Öröklött rák korai diagnózis (ICED) tanulmány (ICED)

Az öröklődő genetikai elváltozások az összes rákos megbetegedések akár 10%-ában is jelentős szerepet játszanak. Több mint 50 olyan örökletes rákszindrómát azonosítottak, amelyek bizonyos daganatok kialakulására hajlamosítják az egyént, ami magas mortalitást eredményez, ha a rákot előrehaladott stádiumban diagnosztizálják. Jelenleg ezeknek a szindrómáknak a többségére léteznek felügyeleti irányelvek, ezek azonban gyakori klinikai, laboratóriumi, radiológiai és invazív vizsgálatokat igényelnek, amelyek költségesek, időigényesek és kihagyhatják a korai daganatok felismerését. Kimutatták, hogy a rákos megbetegedések metasztázis előtti diagnosztizálásával a rákkal összefüggő halálozások potenciálisan 15%-kal csökkenthetők 5 éven belül.

A klinikai és radiológiai felügyelet korlátai genetikailag megbetegedett betegeknél Jelenleg az egyetlen ajánlás a teljes test vizsgálatára rák hajlamos szindrómában a csíravonal TP53 mutációval rendelkező betegek számára. A teljes test MRI (WB-MRI) költséges technika, és hozzá kell járulni a radiológus szakorvoshoz. Míg a WB-MRI képes kimutatni egy rosszindulatú folyamatot, a jóindulatú elváltozások nagy arányban mutathatók ki, amelyek további vizsgálatokat tesznek szükségessé, és ez jelentős további szorongást és várakozási időt jelent a betegek számára. Az Egyesült Királyságban azonban a teljes test MRI-hez való hozzáférés országszerte változó, és nem rutinszerűen finanszírozzák. Az NHS emlőszűrő programja (BSP) mammográfiával vagy emlő MRI-vel végzett emlőrák-felügyeletet kínál olyan nők számára, akik csíravonal-mutációval rendelkező BRCA1, BRCA2, TP53, A-T homozigóta, PALB2, PTEN, STK11 vagy CDH1 vírust hordoznak. (15). Ez a célzott szűrés csökkentheti az emlőrák előfordulási gyakoriságát, de nem szűr ki más olyan potenciális daganatokat, amelyek a fent említett gének csíravonal-mutációjával rendelkező nőknél jelentkezhetnek. A kolonoszkópia képes kimutatni a korai vastagbélrákot, bár ez egy invazív, költséges és időigényes eljárás. Végül a klinikai vizsgálat gyakran nem elegendő a tünetmentes daganatok kimutatására, és a legtöbb beteg sajnos előrehaladott rosszindulatú daganatokkal jelentkezik, amikor a gyógyító kezelés már nem kivitelezhető.

Egyértelműen új megközelítésekre van szükség a rák korai felismerésére ezekben a magas kockázatú csoportokban, amelyek kevésbé invazívak a betegek számára, kevésbé erőforrásigényesek és jobb érzékenységgel rendelkeznek.

Ez a tanulmány tájékoztatást ad arról, hogy a perifériás vér ctDNS alkalmazása, valamint a genetikai és epigenetikai változások kimutatása vér biomarkerként szolgálhat-e a daganatok kialakulásának kimutatására magas rákkockázatú betegeknél az ilyen daganatok korábbi diagnosztizálása érdekében.

Adatgyűjtés

A jogosult betegeknek a szűréskor vér- és opcionális vizeletmintát vesznek, valamint kórtörténeti lapot és tüneti kérdőívet.

Elemzés

A genetikai és epigenetikai vizsgálatokhoz szükséges plazmát és opcionális vizeletet összegyűjtik, feldolgozzák (2. kategóriájú laboratóriumok) és tárolják a PHE irányelvei (7) szerint az RM Molekuláris Patológiai Központban (ISO15189 akkreditált (UKAS 9839 regisztrációs szám). Az RMH CMP az Észak-Temze GLH rákdiagnosztikai laboratóriuma, amely egyike a hét NHS England Genomic Laboratory Hubnak. A központi Illumina NovaSeq 6000 szekvenszerrel nagy volumenű és költséghatékony nagy áteresztőképességű szekvenálás végezhető. Ez a javaslat gyors és jelentős skálázhatóságot tesz lehetővé. Az osztály nemzetközileg vezető múlttal rendelkezik a ctDNS-kutatásban, és már validált ctDNS génpaneleket a szövetalapú molekuláris diagnosztika ellen gyermekgyógyászatban (ct PED, használatban, CR-UK réteggyógyászati ​​program a biopsziák elkerülésére gyermekeknél) és a vastag- és végbélrák ellen – (ct GI) a vastag- és végbélrák minimális reziduális betegségének kimutatására az NIHR által finanszírozott TRACC-tanulmány kísérleti projektjeként (3 millió GBP támogatás; 2020. január 8 évre). A 23 génből álló ctGI panelt 0,125%-os VAF detektálási érzékenységre validálták, és a CHIP műtermékek kiküszöbölésére buffy coat (csíravonal) kontrollal futtatható. A panel alkalmas GI- és tüdőrák variánsainak kimutatására, és azonnal alkalmazható. Hasonló panelt fejlesztettek ki emlőrák kezelésére. Ezeket a paneleket sikeresen alkalmazták az NIHR által finanszírozott PREVAIL panrák-diagnosztikai vizsgálatban. A házon belüli ctGI panel előnye, hogy tesztenként ~300 GBP (fogyóeszközök plusz szekvenálás) – szemben egy kereskedelmi szolgáltatón keresztül több ezer fonttal. Költsége ezért kevesebb, mint egy invazív diagnosztikai teszt (pl. endoszkópos ultrahang és finom tűs biopszia a kapcsolódó személyzettel és színházi idővel). A betegek egy részében (n = 10) a plazmából és a vizeletből származó ctDNS-t keresztplatformos összehasonlításnak vetik alá aluláteresztő teljes genom szekvenálással (low-pass WGS).

A vizsgálatba való beiratkozáskor a páciensnek lehetősége lesz tünetkérdőív kitöltésére. Ennek a kérdőívnek az a célja, hogy dokumentálja a tünetek jelenlétét vagy hiányát a vizsgálatban való részvétel során. Minden beteget felkérnek, hogy töltse ki minden alkalommal, amikor mintavételre kerül sor (a kiindulási állapot a 0. hónapban / 6. hónap (opcionális) / a vizsgálat vége a 12. hónapban).

A betegek által kitöltött tüneti kérdőívek áttekintéséért a klinikai kutatócsoport felel, amely minden egyes kutatási látogatás alkalmával minden beteget értékel. Ha bármilyen új vagy súlyosbodó tünet jelentkezik, a kutatócsoport jelzi ezeket a kezelőcsoportnak vagy a beteg általános orvosának, hogy biztosítsa a beteg megfelelő nyomon követését vagy vizsgálatát, ha szükséges.

Klinikai és radiológiai információk retrospektív gyűjtése

A páciensek klinikai csoportja által végzett radiológiai vagy intervenciós (biopsziák, endoszkópiák) vizsgálatok eredményeit az ICED vizsgálatot végző orvosok gyűjtik össze, hogy lehetővé tegyék a korrelatív elemzést a vér és az opcionális vizsgálat eredményeivel. vizelet szekvenálás és beteg kérdőív.

Az összegyűjtött adatok tartalmazzák a klinikai információkat, például a kezelőorvos által végzett klinikai vizsgálat jeleit, tüneteit és eredményeit, radiológiai jelentéseket, ha a betegek rutinszerű radiológiai felügyeleten esnek át a helyi gyakorlatnak és irányelveknek megfelelően, szövettani diagnózist a biopszián vagy műtéten átesett betegek esetében.

Statisztikai megfontolás

A statisztikai elemzés és a bioinformatika felügyeletét Dr. Andrew Feber (ICR csoport vezetője és UCL) és Dr. Catey Bunce (RM CTU Manager – Statisztikai és képzési, RMH) látja el.

Ez a tanulmány egy feltáró biomarker-vizsgálat, és az elsődleges célja annak felmérése, hogy a ctDNS-jelet genetikai vagy epigenetikai változásokon keresztül észlelték-e.

Általában az eredményeket hatásméretként jelentik 95%-os konfidenciaintervallumokkal, szemben a p-értékek bemutatásával. Mivel a tanulmány nem működik, óvatosan kell értelmezni az eredményeket.

Ez az első ilyen jellegű tanulmány. Ez nem invazív a szokásos teszteken túl, amelyeket ezeken a betegeken szokásos ellátásuk részeként végeznének. Ez elsősorban a becslés tanulmányozása, nem pedig egy előre meghatározott hipotézisekkel szembeni tesztelés, ezért a kutatók nem tartalmaztak formális teljesítményszámítást. Valójában egy ilyen számítás elvégzése némileg akadémikus lenne, mivel nincsenek olyan tanulmányok, amelyek szilárd bizonyítékot szolgáltatnának a mintanagyság-számításokhoz szükséges paraméterekkel kapcsolatban.

Az elemzés többnyire leíró jellegű lesz. A folytonos változókat átlagként és szórásaként kell jelenteni, ha megközelítőleg normálisak (a hisztogramok vagy a mediánok és az interkvartilis tartományok vizsgálatával értékelve, ha nyilvánvaló eltérés tapasztalható a normalitástól). A kategorikus változókat gyakoriságok és százalékok segítségével összegezzük. Az elemzés előtt elemzési tervet készítenek.

Az eredményeket aszerint mutatják be, hogy a betegnél kialakult-e rák a követés alatt vagy sem.

1. Mintanagyság A vizsgálat becsült mintanagysága hozzávetőlegesen 80-100 személy, köztük 40-50 beteg a két kohorszban. Ez a betegek száma azon csíravonal-variáns hordozók tényleges számán alapul, amelyek az RMH rákgenetikai osztályán egy adott időpontban regisztráltak a hordozók nyilvántartásában, és megfigyelés alatt állnak. Azon betegek becsült száma, akiknél rosszindulatú daganat alakul ki, és akiknél ctDNS-t észlelnek a vizsgálatban való részvételük során, alacsonyabb, mint a bevont betegek teljes száma (körülbelül a betegek 30-35%-a). Ez a mintanagyság-becslés két prospektív vizsgálaton alapul, az egyikben LI Fraumeni szindrómában szenvedő betegek vettek részt, ahol az egyszeri teljes test MRI-vel kimutatott rosszindulatú daganatok aránya 13,6% volt (PMID 28091804), és egy második prospektív többcentrikus vizsgálaton, amelyben Lynch betegeket vontak be. , ahol a vastagbélrák kimutatási aránya 58% volt 2,5 év alatt (PMID 26657901). A rendelkezésre álló bizonyítékok alapján becslésünk szerint a betegek 30-35%-ánál alakul ki rosszindulatú daganat a vizsgálatban való részvétel során, vagy a beiratkozáskor tünetmentes daganatot észlelnek.

   Ha a vártnál kevesebb betegnél alakul ki rák, a toborzást nem hosszabbítják meg, és az adatokat a megszerzett formában mutatják be. A mintaméret-megosztás körülbelül 50%-os lesz a két kohorsz között. Az elemzést minden kohorsz esetében külön-külön végzik el. A Li Fraumeni kohorszba bevont betegeknek lehetőségük van egy párhuzamos vizsgálatba (SIGNIFIED) beiratkozni, amely a tp53 hordozóknál 12 hónapos eltéréssel 12 hónapos eltéréssel elvégzett teljes test MRI-vizsgálatának költséghatékonyságát vizsgálja. Ez potenciálisan lehetővé teszi a teljes test MRI-eredményeinek korrelatív elemzését és a vér/vizelet biomarker vizsgálatát azon betegek számára, akik úgy döntenek, hogy egyszerre vesznek részt mindkét vizsgálatban.

2. Statisztikai analízis

A vizsgálat során a betegek áramlását konzorciumként, folyamatábra formájában kell megadni. Ha a betegeket nem kell nyomon követni, ennek okait jelenteni kell, ahol ismert.

1. végpont:

A pontos binomiális módszerrel kiszámított 95%-os konfidenciaintervallumokkal jelentik majd azon betegek arányát, akiknél rákos megbetegedés alakult ki, és akiknél a ctDNS a rákos megbetegedése előtt szerepel.

1. végpont: A rák relatív kockázatát ctDNS-sel rendelkező betegeknél a cdNS-t nem észlelt betegekhez viszonyítva számítják ki.

A pontos binomiális módszerrel kiszámított 95%-os konfidencia intervallumokkal jelentik azoknak a betegeknek az arányát, akiknél rákdiagnózist diagnosztizáltak a követés alatt.

Azon betegek arányát, akiknél nem alakul ki rák, szintén a pontos binomiális módszerrel számított 95%-os konfidencia intervallumokkal kell jelenteni.

Azon betegek arányát, akiknél nem alakul ki rák, de ctDNS-jelet észleltek, szintén 95%-os konfidencia intervallumokkal, egzakt binomiális módszerrel számítják ki.

Ugyanígy azoknak a betegeknek az arányát, akiknél rák alakul ki, de nem észleltek ctDNS-jelet, a fentiek szerint 95%-os konfidencia intervallumokkal kell jelenteni.

3. végpont:

Abban az esetben, ha a betegek műtéten esnek át, a lelet a következőképpen jelenik meg: ha kevesebb mint 55 beteg lesz műtéten, a nyers adatokat egyedileg írják le. Ha több mint 5 beteg lesz, akkor az eredmények a műtét előtti és utáni átlagos (SD)/medián (tartomány) ctDNS-szint különbségét jelzik.

A statisztikai elemzést minden egyes kohorsz (Li Fraumeni és GI kohorsz) és a Végpontok bekezdésben (6.1. és 6.2. bekezdés) említett végpontok mindegyikére külön kell elvégezni. Az egyes végpontok eredményeit a pontos binomiális módszerrel számított 95%-os konfidenciaintervallum segítségével becsüljük meg. A csoport azokra a betegekre vonatkozik, akiknél ctDNS-szignált észleltek, szemben azokkal a betegekkel, akiknél nem észleltek ctDNS-t; csoport olyan betegekre is vonatkozik, akiknél rosszindulatú daganat alakul ki, illetve olyan betegekre, akiknél nem alakul ki rosszindulatú daganat. Bár nem valószínű, hogy a ctDNS jelet mutató betegeknél nem diagnosztizálnak rosszindulatú daganatot (a követési időszakban), ezt a korábbi elemzés eredményeinek ismertetése során tisztázni fogják.

4. végpont:

A HRQoL változásait és a tüneteket a követési időszakban leíró statisztikák, például átlag és szórás segítségével mutatják be minden egyes látogatás után. Az időbeli átlagértékek (SD) grafikusan is megjelennek. A résztvevőket felkérik, hogy töltsék ki a kérdőívet az alaphelyzetben, az utóellenőrzési látogatáskor (6 hónap) és a vizsgálati részvétel végén (12 hónap +/- 2 hónap, hogy a betegek rendelkezésre álljanak).

Az elemzési populáció tekintetében a vizsgálók beszámolnak a vizsgálatba bevont összes beteg jellemzőiről. Ha a nyomon követés miatt elvesznek, a nyomozók jelentik a rendelkezésre álló adatokat, és jelentik az elveszett arányt, valamint az elveszett és a nyomon nem vesztett arányok közötti különbségeket.

Ennek a vizsgálatnak a fő korlátja az, hogy egy adott időn belül várhatóan alacsony a rákos betegek száma, ezért az eredményeket feltáró jellegűként közöljük.