Kliniczne zastosowanie technologii wysokowydajnego sekwencjonowania w diagnostyce pacjentów z ciężkimi infekcjami

Celem tego badania jest ocena wartości klinicznej wysokoprzepustowego sekwencjonowania patogenów zakaźnych u pacjentów z ciężką infekcją oraz ustalenie podstaw dla sekwencjonowania wysokowydajnego jako rutynowego klinicznego badania patogenów infekcji.

To badanie jest badaniem diagnostycznym, a wielkość próby wynosi 320 przypadków. 320 uczestników z oddziału hematologii i intensywnej terapii spełniających kryteria włączenia podzielono losowo na grupę kontrolną i grupę eksperymentalną po 160 przypadków w każdej grupie. Zarówno uczestnicy grupy kontrolnej, jak i eksperymentalnej poddawani są rutynowej diagnostyce klinicznej i leczeniu. Ponadto od uczestników grupy eksperymentalnej pobierane są próbki krwi pełnej, płynu mózgowo-rdzeniowego lub płynu z płukania pęcherzyków płucnych potrzebne do wysokoprzepustowego sekwencjonowania patogenów zakaźnych podczas pobierania próbek do rutynowego badania patogenezy infekcji. W przypadku uczestników grupy eksperymentalnej klinicyści kompleksowo określą metody dalszej diagnostyki i leczenia zgodnie z rutynowymi klinicznymi wynikami testów patogenu infekcji w połączeniu z wynikami wysokowydajnego sekwencjonowania patogenu zakaźnego, podczas gdy uczestnicy grupy kontrolnej przejdą obserwację- do góry metody diagnozowania i leczenia zgodnie z wynikami rutynowego klinicznego badania patogenu infekcji. Jeżeli wyniki wysokowydajnego sekwencjonowania patogenów zakaźnych grupy testowej są niezgodne z wynikami rutynowego badania patogenu infekcji, dalsza diagnostyka i leczenie uczestników będzie oparte na wynikach rutynowego badania patogenu infekcji z priorytetem .

W celu oceny wielkości próby przewidzieliśmy wskaźnik diagnozy patogenu rutynowymi klinicznymi metodami wykrywania patogenów i wysokoprzepustowym sekwencjonowaniem patogenów zakaźnych (α = 0, 05, β=0,10 (moc=0,9)), biorąc pod uwagę, że maksymalny wskaźnik brakujących przypadków wynosił 20%, i ostatecznie uzyskano zawartość próbki. To badanie obejmie wszystkich pacjentów wybranych i losowo przydzielonych do pełnego zestawu analiz zgodnie z zasadą zamiaru leczenia. Po wykluczeniu uczestników z niewystarczającą próbką, wycofaniu się z badania w trakcie, rezygnacji z leczenia i opuszczeniu szpitala lub utracie kontroli, pozostali uczestnicy zostaną objęci protokołem ustalonym na zasadzie per-protocol.

Jeśli chodzi o analizę statystyczną, w grupie eksperymentalnej porównany zostanie wskaźnik diagnozy patogenów i wskaźnik dokładności diagnostycznej między konwencjonalnymi testami patogenów zakaźnych a wysokoprzepustowym sekwencjonowaniem patogenów zakaźnych. Gromadząc statystyki godzin konsultacji i efektywności kosztowej, porównany zostanie wpływ wysokowydajnego sekwencjonowania patogenów zakaźnych na diagnozę i skuteczność leczenia grupy eksperymentalnej i kontrolnej, a dzięki tym wskaźnikom wartość zastosowania klinicznego w diagnostyce ciężkich pacjentów zakażonych przez wysokowydajne sekwencjonowanie patogenów zakaźnych.