Protokół charakterystyki klinicznej ciężkich chorób zakaźnych (CCPSEI) (CCPSEI)

Choroby zakaźne są największą pojedynczą przyczyną zgonów na świecie. Nowe czynniki zakaźne, takie jak SARS, MERS i SARS CoV-2, nowe wirusy grypy, wirusy wywołujące wirusową gorączkę krwotoczną (np. Ebola) oraz wirusy wpływające na ośrodkowy układ nerwowy (OUN), takie jak TBEV i Nipah, wymagają badań w celu zrozumienia biologii patogenów i patogenezy u gospodarza. Nawet w przypadku znanych infekcji oporność na terapie przeciwdrobnoustrojowe jest powszechna i brakuje metod leczenia kontrolujących potencjalnie szkodliwe reakcje gospodarza.

Aby rozwinąć mechanistyczne zrozumienie procesów chorobowych, tak aby można było zidentyfikować czynniki ryzyka ciężkiej choroby i opracować leczenie, konieczne jest zrozumienie cech patogenu związanych z wirulencją, dynamiką replikacji i ewolucją patogenu w organizmie żywiciela, dynamikę odpowiedzi gospodarza, farmakologię terapii przeciwbakteryjnych lub ukierunkowanych na gospodarza, dynamikę transmisji i czynniki leżące u podstaw indywidualnej wrażliwości.

Nowy koronawirus 2 zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej (SARS-CoV-2) doprowadził do prawie 500 000 przypadków COVID-19 i ponad 22 000 zgonów na całym świecie. Na dzień 21 marca 2020 r. odnotowano 24 738 przypadków i 291 zgonów w Stanach Zjednoczonych i 190 przypadków w Maryland w USA. Świat jest tragiczny, z doniesieniami o poważnym przeludnieniu szpitali, niedoborach środków medycznych i niewystarczającym personelu medycznym, aby poradzić sobie z gwałtownym wzrostem liczby pacjentów poszukujących opieki. Ryzyko wystąpienia tej sytuacji w innych krajach podkreśla skłonność do wysokiej zakaźności i bezobjawowego rozprzestrzeniania się. Aby chronić pacjentów i całą społeczność, pilnie potrzebne są badania, które pokierują strategiami kwarantanny i leczenia COVID-19.

Zachorowalność i śmiertelność z powodu COVID-19 jest związana z rozwojem piorunującej niewydolności oddechowej. Ostatnie dane sugerują, że śmiertelność sięga 38% wśród osób wymagających opieki na OIT, z których u wielu rozwinął się zespół ostrej niewydolności oddechowej (ARDS). Jednak obecnie nie wiadomo, którzy pacjenci są narażeni na ryzyko ciężkiego przebiegu choroby. Pilnie potrzebne są narzędzia diagnostyczne do wykrywania immunologicznych i fizjologicznych odpowiedzi chorobowych w celu identyfikacji infekcji u osób bezobjawowych oraz identyfikacji infekcji na trajektorii do ARDS. Co więcej, zakaźne rezerwuary SARS CoV-2 pozostają niejasne, chociaż dzieci mogą być ważnymi rezerwuarami, biorąc pod uwagę stosunkowo łagodny przebieg choroby u dzieci, a także przedłużone wydalanie wirusa z próbek z dróg oddechowych i kału. Niniejszy protokół ma na celu rozwiązanie tych krytycznych luk w wiedzy i przyszłych pytań związanych z zarządzaniem klinicznym COVID-19.

STACJI PACJENTA Od zarejestrowanych pacjentów hospitalizowanych zostanie pobrana krew pełna, 1 probówka RNA, surowica, wymazy z nosogardzieli (NP) lub jamy ustnej i gardła (OP) podczas rejestracji. Kolejne pobrania krwi (pełnej, surowicy lub osocza) wyłącznie do badań wśród hospitalizowanych pacjentów będą wynosiły maksymalnie 10 ml dziennie. Na ogół będzie to przebiegać zgodnie z harmonogramem dni 0/1, 3, 7 i co tydzień podczas hospitalizacji. Kolejne kolekcje po wypisie ze szpitala mają miejsce po 1 miesiącu, 3 miesiącach, 6 miesiącach, 9 miesiącach i 12 miesiącach.

Dane kliniczne z rutynowej opieki klinicznej, które zostaną zarejestrowane, obejmują między innymi:

• Objawy
• Kompleksowa historia medyczna
• Leki
• Badanie fizykalne, w tym parametry życiowe i podawanie tlenu
• Laboratoria kliniczne i mikrobiologiczne wykonywane podczas (morfologia krwi (CBC), chemia, mleczany, wyniki posiewów krwi, wyniki HIV)
• Obrazy i/lub wyniki badań obrazowych z dokumentacji szpitalnej

Ambulatorium Po rejestracji koordynator wysyłki skontaktuje się z uczestnikiem w celu potwierdzenia chęci uczestnictwa i zweryfikowania adresu wysyłkowego, na który zostanie wysłany zestaw do samodzielnego badania. Ten zestaw będzie zawierał termometr, pulsoksymetr, rękawiczki, wymazówki NP i OP (na dni 0, 3, 7, 14), 4 wirusowe nośniki transportowe, do których zostaną włożone wymazówki po wykonaniu testu, Tasso i/lub odsączona plamka krwi zestawy, Oracol (probówka do pobierania wydzieliny z jamy ustnej).

Uczestnicy z potwierdzonym lub podejrzewanym COVID-19, w wieku 18 lat i starsi, zostaną objęci obserwacją podczas samodzielnego pobierania próbek. Próbki zostaną pobrane samodzielnie w dniu 0, co powinno nastąpić w ciągu 24-48 godzin od rejestracji. Samodzielne pobieranie próbek nastąpi również w dniach 3, 7, 14,(-1/+1) oraz 28 dni (+32). Uczestnicy z uporczywymi objawami będą mieli dodatkowy termin odbioru na 21 dni (-2/+2), jeśli to możliwe. Uczestnicy zostaną poinstruowani, aby zrobić to samodzielnie i nie prosić innych o pomoc. Zestaw do samokontroli zawierałby jasne instrukcje dotyczące samodzielnego pobierania próbek. Może to obejmować pobieranie krwi z dróg oddechowych, wydzieliny z jamy ustnej i wyschniętej plamki krwi/bezbolesne pobieranie krwi włośniczkowej, w zależności od dostępności zasobów. W zależności od zasobów wysyłkowych próbki będą tymczasowo przechowywane w osobistej zamrażarce uczestnika. Parametry życiowe (np. tętno, wysycenie tlenem, temperatura) będą zbierane przez uczestników z pozytywnym wynikiem COVID-19 za pomocą urządzeń dostarczonych w ramach badania, gdy dostępne będą zasoby (np. przenośny pulsoksymetr i/lub termometr). Kwestionariusze dotyczące demografii, historii medycznej, socjoekonomicznego, zdrowia psychicznego, kontaktów domowych i sytuacji mieszkaniowej będą podawane elektronicznie lub przez personel badawczy, w zależności od sytuacji uczestnika badania. Standardowy kwestionariusz objawów będzie podawany w każdym punkcie czasowym pobierania próbek drogą elektroniczną lub przez personel badawczy, w tym w dniu 28.