Badanie dotyczące wczesnej diagnostyki raka dziedzicznego (ICED). (ICED)

Dziedziczne zmiany genetyczne odgrywają główną rolę w aż 10% wszystkich nowotworów. Zidentyfikowano ponad 50 dziedzicznych zespołów nowotworowych, które predysponują do rozwoju określonych nowotworów, co skutkuje wysoką śmiertelnością, gdy nowotwór zostanie zdiagnozowany w zaawansowanym stadium. Obecnie istnieją wytyczne dotyczące nadzoru nad większością tych zespołów, jednak wiążą się one z częstymi badaniami klinicznymi, laboratoryjnymi, radiologicznymi i inwazyjnymi, które są kosztowne, czasochłonne i mogą pomijać wykrycie wczesnych nowotworów. Wykazano, że diagnozowanie raka przed przerzutami może potencjalnie zmniejszyć liczbę zgonów spowodowanych nowotworem o 15% w ciągu 5 lat.

Ograniczenia nadzoru klinicznego i radiologicznego u pacjentów z chorobami genetycznymi Obecnie jedynym zaleceniem wykonania scyntygrafii całego ciała w przypadku zespołu predyspozycji do nowotworu jest badanie u pacjentów z mutacją TP53 w linii zarodkowej. MRI całego ciała (WB-MRI) jest metodą kosztowną i wymaga dostępu do specjalistycznych radiologów. Chociaż metoda WB-MRI umożliwia wykrycie procesu złośliwego, charakteryzuje się również wysokim współczynnikiem wykrywania zmian łagodnych, które będą wymagały dalszych badań, co powoduje znaczny dodatkowy stres i czas oczekiwania dla pacjentów. Jednakże w Wielkiej Brytanii dostęp do badań MRI całego ciała jest zmienny w całym kraju i nie jest rutynowo finansowany. Program badań przesiewowych piersi NHS (BSP) zapewnia obserwację raka piersi za pomocą mammografii lub rezonansu magnetycznego piersi u kobiet z mutacją linii zarodkowej BRCA1, BRCA2, TP53, homozygotami A-T, PALB2, PTEN, STK11 lub CDH1. (15). To ukierunkowane badanie przesiewowe może zmniejszyć częstość występowania raka piersi, nie obejmuje jednak żadnych innych potencjalnych nowotworów, które mogą powstać u kobiety z mutacją linii zarodkowej wyżej wymienionych genów. Kolonoskopia umożliwia wykrycie wczesnego raka jelita grubego, choć jest to zabieg inwazyjny, kosztowny i czasochłonny. Wreszcie, badanie kliniczne często nie jest wystarczające do wykrycia nowotworów bezobjawowych i u większości pacjentów niestety rozwinie się zaawansowany nowotwór, gdy leczenie nie będzie już możliwe.

Istnieje wyraźna potrzeba opracowania nowszych metod wczesnego wykrywania nowotworu w kohortach wysokiego ryzyka, które byłyby mniej inwazyjne dla pacjenta, wymagały mniej zasobów i charakteryzowałyby się większą czułością.

Badanie to dostarczy informacji, czy zastosowanie ctDNA krwi obwodowej oraz wykrycie zmian genetycznych i epigenetycznych może posłużyć jako biomarker krwi do wykrywania rozwoju nowotworu u pacjentów z grupy wysokiego ryzyka nowotworu w celu wcześniejszej diagnostyki takich nowotworów.

Pozyskiwanie danych

U kwalifikujących się pacjentów podczas badania przesiewowego zostaną pobrane próbki krwi i opcjonalne próbki moczu, a także karta historii choroby i kwestionariusz objawów.

Analiza

Osocze i opcjonalnie mocz do badań genetycznych i epigenetycznych będą pobierane, przetwarzane (laboratoria kategorii 2) i przechowywane zgodnie z wytycznymi PHE (7) w Centrum Patologii Molekularnej RM (akredytacja ISO15189 (numer rejestracyjny UKAS 9839). RMH CMP to laboratorium diagnostyki nowotworów działające w North Thames GLH, jednym z siedmiu ośrodków laboratoriów genomicznych NHS England. W centralnym sekwencerze Illumina NovaSeq 6000 można przeprowadzić wysokonakładowe i ekonomiczne sekwencjonowanie o dużej przepustowości. Propozycja ta zapewnia szybką i znaczącą skalowalność. Jednostka ma wiodące na arenie międzynarodowej doświadczenie w badaniach ctDNA i przeprowadziła już walidację paneli genów ctDNA pod kątem diagnostyki molekularnej opartej na tkankach w pediatrii (ct PED, w użyciu, program medycyny stratyfikowanej CR-UK mający na celu unikanie biopsji u dzieci) i raka jelita grubego - (ct GI) w celu wykrycia minimalnej choroby resztkowej w raku jelita grubego w ramach pilotażu badania TRACC finansowanego przez NIHR (dotacja 3 mln funtów; styczeń 2020 r. na 8 lat). Panel ctGI zawierający 23 geny został zatwierdzony do czułości wykrywania VAF wynoszącej 0,125% i może być analizowany z kontrolą kożuszka leukocytarnego (linia zarodkowa) w celu wyeliminowania artefaktów CHIP. Panel nadaje się do wykrywania wariantów raka przewodu pokarmowego i płuc i może zostać wdrożony natychmiast. Podobny panel opracowano do stosowania w leczeniu raka piersi. Panele te z powodzeniem wykorzystano w finansowanym przez NIHR badaniu PREVAIL dotyczącym diagnostyki raka pan. Zaletą wewnętrznego panelu ctGI jest koszt ~ 300 funtów za badanie (materiały eksploatacyjne i sekwencjonowanie) – w porównaniu z kilkoma tysiącami funtów za pośrednictwem komercyjnego dostawcy. Koszt jest zatem niższy niż inwazyjny test diagnostyczny (tj. endoskopowe USG i biopsja cienkoigłowa z towarzyszącym personelem i czasem w teatrze). Podgrupa pacjentów (n = 10) będzie miała także ctDNA pochodzące z osocza i moczu, poddane porównaniu międzyplatformowemu z dolnoprzepustowym sekwencjonowaniem całego genomu (low-pass WGS).

Podczas włączenia do badania pacjent będzie miał możliwość wypełnienia kwestionariusza objawów. Celem tego kwestionariusza jest udokumentowanie obecności lub braku objawów przez cały okres udziału w badaniu. Wszyscy pacjenci będą proszeni o jego wypełnienie za każdym razem, gdy pobierana będzie próbka (punkt wyjściowy w miesiącu 0/ miesiąc 6 (opcjonalnie) / koniec badania w miesiącu 12).

Zespół badań klinicznych oceniający każdego pacjenta podczas dowolnej wizyty badawczej odpowiada za weryfikację wypełnianych przez pacjentów kwestionariuszy objawowych. Jeśli pojawią się jakiekolwiek nowe lub nasilające się objawy, zespół badawczy zgłosi je zespołowi prowadzącemu leczenie lub lekarzowi pierwszego kontaktu (GP) pacjenta, aby w razie potrzeby zapewnić pacjentowi odpowiednią obserwację lub badania

Retrospektywne zbieranie informacji klinicznych i radiologicznych

Wyniki badań radiologicznych lub interwencyjnych (biopsje, endoskopie), wykonywanych przez zespół kliniczny pacjentów w ramach standardowej opieki, będą gromadzone przez lekarzy prowadzących badanie ICED w celu umożliwienia analizy korelacji z wynikami krwi i opcjonalnie sekwencjonowanie moczu i kwestionariusz pacjenta.

Gromadzone dane będą obejmować informacje kliniczne, takie jak oznaki, objawy i wynik badania klinicznego przeprowadzonego przez lekarza prowadzącego, raporty radiologiczne, czy pacjenci będą poddawani rutynowej obserwacji radiologicznej zgodnie z lokalną praktyką i wytycznymi, diagnozę histopatologiczną u pacjentów poddawanych biopsjom lub operacjom.

Rozważania statystyczne

Nadzór nad analizą statystyczną i bioinformatyką zapewnią dr Andrew Feber (lider Grupy ICR i UCL) i dr Catey Bunce (menedżer RM CTU - statystyki i szkolenia, RMH)

Badanie to jest eksploracyjnym badaniem biomarkerów, a jego głównym celem jest ocena, czy sygnał ctDNA został wykryty w wyniku zmian genetycznych lub epigenetycznych.

Ogólnie rzecz biorąc, wyniki będą podawane jako wielkości efektu z 95% przedziałami ufności, w przeciwieństwie do prezentowania wartości p. Ponieważ badanie nie ma mocy, należy zachować ostrożność przy interpretacji wyników.

To pierwsze tego typu badanie. Badanie to nie jest inwazyjne poza standardowymi badaniami, które można by wykonać u tych pacjentów w ramach standardowej opieki. Jest to przede wszystkim badanie estymacji, a nie testowanie z góry określonych hipotez, dlatego badacze nie uwzględnili formalnego obliczenia mocy. W rzeczywistości przedstawienie takich obliczeń byłoby nieco akademickie, ponieważ nie istnieją badania, które dostarczyłyby solidnych dowodów w odniesieniu do parametrów wymaganych do obliczeń wielkości próby.

Analiza będzie miała głównie charakter opisowy. Zmienne ciągłe będą podawane jako średnie i odchylenia standardowe, jeśli są w przybliżeniu normalne (oceniane na podstawie kontroli histogramów lub median i zakresów międzykwartylowych, jeśli występuje jawne odchylenie od normalności). Zmienne kategoryczne zostaną podsumowane przy użyciu częstotliwości i wartości procentowych. Plan analizy zostanie napisany przed analizą.

Wyniki zostaną zaprezentowane w zależności od tego, czy u pacjenta w trakcie obserwacji rozwinął się nowotwór.

1. Wielkość próby Szacunkowa wielkość próby w tym badaniu wynosi około 80–100 osób, w tym 40–50 pacjentów w każdej z dwóch kohort. Liczba pacjentów opiera się na faktycznej liczbie nosicieli wariantów linii zarodkowej zarejestrowanych w rejestrze nosicieli w dowolnym momencie w oddziale genetyki nowotworów w RMH i którzy są objęci obserwacją. Szacunkowa liczba pacjentów, u których rozwinie się nowotwór złośliwy i u których w trakcie udziału w badaniu zostanie wykryty ctDNA, jest mniejsza niż całkowita liczba pacjentów włączonych do badania (około 30–35% pacjentów). To oszacowanie wielkości próby opiera się na dwóch badaniach prospektywnych, jednym obejmującym pacjentów z zespołem LI Fraumeni, w którym odsetek nowotworów złośliwych wykrytych w jednorazowym badaniu MRI całego ciała wyniósł 13,6% (PMID 28091804), oraz drugim prospektywnym badaniu wieloośrodkowym, w którym uczestniczyli pacjenci Lynch , gdzie wskaźnik wykrywalności raka jelita grubego wyniósł 58% w okresie 2,5 roku (PMID 26657901). Na podstawie dostępnych dowodów szacujemy, że u 30–35% pacjentów w trakcie udziału w badaniu rozwinie się nowotwór złośliwy lub w momencie włączenia do badania wykryty zostanie nowotwór bezobjawowy.

   Jeżeli nowotwór zachoruje na mniejszą liczbę oczekiwanych pacjentów, rekrutacja nie zostanie przedłużona, a dane zostaną przedstawione w stanie, w jakim zostały uzyskane. Podział wielkości próby pomiędzy dwie kohorty będzie wynosił około 50%. Analiza zostanie przeprowadzona oddzielnie dla każdej kohorty. Pacjenci włączeni do kohorty Li Fraumeni mają możliwość włączenia się do badania równoległego (SIGNIFIED), w którym zbadana zostanie opłacalność poddania się badaniu MRI całego ciała w odstępie 12 miesięcy u nosicieli tp53. Potencjalnie umożliwi to korelacyjną analizę wyników MRI całego ciała i badania biomarkerów krwi/moczu u pacjentów, którzy zdecydują się wziąć udział w obu badaniach jednocześnie.

2. Analiza statystyczna

Przepływ pacjentów przez badanie będzie raportowany w formie diagramu blokowego. Jeżeli pacjenci nie będą mogli zgłosić się do lekarza, przyczyny tego zostaną zgłoszone, jeśli będą znane.

Punkt końcowy 1:

Odsetek pacjentów, u których rozwinął się nowotwór, u których ctDNA występowało przed wystąpieniem nowotworu, zostanie podany z 95% przedziałami ufności obliczonymi metodą dokładnego dwumianu.

Endoint 1: Względne ryzyko raka zostanie obliczone u pacjentów z ctDNA w porównaniu z pacjentami, u których nie wykryto cdNA.

Odsetek pacjentów, u których w trakcie obserwacji rozwinie się nowotwór, zostanie podany z 95% przedziałami ufności obliczonymi metodą dokładnego dwumianu.

Odsetek pacjentów, u których nie rozwinął się nowotwór, będzie również podany z 95% przedziałami ufności obliczonymi metodą dokładnego dwumianu.

Odsetek pacjentów, u których nie rozwinął się nowotwór, ale u których wykryto sygnał ctDNA, będzie również podany z 95% przedziałami ufności obliczonymi metodą dokładnego dwumianu.

Podobnie odsetek pacjentów, u których rozwinął się nowotwór, ale u których nie wykryto sygnału ctDNA, będzie raportowany z 95% przedziałami ufności, jak powyżej.

Punkt końcowy 3:

W sytuacji, gdy pacjenci będą poddawani operacji, wyniki zostaną zaprezentowane w następujący sposób: jeśli operacji będzie mniej niż 5 pięciu pacjentów, surowe dane zostaną opisane indywidualnie. Jeśli będzie więcej niż 5 pacjentów, wyniki pokażą różnicę w średnim (SD)/medianie (zakres) poziomu ctDNA przed i po operacji.

Analiza statystyczna zostanie przeprowadzona oddzielnie dla każdej kohorty (kohorta Li Fraumeni i GI) oraz dla każdego z punktów końcowych wymienionych w akapicie dotyczącym punktów końcowych (pkt 6.1 i 6.2). Wyniki dla każdego punktu końcowego zostaną oszacowane z 95% przedziałem ufności obliczonym metodą dokładnego dwumianu. Grupa dotyczy pacjentów, u których wykryto sygnał ctDNA vs. pacjentów, u których nie wykryto ctDNA; grupa będzie również odnosić się do pacjentów, u których rozwinął się nowotwór złośliwy, w porównaniu do pacjenta, u którego nie rozwinął się nowotwór. Chociaż jest mało prawdopodobne, że u pacjentów, u których uzyskany zostanie sygnał ctDNA, nie zostanie zdiagnozowany nowotwór złośliwy (w okresie obserwacji), zostanie to wyjaśnione przy opisie wyników poprzedniej analizy.

Punkt końcowy 4:

Zmiany w HRQoL i objawach w okresie obserwacji zostaną przedstawione po każdej wizycie za pomocą statystyk opisowych, takich jak średnia i odchylenie standardowe. Średnie (SD) wyniki w czasie zostaną również przedstawione graficznie. Uczestnicy zostaną poproszeni o wypełnienie kwestionariusza na początku badania, podczas wizyty kontrolnej (6 miesięcy) i na koniec udziału w badaniu (12 miesięcy +/- 2 miesiące, aby uwzględnić dostępność pacjenta).

Jeśli chodzi o populację do analizy, badacze przedstawią charakterystykę wszystkich pacjentów włączonych do badania. Jeżeli nie będą mogli kontynuować obserwacji, badacze przedstawią dostępne dane i zgłoszą utraconą część oraz wszelkie różnice między utraconą proporcją a odsetkami, które nie utracono w ramach obserwacji.

Głównym ograniczeniem tego badania jest mała liczba pacjentów, u których w danym okresie może rozwinąć się nowotwór, dlatego też wyniki będą miały charakter eksploracyjny.