Estudo de diagnóstico precoce de câncer herdado (ICED) (ICED)

Alterações genéticas hereditárias desempenham um papel importante em até 10% de todos os cânceres. Existem mais de 50 síndromes de cancro hereditário identificadas que predispõem um indivíduo ao desenvolvimento de certos tumores, resultando numa elevada mortalidade quando o cancro é diagnosticado numa fase avançada. Atualmente existem diretrizes de vigilância estabelecidas para a maioria destas síndromes, no entanto, estas implicam estudos clínicos, laboratoriais, radiológicos frequentes e investigações invasivas que são dispendiosas, demoradas e podem omitir a detecção de tumores precoces. Foi demonstrado que, ao diagnosticar um cancro antes da metástase, as mortes relacionadas com o cancro poderiam ser potencialmente reduzidas em 15% no prazo de 5 anos.

Limitações da vigilância clínica e radiológica em pacientes com doenças genéticas Atualmente, a única recomendação para um exame de corpo inteiro em uma síndrome de predisposição ao câncer é para pacientes com uma mutação germinativa TP53. A ressonância magnética de corpo inteiro (WB-MRI) é uma técnica cara e requer acesso a radiologistas especializados. Embora possa detectar um processo maligno, a WB-MRI também apresenta uma alta taxa de detecção de lesões benignas que exigirão exames adicionais, representando considerável sofrimento adicional e tempo de espera para os pacientes. No entanto, no Reino Unido, o acesso à ressonância magnética de corpo inteiro varia em todo o país e não é financiado de forma rotineira. O programa de rastreio da mama do NHS (BSP) oferece vigilância do cancro da mama com mamografia ou ressonância magnética da mama a mulheres portadoras de uma mutação germinativa BRCA1, BRCA2, TP53, homozigotos AT, PALB2, PTEN, STK11 ou CDH1. (15). Este rastreio direcionado pode reduzir a incidência de cancro da mama, no entanto, não rastreia quaisquer outros tumores potenciais que possam surgir numa mulher com uma mutação germinativa dos genes acima mencionados. A colonoscopia pode detectar câncer colorretal precoce, embora seja um procedimento invasivo, caro e demorado. Finalmente, o exame clínico muitas vezes não é suficiente na detecção de tumores assintomáticos e a maioria dos pacientes, infelizmente, apresentará malignidades avançadas quando o tratamento curativo não for mais viável.

Há uma clara necessidade de novas abordagens para a detecção precoce do cancro nestas coortes de alto risco, que sejam menos invasivas para o paciente, menos intensivas em recursos e com maior sensibilidade.

Este estudo informará se o uso de ctDNA do sangue periférico e a detecção de alterações genéticas e epigenéticas poderiam servir como um biomarcador sanguíneo para detectar o desenvolvimento de tumores em pacientes com alto risco de câncer para diagnóstico precoce de tais tumores.

Aquisição de dados

Os pacientes elegíveis terão amostras de sangue e urina opcionais coletadas na triagem, bem como uma ficha de histórico médico e questionário de sintomas.

Análise

Plasma e urina opcional para estudos genéticos e epigenéticos serão coletados, processados ​​(laboratórios de categoria 2) e armazenados de acordo com as diretrizes do PHE (7) no Centro de Patologia Molecular da RM (credenciado pela ISO15189 (número registrado no UKAS 9839). RMH CMP é o laboratório de diagnóstico de câncer do North Thames GLH, um dos sete centros de laboratórios genômicos do NHS England. O sequenciamento de alto volume e baixo custo pode ser realizado no sequenciador Illumina NovaSeq 6000 do centro. Esta proposta se presta a uma escalabilidade rápida e significativa. A Unidade tem um histórico de liderança internacional em pesquisa de ctDNA e já validou painéis genéticos de ctDNA contra diagnósticos moleculares baseados em tecidos para pediatria (ct PED, em uso, programa de medicina estratificada CR-UK para evitar biópsias em crianças) e câncer colorretal - (ct GI) para detecção de doença residual mínima no câncer colorretal como piloto do estudo TRACC financiado pelo NIHR (concessão de £ 3 milhões; janeiro de 2020 por 8 anos). O painel ctGI de 23 genes foi validado para uma sensibilidade de detecção de VAF de 0,125% e pode ser executado com um controle de buffy coat (linha germinativa) para eliminar artefatos CHIP. O painel é adequado para detectar variantes no câncer gastrointestinal e de pulmão e pode ser implementado imediatamente. Um painel semelhante foi desenvolvido para uso em câncer de mama. Esses painéis foram usados ​​com sucesso em um estudo de triagem diagnóstica de câncer pan financiado pelo NIHR, PREVAIL. A vantagem do painel ctGI interno é o custo de aproximadamente £ 300 por teste (consumíveis mais sequenciamento) - versus vários milhares de libras através de um fornecedor comercial. O custo é, portanto, menor do que um teste de diagnóstico invasivo (ou seja, ultrassonografia endoscópica e biópsia por agulha fina com equipe associada e tempo de cirurgia). Um subconjunto de pacientes (n = 10) também terá ctDNA derivado de plasma e urinário submetido à comparação de plataforma cruzada com sequenciamento passa-baixa do genoma completo (WGS passa-baixa).

Na inscrição no estudo, o paciente terá a opção de preencher um questionário de sintomas. O objetivo deste questionário é documentar a presença ou ausência de sintomas ao longo da participação no estudo. Todos os pacientes serão solicitados a preenchê-lo sempre que houver uma coleta de amostra (linha de base no mês 0/mês 6 (opcional)/final do estudo no mês 12).

A equipe de pesquisa clínica que avalia cada paciente em qualquer uma das visitas de pesquisa é responsável pela revisão dos questionários de sintomas preenchidos pelos pacientes. Se houver algum sintoma novo ou agravamento, a equipe de pesquisa irá sinalizá-lo para a equipe de tratamento ou para o clínico geral (GP) do paciente, para garantir que o paciente tenha acompanhamento ou investigações adequadas, se necessário

Coleta retrospectiva de informações clínicas e radiológicas

Os resultados de estudos radiológicos ou intervencionistas (biópsias, endoscopias), realizados pela equipe clínica dos pacientes como parte de seu padrão de atendimento, serão coletados pelos médicos do estudo do ICED, a fim de permitir análises correlativas com os resultados de sangue e exames opcionais sequenciamento de urina e questionário do paciente.

Os dados coletados incluirão informações clínicas como sinais, sintomas e resultado do exame clínico realizado pelo médico responsável pelo tratamento, relatórios radiológicos, se os pacientes serão submetidos à vigilância radiológica de rotina de acordo com a prática e diretriz local, diagnóstico histopatológico para pacientes submetidos a biópsias ou cirurgias.

Consideração estatística

A supervisão da análise estatística e bioinformática será fornecida pelo Dr. Andrew Feber (líder do Grupo ICR e UCL) e pelo Dr. Catey Bunce (RM CTU Manager - Statistics & Training, RMH)

Este estudo é um estudo exploratório de biomarcadores e o objetivo principal é avaliar se um sinal de ctDNA é detectado por meio de alterações genéticas ou epigenéticas.

Em geral, os resultados serão relatados como tamanhos de efeito com intervalos de confiança de 95%, em vez de apresentarem valores de p. Como o estudo não é motorizado, será necessário cautela na interpretação dos resultados.

Este é o primeiro estudo desse tipo. Não é invasivo além dos testes padrão que seriam feitos nesses pacientes como parte do tratamento padrão. É principalmente um estudo de estimativa, em vez de um teste contra hipóteses predefinidas e, como tal, os investigadores não incluíram um cálculo formal de poder. Na realidade, fornecer tal cálculo seria algo académico, uma vez que não existem estudos que forneçam evidências robustas em relação aos parâmetros exigidos para os cálculos do tamanho da amostra.

A análise será principalmente descritiva. As variáveis ​​contínuas serão relatadas como médias e desvios padrão se forem aproximadamente normais (avaliadas pela inspeção de histogramas ou medianas e intervalos interquartis se houver um desvio evidente da normalidade. As variáveis ​​​​categóricas serão resumidas usando frequências e porcentagens. Um plano de análise será escrito antes da análise.

Os resultados serão apresentados de acordo com o paciente ter ou não desenvolvido câncer durante o acompanhamento.

1. Tamanho da amostra O tamanho estimado da amostra para este estudo é de aproximadamente 80-100 indivíduos, incluindo 40-50 pacientes em cada uma das duas coortes. Este número de pacientes baseia-se no número real de portadores de variantes germinativas registrados no registro de portadores em um determinado momento na unidade de Genética do Câncer da RMH e que estão em vigilância. O número estimado de pacientes que desenvolverão uma doença maligna e terão um ctDNA detectado durante a participação no estudo é inferior ao número total de pacientes inscritos (aproximadamente 30-35% dos pacientes). Esta estimativa do tamanho da amostra é baseada em dois estudos prospectivos, um incluindo pacientes com síndrome de LI Fraumeni, onde a taxa de malignidade detectada por uma ressonância magnética de corpo inteiro única foi de 13,6% (PMID 28091804), e um segundo estudo prospectivo multicêntrico envolvendo pacientes de Lynch , onde a taxa de detecção de câncer colorretal foi de 58% durante um período de 2,5 anos (PMID 26657901). Com base nas evidências disponíveis, nossa estimativa é que 30-35% dos pacientes desenvolverão uma doença maligna durante a participação no estudo ou terão um câncer assintomático detectado no momento da inscrição.

   Se menos pacientes do que o esperado desenvolverem câncer, o recrutamento não será estendido e os dados serão apresentados conforme obtidos. A divisão do tamanho da amostra será de aproximadamente 50% entre as duas coortes. A análise será realizada separadamente para cada coorte. Os pacientes inscritos na coorte de Li Fraumeni têm a opção de inscrição em um estudo paralelo (SIGNIFIED), que investigará a relação custo-benefício de se submeter a uma ressonância magnética de corpo inteiro com intervalo de 12 meses em portadores de tp53. Isto permitirá potencialmente a análise correlativa dos resultados de ressonância magnética de corpo inteiro e o estudo de biomarcadores de sangue/urina para pacientes que optarem por participar de ambos os estudos ao mesmo tempo.

2. Análise estatística

O fluxo do paciente durante o estudo será relatado em um fluxograma semelhante a um consórcio. Se os pacientes perderem o acompanhamento, as razões para isso serão relatadas quando conhecidas.

Ponto final 1:

A proporção de pacientes que desenvolvem câncer que possuem ctDNA antes do câncer será relatada com intervalos de confiança de 95% calculados pelo método binomial exato.

Endoint 1: O risco relativo de câncer será calculado em pacientes com ctDNA em comparação com aqueles sem cdNA detectado.

A proporção de pacientes que desenvolvem um diagnóstico de câncer durante o acompanhamento será relatada com intervalos de confiança de 95% calculados pelo método binomial exato.

A proporção de pacientes que não desenvolvem câncer também será relatada com intervalos de confiança de 95% calculados pelo método binomial exato.

A proporção de pacientes que não desenvolvem câncer, mas que têm um sinal de ctDNA detectado, também será relatada com intervalos de confiança de 95% calculados pelo método binomial exato.

Da mesma forma, a proporção de pacientes que desenvolvem cancro mas não têm um sinal de ctDNA detectado será relatada com intervalos de confiança de 95% como acima.

Ponto final 3:

Na situação em que os pacientes serão submetidos à cirurgia, os resultados serão apresentados da seguinte forma: se houver menos de 5 cinco pacientes que serão operados, os dados brutos serão descritos individualmente. Se houver mais de 5 pacientes, os resultados reportarão a diferença no nível médio (DP)/mediano (intervalo) de ctDNA antes e depois da cirurgia.

A análise estatística será realizada separadamente para cada coorte (Li Fraumeni e coorte GI) e para cada um dos parâmetros mencionados no parágrafo Endpoints (parágrafos 6.1 e 6.2). Os resultados para cada endpoint serão estimados com um intervalo de confiança de 95% calculado pelo método binomial exato. Grupo refere-se a pacientes nos quais um sinal de ctDNA é detectado versus pacientes nos quais não é detectado ctDNA; O grupo também se referirá a pacientes que desenvolvem uma malignidade versus pacientes que não desenvolvem uma malignidade. Embora seja improvável que pacientes que apresentem sinal de ctDNA não tenham diagnóstico de malignidade (durante o período de acompanhamento), isso será esclarecido ao descrever os achados de análises anteriores.

Ponto final 4:

A mudança na QVRS e os sintomas durante o período de acompanhamento serão apresentados por meio de estatísticas descritivas, como média e desvio padrão após cada visita. As pontuações médias (DP) ao longo do tempo também serão apresentadas graficamente. Os participantes serão solicitados a preencher o questionário no início do estudo, na visita de acompanhamento (6 meses) e no final da participação no estudo (12 meses +/- 2 meses para permitir a disponibilidade do paciente).

Em termos de uma população de análise, os investigadores relatarão características de todos os pacientes recrutados para o estudo. Se forem perdidos no acompanhamento, os investigadores relatarão os dados disponíveis e relatarão a proporção perdida e quaisquer diferenças entre a proporção perdida e aquelas não perdidas no acompanhamento.

A principal limitação deste estudo é o baixo número de pacientes que se espera que desenvolvam câncer em um determinado período de tempo, portanto os resultados serão relatados como exploratórios.