Szybkie badanie sekwencjonowania całego genomu (rWGS)

Szybkie sekwencjonowanie całego genomu (rWGS) to nowa technologia, która jest w stanie dostarczyć opartą na objawach diagnozę chorób genetycznych rozpoczynających się w dzieciństwie w ciągu zaledwie 26 godzin. Badacze z RCIGM wykazali, że rWGS ma wyższe wskaźniki diagnostyczne niż tradycyjne testy molekularne u ostro chorych niemowląt podejrzanych o diagnozę genetyczną, ze wskaźnikami diagnostycznymi do 57%. Podobnie w populacji niemowląt, badacze RCIGM wykazali, że te diagnozy są przydatne w kierowaniu opieką kliniczną, przy czym do 70% niemowląt, które otrzymują diagnozę, ma późniejszą zmianę postępowania. W niektórych przypadkach szybka diagnoza skutkuje leczeniem ratującym życie. Badacze RCIGM wykazali, że nawet u 25% niemowląt, które otrzymały diagnozę, następuje późniejsza zmiana postępowania, która zapobiega chorobom. Potrzeba więcej danych, aby ustalić, czy wyniki te występują w innych instytucjach, wśród innych grup etnicznych i rasowych oraz u większej liczby pacjentów. Potrzeba więcej danych, aby zbadać doraźną i długoterminową użyteczność kliniczną takich badań, zarówno u noworodków, jak i starszych dzieci, a także określić opłacalność tych badań dla innych instytucji. W związku z tym badanie to będzie wynikiem współpracy wielu ośrodków w celu wymiany danych i doświadczeń rWGS ze społecznością naukową, a także administracją szpitali, firmami ubezpieczeniowymi i innymi kluczowymi zainteresowanymi stronami, które mogą być zainteresowane promowaniem rWGS jako testu klinicznego pierwszego rzutu w przyszłość.

Badanie dostarczy klinicznych, potwierdzonych laboratoryjnie wyników związanych z objawami pacjenta dotkniętego chorobą, w tym opcjonalnych przypadkowych wyników, chyba że badani zrezygnują z tych dodatkowych wyników, aby umożliwić wykorzystanie tych wyników badań w opiece klinicznej. Co więcej, badanie to będzie agregować dane dotyczące standardowych klinicznych testów genetycznych z wielu ośrodków, a także środki kosztów, aby nie tylko zidentyfikować różnice we wskaźnikach diagnostycznych, dokładności diagnostycznej i czasie do rozpoznania, ale także w celu określenia opłacalności tych testów i późniejszych zmian w zarządzaniu opieką. Użyteczność kliniczna zostanie zdefiniowana jako zmiany w opiece, które wynikają bezpośrednio z wyników badań genetycznych (zarówno pozytywnych, jak i negatywnych), w tym standardowych testów klinicznych i rWGS. Dane te zostaną wykorzystane do dalszego zbadania użyteczności analitycznej, diagnostycznej i klinicznej oraz opłacalności tych testów.

Metody rWGS są ciągle ulepszane, a pediatryczna medycyna genomiczna jest bardzo nową dziedziną praktyki medycznej. Badanie to dostarczy również badaczom informacji na temat najlepszych praktyk, zarówno pod względem tradycyjnych wyników medycznych, jak i wyników skoncentrowanych na pacjencie. W związku z tym badanie to będzie również działać jako biorepozytorium próbek i danych, ponieważ możliwość udostępniania danych genomicznych i fenotypowych wśród naukowców ma kluczowe znaczenie dla pogłębienia naszej wiedzy na temat rodzącej się dziedziny pediatrycznej medycyny genomicznej.

Cele szczegółowe:

1. Gromadzenie próbek biologicznych i powiązanych danych klinicznych od ostro chorych pacjentów pediatrycznych, którzy mogą mieć chorobę genetyczną, oraz od członków ich rodzin (Phenome).
2. Tworzenie, analizowanie i przechowywanie danych genomowych z próbek biologicznych. Dane genomowe będą obejmować sekwencje genomowe (gDNA), sekwencje RNA i/lub inne powiązane dane omiczne (w tym między innymi farmakogenomikę, transkryptomikę i epigenomikę). Dane genomowe z rWGS będą obejmować wywołania pojedynczych nukleotydów (SNV), warianty strukturalne, takie jak testowanie liczby kopii, rearanżacje genomowe, ekspresja genów, „cały transkryptom” lub bardziej ograniczone panele sekwencjonowania DNA określonych genów lub wszystkich eksonów genów („ Exom”).
3. Ocena wskaźnika diagnozy chorób genetycznych za pomocą rWGS w ostro chorej populacji rejestrującej się z wielu ośrodków w porównaniu ze standardowymi klinicznymi testami genetycznymi.
4. Ocena przydatności klinicznej szybkich diagnoz genetycznych w opiece i leczeniu pacjentów.
5. Zbadanie ekonomiki zdrowia i opłacalności tych szybkich testów w wielu ośrodkach.
6. Badanie i ulepszanie technologii i oprogramowania genomicznego w celu lepszego zrozumienia i testowania możliwości związanych z chorobami wieku dziecięcego i potencjalnymi odpowiedziami na leczenie.
7. Udostępnianie próbek i danych wykwalifikowanym badaczom i współpracownikom w celu lepszego zrozumienia rzadkich chorób wieku dziecięcego i odpowiedzi na leczenie.
8. Zbieranie i korelowanie danych genomowych z szerokiej gamy populacji i prezentacji klinicznych.
9. Zapewnienie zbiorów próbek i danych z jednolitą zgodą, metodami pozyskiwania, przechowywania do badań naukowych opartych na genomie z późniejszymi zgodami IRB.
10. Analizowanie i zgłaszanie klinicznie potwierdzonych diagnoz genomicznych i wskazówek dotyczących leczenia poprzez wykorzystanie nowych technologii badawczych.
11. Aby zidentyfikować i zbadać nowe procesy genowe i chorobowe.