MR-undersøkelse av hele kroppen var 13,6 % (PMID 28091804), og en andre prospektiv multisentrisk studie med Lynch-pasienter , hvor frekvensen av påvisning av tykktarmskreft var 58 % over en periode på 2,5 år (PMID 26657901). Basert på tilgjengelig bevis, er vårt estimat at 30-35 % av pasientene vil utvikle en malignitet under studiedeltakelsen eller vil få en asymptomatisk kreft oppdaget ved registreringstidspunktet.

   Dersom færre pasienter som forventet vil utvikle kreft, vil rekrutteringen ikke bli utvidet og dataene vil bli presentert som innhentet. Prøvestørrelsesfordelingen vil være omtrent 50 % mellom de to kohortene. Analysen vil bli utført separat for hvert årskull. Pasienter som er registrert i Li Fraumeni-kohorten har mulighet til å melde seg inn i en parallell studie (SIGNIFIED), som vil undersøke kostnadseffektiviteten ved å gjennomgå en helkropps-MR med 12 måneders mellomrom hos tp53-bærere. Dette vil potensielt muliggjøre korrelativ analyse av helkropps-MR-resultater og blod/urin-biomarkørstudien for pasienter som velger å delta i begge studiene samtidig.

2. Statistisk analyse

Pasientstrøm gjennom studien vil bli rapportert i konsortlignende flytskjema. Hvis pasienter går tapt for å følge opp, vil årsakene til dette bli rapportert der dette er kjent.

Endepunkt 1:

Andelen pasienter som utvikler kreft som har ctDNA i forkant av kreften vil bli rapportert med 95 % konfidensintervall beregnet med den eksakte binomiale metoden.

Endoint 1: Relativ risiko for kreft vil bli beregnet hos pasienter med ctDNA sammenlignet med de uten påvist cdNA.

Andelen pasienter som utvikler en kreftdiagnose under oppfølging vil bli rapportert med 95 % konfidensintervall beregnet etter den eksakte binomiale metoden.

Andelen med pasienter som ikke utvikler kreft vil også bli rapportert med 95 % konfidensintervall beregnet etter den eksakte binomiale metoden.

Andelen pasienter som ikke utvikler kreft, men får påvist ctDNA-signal, vil også bli rapportert med 95 % konfidensintervall beregnet etter den eksakte binomiale metoden.

På samme måte vil andelen pasienter som utvikler kreft, men ikke har et ctDNA-signal påvist, rapporteres med 95 % konfidensintervall som ovenfor.

Endepunkt 3:

I den situasjonen der pasienter blir operert, vil funnene presenteres som følger: Hvis det vil være mindre enn 5 fem pasienter som skal opereres, vil rådata bli beskrevet individuelt. Hvis det vil være mer enn 5 pasienter, vil resultatene rapportere forskjellen i gjennomsnittlig (SD)/median (område) ctDNA-nivå før og etter operasjonen.

Statistisk analyse vil bli utført separat for hver kohort (Li Fraumeni og GI-kohort) og for hvert av endepunktene nevnt i endepunktparagrafen (avsnitt 6.1 og 6.2). Resultatene for hvert endepunkt vil bli estimert med et 95 % konfidensintervall beregnet med den eksakte binomiale metoden. Gruppe refererer til pasienter hvor et ctDNA-signal er detektert kontra pasienter hvor ikke ctDNA er detektert; gruppen vil også referere til pasienter som utvikler en malignitet kontra pasient som ikke utvikler en malignitet. Selv om det er usannsynlig at pasienter som presenterer et ctDNA-signal ikke vil få en malignitet diagnostisert (i oppfølgingsperioden), vil dette bli avklart når funnene fra tidligere analyse beskrives.

Endepunkt 4:

Endring i HRQoL og symptomer i løpet av oppfølgingsperioden vil bli presentert ved hjelp av beskrivende statistikk som gjennomsnitt og standardavvik etter hvert besøk. Gjennomsnittlig (SD) skåre over tid vil også bli presentert grafisk. Deltakerne vil bli bedt om å fylle ut spørreskjemaet ved baseline, ved oppfølgingsbesøk (6 måneder) og ved slutten av studiedeltakelsen (12 måneder +/- 2 måneder for å tillate pasienttilgjengelighet).

Når det gjelder en analysepopulasjon, vil etterforskerne rapportere karakteristika for alle pasienter som er rekruttert til studien. Hvis de går tapt for å følge opp, vil etterforskerne rapportere de tilgjengelige dataene og rapportere andelen tapt og eventuelle forskjeller mellom andelen tapt og de som ikke er tapt ved oppfølging.

Hovedbegrensningen for denne studien er det lave antallet pasienter som forventes å utvikle kreft i en gitt tidsperiode, derfor vil funnene bli rapportert som utforskende.