Studie časné diagnózy zděděné rakoviny (ICED). (ICED)

Dědičné genetické změny hrají hlavní roli až u 10 % všech rakovin. Je identifikováno více než 50 dědičných rakovinových syndromů, které jedince predisponují k rozvoji určitých nádorů, což má za následek vysokou úmrtnost, pokud je rakovina diagnostikována v pokročilém stádiu. V současné době existují pro většinu těchto syndromů zavedená doporučení pro sledování, ty však zahrnují časté klinické, laboratorní, radiologické studie a invazivní vyšetření, která jsou nákladná, časově náročná a mohou vynechat detekci časných nádorů. Bylo prokázáno, že diagnostikou rakoviny před metastázami lze potenciálně snížit počet úmrtí souvisejících s rakovinou o 15 % během 5 let.

Omezení klinického a radiologického dohledu u pacientů s genetickými onemocněními V současnosti je jediným doporučením pro celotělový sken u syndromu nádorové predispozice u pacientů se zárodečnou mutací TP53. MRI celého těla (WB-MRI) je nákladná technika a vyžaduje přístup ke specializovaným radiologům. I když dokáže detekovat maligní proces, WB-MRI má také vysokou míru detekce benigních lézí, které budou vyžadovat další testy, což znamená pro pacienty značné dodatečné utrpení a čekací dobu. Ve Spojeném království je však přístup k celotělové MRI proměnlivý v celé zemi a není běžně financován. Program screeningu prsu NHS (BSP) nabízí sledování karcinomu prsu pomocí mamografie nebo MRI prsu ženám nesoucím zárodečné mutované BRCA1, BRCA2, TP53, A-T homozygoty, PALB2, PTEN, STK11 nebo CDH1. (15). Tento cílený screening může snížit výskyt rakoviny prsu, ale nevyšetřuje žádné další potenciální nádory, které mohou vzniknout u ženy se zárodečnou mutací výše uvedených genů. Kolonoskopie může odhalit časné kolorektální karcinom, i když je to invazivní, nákladný a časově náročný postup. Konečně, klinické vyšetření často nestačí k detekci asymptomatických nádorů a většina pacientů bohužel bude mít pokročilé malignity, když kurativní léčba již není možná.

Existuje jasná potřeba novějších přístupů k časné detekci rakoviny v těchto vysoce rizikových kohortách, které jsou pro pacienta méně invazivní, méně náročné na zdroje a mají zlepšenou citlivost.

Tato studie bude informovat o tom, zda by použití ctDNA periferní krve a detekce genetických a epigenetických změn mohlo sloužit jako krevní biomarker k detekci rozvoje nádoru u pacientů s vysokým rizikem rakoviny pro časnější diagnostiku těchto nádorů.

Získávání dat

Způsobilým pacientům budou při screeningu odebrány vzorky krve a volitelné moči, stejně jako list anamnézy a dotazník příznaků.

Analýza

Plazma a volitelná moč pro genetické a epigenetické studie budou odebírány, zpracovávány (laboratoře kategorie 2) a skladovány podle pokynů PHE (7) v RM Centru pro molekulární patologii (akreditováno ISO15189 (registrované číslo UKAS 9839). RMH CMP je laboratoř pro diagnostiku rakoviny pro North Thames GLH, jedno ze sedmi uzlů NHS England Genomic Laboratory Hubs. Velkoobjemové a nákladově efektivní sekvenování s vysokou propustností lze provádět na centrálním sekvenátoru Illumina NovaSeq 6000. Tento návrh se vyznačuje rychlou a významnou škálovatelností. Jednotka má mezinárodně vedoucí postavení ve výzkumu ctDNA a již ověřila panely genů ctDNA pro tkáňovou molekulární diagnostiku pro pediatrii (ct PED, v provozu, program stratifikované medicíny ČR-UK, aby se zabránilo biopsiím u dětí) a kolorektální rakovina - (ct GI) pro detekci minimální reziduální choroby u kolorektálního karcinomu jako pilotní projekt studie TRACC financované NIHR (grant 3 miliony GBP; leden 2020 po dobu 8 let). Panel ctGI s 23 geny byl validován na citlivost detekce VAF 0,125 % a lze jej spustit s kontrolou buffy coat (zárodečné linie), aby se eliminovaly artefakty CHIP. Panel je vhodný pro detekci variant u GI a rakoviny plic a lze jej okamžitě implementovat. Podobný panel byl vyvinut pro použití u rakoviny prsu. Tyto panely byly úspěšně použity ve studii NIHR financované NIHR v diagnostice třídění rakoviny PREVAIL. Výhodou interního panelu ctGI je cena ~ 300 GBP za test (spotřební materiál plus sekvenování) – oproti několika tisícům liber u komerčního poskytovatele. Cena je tedy nižší než u invazivního diagnostického testu (tj. endoskopický ultrazvuk a biopsie tenkou jehlou s doprovodným personálem a divadelním časem). Podskupina pacientů (n = 10) bude mít také ctDNA získanou z plazmy a moči, která bude podrobena křížovému srovnání platformy s nízkoprůchodovým sekvenováním celého genomu (low-pass WGS).

Při zápisu do studie bude mít pacient možnost vyplnit symptomový dotazník. Účelem tohoto dotazníku je dokumentovat přítomnost nebo nepřítomnost symptomů během účasti ve studii. Všichni pacienti budou požádáni, aby jej vyplnili pokaždé, když dojde k odběru vzorků (výchozí stav v měsíci 0 / měsíc 6 (volitelné) / konec studie ve 12. měsíci).

Klinický výzkumný tým, který hodnotí každého pacienta při kterékoli z výzkumných návštěv, je zodpovědný za přezkoumání dotazníků o symptomech, které pacienti vyplnili. Pokud se vyskytnou nějaké nové nebo zhoršující se příznaky, výzkumný tým je označí ošetřujícímu týmu nebo praktickému lékaři (GP) pacienta, aby se zajistilo, že pacient v případě potřeby podstoupí náležité sledování nebo vyšetření.

Retrospektivní sběr klinických a radiologických informací

Výsledky radiologických nebo intervenčních (biopsie, endoskopie) studií, které provádí klinický tým pacientů jako součást jejich standardní péče, budou shromažďovány lékaři studie ICED, aby bylo možné provést korelační analýzu s výsledky krve a volitelně sekvenování moči a dotazník pro pacienty.

Shromážděná data budou zahrnovat klinické informace, jako jsou příznaky, symptomy a výsledky klinického vyšetření provedeného ošetřujícím lékařem, radiologické zprávy, pokud budou pacienti podstupovat rutinní radiologický dohled podle místní praxe a pokynů, histopatologická diagnóza u pacientů podstupujících biopsie nebo chirurgické zákroky.

Statistická úvaha

Dohled nad statistickou analýzou a bioinformatikou budou zajišťovat Dr. Andrew Feber (vedoucí ICR Group a UCL) a Dr. Catey Bunce (RM CTU Manager - Statistics & Training, RMH)

Tato studie je explorativní studií biomarkerů a primárním cílem je posoudit, zda je signál ctDNA detekován prostřednictvím genetických nebo epigenetických změn.

Obecně budou výsledky uváděny jako velikosti účinku s 95% intervaly spolehlivosti na rozdíl od uvádění hodnot p. Vzhledem k tomu, že studie není napájena, bude při interpretaci zjištění věnována pozornost.

Jedná se o první studii svého druhu. Není invazivní nad rámec standardních testů, které by byly u těchto pacientů prováděny v rámci jejich standardní péče. Jedná se především o studii odhadu spíše než o jedno testování proti předem definovaným hypotézám a jako takové výzkumníci nezahrnuli formální výpočet síly. Ve skutečnosti by poskytnutí takového výpočtu bylo poněkud akademické, protože neexistují žádné studie, které by poskytly spolehlivé důkazy ve vztahu k parametrům požadovaným pro výpočty velikosti vzorku.

Analýza bude převážně popisná. Spojité proměnné budou vykazovány jako průměry a standardní odchylky, pokud jsou přibližně normální (vyhodnoceno kontrolou histogramů nebo mediánů a mezikvartilových rozsahů, pokud dojde k zjevnému odklonu od normality. Kategoriální proměnné budou sumarizovány pomocí četností a procent. Před analýzou bude sepsán plán analýzy.

Výsledky budou prezentovány podle toho, zda se u pacienta během sledování vyvinula rakovina či nikoli.

1. Velikost vzorku Odhadovaná velikost vzorku pro tuto studii je přibližně 80-100 jedinců, včetně 40-50 pacientů v každé ze dvou kohort. Tento počet pacientů vychází ze skutečného počtu přenašečů zárodečných variant registrovaných v registru přenašečů v kteroukoli danou dobu na oddělení Cancer Genetics na RMH a jsou pod dohledem. Odhadovaný počet pacientů, u kterých se během účasti ve studii rozvine zhoubný nádor a budou mít detekovanou ctDNA, je nižší než celkový počet zapsaných pacientů (přibližně 30–35 % pacientů). Tento odhad velikosti vzorku je založen na dvou prospektivních studiích, jedné zahrnující pacienty se syndromem LI Fraumeni, kde míra malignity detekované jednorázovým celotělovým MRI byla 13,6 % (PMID 28091804), a druhé prospektivní multicentrické studii zahrnující pacienty s Lynchem. , kde míra záchytu kolorektálního karcinomu byla 58 % za období 2,5 roku (PMID 26657901). Na základě dostupných důkazů odhadujeme, že u 30–35 % pacientů se během účasti ve studii vyvine malignita nebo bude mít v době zařazení do studie asymptomatickou rakovinu.

   Pokud se rakovina rozvine u méně pacientů, než se očekávalo, nábor nebude rozšířen a údaje budou prezentovány tak, jak byly získány. Rozdělení velikosti vzorku bude přibližně 50 % mezi dvě kohorty. Analýza bude provedena samostatně pro každou kohortu. Pacienti zařazení do kohorty Li Fraumeni mají možnost zařazení do paralelní studie (SIGNIFIED), která bude zkoumat nákladovou efektivitu absolvování celotělové MRI s odstupem 12 měsíců u nosičů tp53. To potenciálně umožní korelativní analýzu výsledků celotělové MRI a studie biomarkerů krve/močy u pacientů, kteří se rozhodnou zúčastnit se obou studií současně.

2. Statistická analýza

Průtok pacienta studií bude zaznamenán v konsortním vývojovém diagramu. Pokud pacienti nebudou pokračovat ve sledování, důvody pro to budou hlášeny, pokud jsou známy.

Koncový bod 1:

Podíl pacientů, u kterých se rozvine rakovina, kteří mají ctDNA před rakovinou, bude uveden s 95% intervalem spolehlivosti vypočítaným přesnou binomickou metodou.

Cíl 1: Relativní riziko rakoviny bude vypočítáno u pacientů s ctDNA ve srovnání s těmi, u kterých cdNA nebyla zjištěna.

Podíl pacientů, u kterých během sledování dojde k diagnóze rakoviny, bude hlášen s 95% intervalem spolehlivosti vypočítaným přesnou binomickou metodou.

Podíl pacientů, u kterých se rakovina nevyvine, bude rovněž uveden s 95% intervaly spolehlivosti vypočítanými přesnou binomickou metodou.

Podíl pacientů, u kterých se nevyvine rakovina, ale mají detekovaný signál ctDNA, bude rovněž uveden s 95% intervaly spolehlivosti vypočítanými přesnou binomickou metodou.

Stejně tak podíl pacientů, u kterých se rozvine rakovina, ale nemají detekovaný signál ctDNA, bude hlášen s 95% intervaly spolehlivosti, jak je uvedeno výše.

Koncový bod 3:

V situaci, kdy pacienti podstoupí operaci, budou nálezy prezentovány následovně: pokud bude operovaných méně než 5 pěti pacientů, budou hrubá data popsána individuálně. Pokud bude více než 5 pacientů, pak výsledky uvedou rozdíl v průměrné (SD)/mediánu (rozmezí) hladiny ctDNA před a po operaci.

Statistická analýza bude provedena samostatně pro každou kohortu (Li Fraumeni a GI kohorta) a pro každý z koncových bodů uvedených v odstavci Endpoints (odstavce 6.1 a 6.2). Výsledky pro každý koncový bod budou odhadnuty s 95% intervalem spolehlivosti vypočítaným přesnou binomickou metodou. Skupina označuje pacienty, u kterých je detekován signál ctDNA, oproti pacientům, u kterých není detekována ctDNA; skupina bude také odkazovat na pacienty, u kterých se vyvine zhoubný nádor, oproti pacientům, u kterých se zhoubný nádor nevyvine. Ačkoli je nepravděpodobné, že by u pacientů, kteří mají signál ctDNA, nebyla diagnostikována malignita (během období sledování), bude to objasněno při popisu zjištění předchozí analýzy.

Koncový bod 4:

Změny v HRQoL a symptomy během období sledování budou prezentovány pomocí deskriptivních statistik, jako je průměr a standardní odchylka po každé návštěvě. Průměrné skóre (SD) v průběhu času bude také zobrazeno graficky. Účastníci budou požádáni o vyplnění dotazníku na začátku studie, při následné návštěvě (6 měsíců) a na konci účasti ve studii (12 měsíců +/- 2 měsíce, aby byla zajištěna dostupnost pacienta).

Pokud jde o analyzovanou populaci, výzkumníci uvedou charakteristiky všech pacientů přijatých do studie. Pokud jsou ztraceny kvůli sledování, vyšetřovatelé oznámí dostupné údaje a oznámí podíl ztracených a jakékoli rozdíly mezi podílem ztracených a neztracených při sledování.

Hlavním omezením této studie je nízký počet pacientů, u kterých se očekává rozvoj rakoviny v daném časovém období, proto budou nálezy uváděny jako explorativní.