Badanie przesiewowe CRC przy użyciu mSEPT9 (metylowana septyna 9) w populacji chińskiej (RESEPT)

1. Tło

   Rak jelita grubego (RJG) jest trzecim najczęściej występującym nowotworem złośliwym układu pokarmowego. Regularne badania przesiewowe, wczesne wykrywanie i wczesne leczenie raka jelita grubego mogą zapewnić lepszą profilaktykę, a nawet wyleczenie. Obecnie 60%-70% pacjentów z CRC jest diagnozowanych dopiero w późnych stadiach, a tylko 11,8% przypadków jest wykrywanych we wczesnym stadium. Dlatego pilne jest zmniejszenie śmiertelności z powodu CRC poprzez poprawę wskaźnika wczesnych badań przesiewowych. W Chinach badanie na krew utajoną w kale (FOBT) i kolonoskopia są obecnie dostępne do wczesnego wykrywania CRC. FOBT jest szeroko stosowany ze względu na niski koszt i nieinwazyjność, jednak jego odsetek wyników fałszywie dodatnich jest stosunkowo wysoki ze względu na wiele czynników zakłócających. Bardziej zaawansowany FOBT, kałowy test immunochemiczny (FIT), znacznie poprawił specyficzność testu w porównaniu z tradycyjną metodą chemiczną, a jego zgodność jest wysoka, ale nadal podlega wpływowi innych chorób jelit, co prowadzi do niskiej dodatniej wartości predykcyjnej. Natomiast zgoda na kolonoskopię jest niska ze względu na jej inwazyjność, koszt i ryzyko powikłań.

   W ostatnich latach test metylacji genu SEPT9 w osoczu okazał się obiecującą metodą wczesnego wykrywania CRC. Wiele badań klinicznych wykazało, że metylowany gen SEPT9 jest użytecznym biomarkerem do wczesnego wykrywania CRC. Obecnie Epi proColon 2.0 CE firmy Epigenomics jest jedynym dostępnym na rynku globalnym testem metylacji genu SEPT9. Ten produkt uzyskał aprobatę certyfikacji CE Unii Europejskiej, chińskiej FDA i argentyńskiej FDA. Zakończono przesyłanie kluczowych danych klinicznych do amerykańskiej FDA, z uzasadnionymi oczekiwaniami szybkiego zatwierdzenia przez amerykańską FDA. Usługi oparte na teście metylacji genu SEPT9 są również świadczone w laboratoriach klinicznych, takich jak quest, Arup, Companion to DX i gamma dynacare z powszechnym kodem procedury medycznej (kod CPT) 81401. W Chinach BioChain (Beijing) Science and Technology, Inc, silny partner Epigenomics AG, opracował własny test metylacji genu SEPT9 za zgodą Epigenomics AG.

2. Oszacowanie wielkości próby

   W oparciu o równanie N=Z2* (P(1-p))/E2 dla znanego wskaźnika wykrywalności pozytywności, badacze obliczyli liczbę próbek potrzebnych do badania, w którym N oznacza wielkość próby, Z jest parametrem statystycznym ( Z=1,96 dla 95% przedziału ufności); E reprezentuje błąd (w tym badaniu wybrano 5%), a P reprezentuje prawdopodobieństwo (domniemany wskaźnik wykrywalności pozytywnej). Badacze wybrali 0,75 dla wartości P w oparciu o istniejącą literaturę dotyczącą czułości SEPT9. Liczba przypadków CRC jest obliczana jako 288 na podstawie powyższego równania. Śledczy mają na celu zebranie pełnych informacji dla 300 przypadków z powodu niekompletności informacji i utraty śledzenia. itp. Opierając się na szacunkach, że CRC stanowią 30% pacjentów ambulatoryjnych i hospitalizowanych wysokiego ryzyka w chińskich szpitalach, całkowita liczba pacjentów w badaniu nie powinna być mniejsza niż 1000 przypadków. Badacze mają na celu rekrutację 1200 przypadków w tym badaniu, biorąc pod uwagę 20% utratę wskaźnika obserwacji.

   Ostateczna rzeczywista liczba przypadków w tym badaniu wyniosła 1031 z powodu utraty śledzenia, niekompletnych danych testowych lub klinicznych lub próbek, które nie spełniały kryteriów testu.

3. Grupowanie tematyczne

   Wszyscy pacjenci nie zostaną zgrupowani przed pobraniem krwi do testu SEPT9, a próbki krwi zostaną pobrane od wszystkich pacjentów, którzy spełnili kryteria selekcji. Wszyscy technicy są ślepi na informacje kliniczne pacjentów. W celu zbadania wykonalności wykrywania stawów za pomocą testu SEPT9 i innych testów przesiewowych, na życzenie uczestniczących pacjentów i na podstawie oceny lekarzy zostaną przeprowadzone testy antygenu rakowo-płodowego (CEA) i testy FIT. Ta część danych zostanie wykorzystana w analizie retrospektywnej po zakończeniu badania.

   Po zakończeniu wszystkich zaplanowanych badań wszyscy badani zostaną podzieleni na trzy grupy w oparciu o diagnostykę i patologię kolonoskopii, grupę CRC, grupę chorób przedrakowych oraz grupę innych chorób, w której grupa CRC składa się z pacjentów z CRC w stadium 0-IV, grupa chorób przedrakowych obejmuje pacjentów z gruczolakiem i polipami, a grupa innych chorób obejmuje pacjentów z innymi chorobami jelit, innymi nowotworami i pacjentów bez objawów choroby.

4. Procedura próbna

   Szkolenie zostanie zakończone przed rozpoczęciem próby, w tym w zakresie procedury obsługi testu oraz korzystania z zestawów i narzędzi. To badanie jest randomizowanym badaniem z pojedynczą ślepą próbą. Wszyscy pacjenci powinni podpisać świadomą zgodę przed pobraniem krwi 10ml. Próbki zostaną przetworzone i wykonany zostanie test SEPT9 zgodnie z instrukcjami dla użytkowników. Wszyscy pacjenci zostaną poddani kolonoskopii i/lub badaniu patologicznemu w celu potwierdzenia diagnozy, a wyniki testu SEPT9 zostaną ustalone na podstawie instrukcji dla użytkowników. Analiza statystyczna zostanie przeprowadzona na podstawie wyników zarówno testu SEPT9, jak i kolonoskopii i/lub badania patologicznego.

5. Pobieranie i przechowywanie próbek

1) pobieranie próbek:

1. próbki powinny być pobierane od pacjentów ambulatoryjnych lub szpitalnych, a informacje o próbkach powinny być odnotowywane w formularzach pobierania próbek.
2. pobieranie próbki: 10 ml krwi obwodowej (tylko środek odkażający K2EDTA).
3. w celu zapewnienia dokładności testu pobieranie próbek powinno odbywać się ściśle w oparciu o powyższe wymagania, w przeciwnym razie może to wpłynąć na dokładność testu.

2) sposób przechowywania i transportu próbek: Przechowywać i przenosić próbki zgodnie z instrukcją użycia zestawu

6, SEPT9 test

Test metylacji genu SEPT9 (metoda sondy fluorescencyjnej PCR) składa się z dwóch etapów. Po pierwsze, wolny od komórek DNA w osoczu jest ekstrahowany za pomocą zestawu do przetwarzania plazmy, a następnie przeprowadzana jest konwersja wodorosiarczynem, w której niemetylowana cytozyna zostanie przekształcona, podczas gdy metylowana cytozyna nie. Po drugie, w celu określenia amplifikacji matrycy zostanie przeprowadzona reakcja PCR w czasie rzeczywistym z użyciem DNA przekształconego wodorosiarczynem (bisDNA) jako matrycy. Czynnik blokujący PCR i sondy specyficzne dla metylacji mogą współpracować, aby rozróżnić metylowany i niemetylowany DNA. Beta-aktyna będzie stosowana jako kontrola wewnętrzna do oceny jakości DNA w osoczu i ważności amplifikacji PCR. Kontrole pozytywne i negatywne będą dostarczane w zestawie jako kontrole jakości i będą każdorazowo przeprowadzane równolegle z próbkami.

7,Analiza danych i statystyki

Dane do testu SEPT9 i dane z kolonoskopii wszystkich badanych zostaną zebrane i przeanalizowane, zostaną obliczone następujące parametry:

Czułość Swoistość Spójność Wartość predykcyjna dodatnia (PPV) Wartość predykcyjna ujemna (NPV)

8, Etyka

Plan budżetu badania klinicznego zostanie przedłożony komisji etycznej uczestniczących szpitali do przeglądu przed rozpoczęciem badania klinicznego. Badanie nie zostanie rozpoczęte bez zgody komisji. Wszyscy badani podpiszą świadomą zgodę przed pobraniem krwi i zostaną poinformowani o zastosowaniu osocza i wynikach badań.

9, Postęp badań

2014.02-2014.04 Potwierdzenie protokołów badań klinicznych i szkolenie personelu w zakresie pobierania i badania próbek

2014.04-2014.08 Złożenie wniosku o badanie kliniczne do komisji etycznej do zatwierdzenia w czterech szpitalach

2014.08-2015.04 Rozpocznij rekrutację pacjentów i zbieranie ogólnych informacji o podmiotach

2014.10-2015.04 Pobieranie próbek i testy

2015.04-2015.07 Zbieraj i śledź informacje o kolonoskopii i/lub patologii

2015.07-2015.09 Przetwarzanie danych, statystyka i analiza

2015.10 Zamknięcie rekrutacji pacjentów i zakończenie badania

10, Budżet

Koszty obejmują wydatki na rekrutację 1200 osób, opłaty za wynajem sprzętu, koszty materiałów testowych, opłaty za przetwarzanie próbek, koszty pracy, koszty odszkodowań dla pacjentów, koszty podróży i konferencji, opłaty za publikację i własność intelektualną (IP). Wszystkie wydatki zostaną pokryte przez BioChain, ponieważ to badanie jest inicjowane i organizowane przez BioChain.

11,Publikacja i własność intelektualna

1. planuje opublikować 2-3 artykuły w czasopismach z indeksem indeksu cytowań naukowych (SCI), 3-4 artykuły w chińskich krajowych czasopismach podstawowych.
2. planuje złożyć jeden patent

12, Zarządzanie danymi

Jakość danych z badań klinicznych jest podstawą oceny wyników. Aby zapewnić prawdziwość i wiarygodność wyników eksperymentu, badacze ustanowili szereg zasad zarządzania danymi. Badacze dokładnie wyjaśnią zasady zarządzania danymi w tym badaniu w następującym składzie i odpowiedzialności Komitetu ds. Zarządzania Danymi oraz treści zarządzania danymi.

13.Zespół naukowy i personel

Aby uniknąć możliwych błędów spowodowanych różnicą w częstości występowania choroby i odsetku pacjentów w różnych szpitalach, do rekrutacji pacjentów w tym badaniu klinicznym zostaną wybrane cztery szpitale w Pekinie. Ponieważ pacjenci w tych czterech szpitalach pochodzą głównie z północnych Chin, badana populacja jest reprezentatywna dla epidemiologii chorób w tej części kraju. W badaniu wezmą udział lekarze i technicy z oddziałów chorób przewodu pokarmowego, endoskopii i chirurgii ogólnej z czterech szpitali, są to:

Peking Union Medical College Hospital (Pekin) Pekiński Wojskowy Szpital Ogólny (Pekin) Szpital onkologiczny Chińska Akademia Nauk Medycznych (Pekin) Pekiński Szpital Onkologiczny (Pekin)