Studio sulla diagnosi precoce del cancro ereditario (ICED). (ICED)

Le alterazioni genetiche ereditarie svolgono un ruolo importante fino al 10% di tutti i tumori. Sono state identificate più di 50 sindromi tumorali ereditarie che predispongono un individuo allo sviluppo di determinati tumori, con conseguente elevata mortalità quando il cancro è stato diagnosticato in uno stadio avanzato. Attualmente esistono linee guida di sorveglianza stabilite per la maggior parte di queste sindromi, tuttavia queste implicano frequenti studi clinici, di laboratorio, radiologici e indagini invasive che sono costose, richiedono molto tempo e potrebbero omettere il rilevamento precoce dei tumori. È stato dimostrato che diagnosticando un cancro prima della metastasi, i decessi correlati al cancro potrebbero essere potenzialmente ridotti del 15% entro 5 anni.

Limitazioni della sorveglianza clinica e radiologica nei pazienti con patologie genetiche Al momento, l'unica raccomandazione per una scansione dell'intero corpo in una sindrome di predisposizione al cancro è per i pazienti con una mutazione germinale TP53. La risonanza magnetica del corpo intero (WB-MRI) è una tecnica costosa e richiede l'accesso a radiologi specializzati. Sebbene sia in grado di rilevare un processo maligno, la WB-MRI ha anche un alto tasso di rilevamento di lesioni benigne che richiederanno ulteriori test, comportando notevole disagio aggiuntivo e tempi di attesa per i pazienti. Tuttavia, nel Regno Unito, l’accesso alla risonanza magnetica dell’intero corpo varia da paese a paese e non è finanziato di routine. Il programma di screening del seno (BSP) dell'NHS offre sorveglianza per il cancro al seno con mammografia o risonanza magnetica mammaria alle donne portatrici di una mutazione germinale BRCA1, BRCA2, TP53, omozigoti AT, PALB2, PTEN, STK11 o CDH1. (15). Questo screening mirato potrebbe ridurre l'incidenza del cancro al seno, ma non effettua lo screening per eventuali altri tumori potenziali che potrebbero insorgere in una donna con una mutazione germinale dei geni sopra menzionati. La colonscopia può rilevare precocemente il cancro del colon-retto, sebbene sia una procedura invasiva, costosa e dispendiosa in termini di tempo. Infine, l’esame clinico spesso non è sufficiente per individuare tumori asintomatici e la maggior parte dei pazienti purtroppo presenterà tumori maligni in fase avanzata quando il trattamento curativo non è più fattibile.

Esiste una chiara necessità di nuovi approcci per la diagnosi precoce del cancro in questi gruppi ad alto rischio, che siano meno invasivi per il paziente, meno dispendiosi in termini di risorse e con una migliore sensibilità.

Questo studio informerà se l’uso del ctDNA del sangue periferico e il rilevamento di cambiamenti genetici ed epigenetici potrebbero servire come biomarcatore del sangue per rilevare lo sviluppo di tumori in pazienti ad alto rischio di cancro per la diagnosi precoce di tali tumori.

Acquisizione dei dati

Ai pazienti idonei verranno raccolti campioni di sangue e di urina facoltativi durante lo screening, nonché una scheda di anamnesi medica e un questionario sui sintomi.

Analisi

Il plasma e l'urina opzionale per studi genetici ed epigenetici verranno raccolti, elaborati (laboratori di categoria 2) e conservati secondo le linee guida PHE (7) all'interno del Centro RM per la patologia molecolare (accreditato ISO15189 (numero registrato UKAS 9839). RMH CMP è il laboratorio diagnostico del cancro per il North Thames GLH, uno dei sette hub del laboratorio genomico dell'NHS England. Sul sequenziatore Illumina NovaSeq 6000 del centro è possibile eseguire il sequenziamento ad alto volume e ad alta produttività a costi contenuti. Questa proposta si presta ad una scalabilità rapida e significativa. L'Unità ha un track record leader a livello internazionale nella ricerca sul ctDNA e ha già validato pannelli di geni del ctDNA rispetto alla diagnostica molecolare basata sui tessuti in pediatria (ct PED, in uso, programma di medicina stratificata CR-UK per evitare biopsie nei bambini) e al cancro del colon-retto - (ct GI) per il rilevamento della malattia minima residua nel cancro del colon-retto come progetto pilota dello studio TRACC finanziato dal NIHR (finanziamento di 3 milioni di sterline; gennaio 2020 per 8 anni). Il pannello ctGI da 23 geni è stato convalidato per una sensibilità di rilevamento VAF dello 0,125% e può essere analizzato con un controllo buffy coat (linea germinale) per eliminare gli artefatti CHIP. Il pannello è adatto per rilevare varianti nel cancro gastrointestinale e polmonare e può essere implementato immediatamente. Un pannello simile è stato sviluppato per l’uso nei tumori al seno. Questi pannelli sono stati utilizzati con successo nello studio PREVAIL di triage diagnostico sul cancro pan, finanziato dal NIHR. Il vantaggio del pannello ctGI interno è il costo di circa £ 300 per test (materiali di consumo più sequenziamento) - rispetto a diverse migliaia di sterline tramite un fornitore commerciale. Il costo è quindi inferiore a quello di un esame diagnostico invasivo (es. ecografia endoscopica e biopsia con ago sottile con personale associato e tempo in sala operatoria). Un sottogruppo di pazienti (n = 10) avrà anche ctDNA di derivazione plasmatica e urinaria sottoposto a confronto multipiattaforma con sequenziamento passa basso dell'intero genoma (WGS passa basso).

Al momento dell'arruolamento nello studio, il paziente avrà la possibilità di completare un questionario sui sintomi. Lo scopo di questo questionario è documentare la presenza o l'assenza di sintomi durante la partecipazione allo studio. A tutti i pazienti verrà chiesto di completarlo ogni volta che viene effettuata una raccolta di campioni (baseline al mese 0/mese 6 (facoltativo)/fine dello studio al mese 12).

Il team di ricerca clinica che valuta ciascun paziente in qualsiasi visita di ricerca è responsabile della revisione dei questionari sui sintomi compilati dai pazienti. Se sono presenti sintomi nuovi o in peggioramento, il team di ricerca li segnalerà al team curante o al medico di famiglia (GP) del paziente, per garantire che il paziente abbia un follow-up o indagini adeguati, se necessario

Raccolta retrospettiva di informazioni cliniche e radiologiche

I risultati degli studi radiologici o interventistici (biopsie, endoscopie), intrapresi dall'équipe clinica dei pazienti come parte del loro standard di cura, saranno raccolti dai medici dello studio ICED, al fine di consentire l'analisi correlativa con i risultati degli esami del sangue e facoltativi sequenziamento delle urine e questionario per il paziente.

I dati raccolti includeranno informazioni cliniche come segni, sintomi e risultati dell'esame clinico eseguito dal medico curante, referti radiologici, se i pazienti saranno sottoposti a sorveglianza radiologica di routine secondo la pratica e le linee guida locali, diagnosi istopatologica per i pazienti sottoposti a biopsie o interventi chirurgici.

Considerazione statistica

La supervisione dell'analisi statistica e della bioinformatica sarà fornita dal dottor Andrew Feber (leader del gruppo ICR e UCL) e dal dottor Catey Bunce (responsabile RM CTU - Statistica e formazione, RMH)

Questo studio è uno studio esplorativo sui biomarcatori e l'obiettivo primario è valutare se un segnale del ctDNA viene rilevato attraverso cambiamenti genetici o epigenetici.

In generale, i risultati verranno riportati come dimensioni dell'effetto con intervalli di confidenza del 95% invece di presentare valori p. Poiché lo studio non è motorizzato, verrà posta cautela nell’interpretazione dei risultati.

Questo è il primo studio di questo tipo. Non è invasivo al di là dei test standard che verrebbero effettuati su questi pazienti come parte della loro cura standard. Si tratta principalmente di uno studio di stima piuttosto che di un test rispetto a ipotesi predefinite e come tale i ricercatori non hanno incluso un calcolo formale della potenza. In realtà, fornire un tale calcolo sarebbe alquanto accademico poiché non esistono studi che fornirebbero prove solide in relazione ai parametri richiesti per i calcoli della dimensione del campione.

L'analisi sarà prevalentemente descrittiva. Le variabili continue verranno riportate come medie e deviazioni standard se approssimativamente normali (valutate mediante ispezione di istogrammi o mediane e intervalli interquartili se vi è un evidente allontanamento dalla normalità. Le variabili categoriali saranno riassunte utilizzando frequenze e percentuali. Un piano di analisi verrà scritto prima dell'analisi.

I risultati verranno presentati a seconda che il paziente abbia sviluppato o meno il cancro durante il follow-up.

1. Dimensione del campione La dimensione stimata del campione per questo studio è di circa 80-100 individui, inclusi 40-50 pazienti in ciascuna delle due coorti. Questo numero di pazienti si basa sul numero effettivo di portatori di varianti della linea germinale registrati nel registro dei portatori in qualsiasi momento presso l'unità di genetica del cancro presso l'RMH e sono sotto sorveglianza. Il numero stimato di pazienti che svilupperanno un tumore maligno e avranno un ctDNA rilevato durante la partecipazione allo studio è inferiore al numero totale di pazienti arruolati (circa il 30-35% dei pazienti). Questa stima della dimensione del campione si basa su due studi prospettici, uno che comprendeva pazienti con sindrome LI Fraumeni, in cui il tasso di tumore maligno rilevato da una risonanza magnetica dell'intero corpo una tantum era del 13,6% (PMID 28091804), e un secondo studio prospettico multicentrico che ha arruolato pazienti Lynch , dove il tasso di rilevamento del cancro del colon-retto è stato del 58% su un periodo di 2,5 anni (PMID 26657901). Sulla base delle prove disponibili, la nostra stima è che il 30-35% dei pazienti svilupperà un tumore maligno durante la partecipazione allo studio o avrà un cancro asintomatico rilevato al momento dell'arruolamento.

   Se meno pazienti del previsto svilupperanno il cancro, il reclutamento non verrà esteso e i dati verranno presentati come ottenuti. La ripartizione della dimensione del campione sarà di circa il 50% tra le due coorti. L'analisi sarà effettuata separatamente per ciascuna coorte. I pazienti arruolati nella coorte Li Fraumeni hanno la possibilità di arruolarsi in uno studio parallelo (SIGNIFIED), che indagherà il rapporto costo-efficacia di sottoporsi a una risonanza magnetica del corpo intero a 12 mesi di distanza nei portatori di tp53. Ciò consentirà potenzialmente l’analisi correlativa dei risultati della risonanza magnetica del corpo intero e dello studio sui biomarcatori del sangue/urine per i pazienti che scelgono di prendere parte a entrambi gli studi contemporaneamente.

2. analisi statistica

Il flusso dei pazienti attraverso lo studio verrà riportato in un diagramma di flusso simile a quello di un consorzio. Se i pazienti vengono persi al follow-up, le ragioni di ciò verranno segnalate ove note.

Punto finale 1:

La percentuale di pazienti che sviluppano un cancro che presentano ctDNA prima del cancro verrà riportata con intervalli di confidenza al 95% calcolati con il metodo binomiale esatto.

Endoint 1: il rischio relativo di cancro sarà calcolato nei pazienti con ctDNA rispetto a quelli senza cdNA rilevato.

La percentuale di pazienti che sviluppano una diagnosi di cancro durante il follow-up sarà riportata con intervalli di confidenza al 95% calcolati con il metodo binomiale esatto.

Verrà riportata anche la proporzione dei pazienti che non sviluppano il cancro con intervalli di confidenza al 95% calcolati con il metodo binomiale esatto.

Verrà inoltre riportata la percentuale di pazienti che non sviluppano il cancro ma che hanno un segnale ctDNA rilevato con intervalli di confidenza al 95% calcolati con il metodo binomiale esatto.

Allo stesso modo, la percentuale di pazienti che sviluppano il cancro ma non hanno un segnale ctDNA rilevato verrà riportata con intervalli di confidenza al 95% come sopra.

Punto finale 3:

Nella situazione in cui i pazienti vengono sottoposti a intervento chirurgico, i risultati verranno presentati come segue: se ci saranno meno di 5 pazienti che verranno sottoposti a intervento chirurgico, i dati grezzi verranno descritti individualmente. Se ci saranno più di 5 pazienti, i risultati riporteranno la differenza nel livello medio (SD)/mediano (intervallo) di ctDNA prima e dopo l'intervento chirurgico.

L'analisi statistica sarà eseguita separatamente per ciascuna coorte (coorte Li Fraumeni e GI) e per ciascuno degli endpoint menzionati nel paragrafo Endpoint (paragrafi 6.1 e 6.2). I risultati per ciascun endpoint saranno stimati con un intervallo di confidenza del 95% calcolato mediante il metodo binomiale esatto. Il gruppo si riferisce ai pazienti in cui viene rilevato un segnale ctDNA rispetto ai pazienti in cui non viene rilevato un segnale ctDNA; Il gruppo si riferirà anche ai pazienti che sviluppano un tumore maligno rispetto ai pazienti che non sviluppano un tumore maligno. Sebbene sia improbabile che ai pazienti che presentano un segnale ctDNA non venga diagnosticata una neoplasia maligna (durante il periodo di follow-up), ciò verrà chiarito quando si descriveranno i risultati delle analisi precedenti.

Punto finale 4:

La variazione dell'HRQoL e dei sintomi durante il periodo di follow-up verrà presentata utilizzando statistiche descrittive come media e deviazione standard dopo ogni visita. Verranno inoltre presentati graficamente i punteggi medi (DS) nel tempo. Ai partecipanti verrà chiesto di completare il questionario al basale, alla visita di follow-up (6 mesi) e alla fine della partecipazione allo studio (12 mesi +/- 2 mesi per consentire la disponibilità del paziente).

In termini di popolazione analizzata, i ricercatori riporteranno le caratteristiche di tutti i pazienti reclutati per lo studio. Se vengono persi al follow-up, gli investigatori riporteranno i dati disponibili e riporteranno la percentuale persa e le eventuali differenze tra la percentuale persa e quella non persa al follow-up.

Il limite principale di questo studio è il basso numero di pazienti che si prevede sviluppino il cancro in un dato periodo di tempo, pertanto i risultati saranno riportati come esplorativi.