Monitorowanie oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe na podstawie analiz metagenomicznych u pacjentów z zapaleniem płuc
21 kwietnia 2026 zaktualizowane przez: Mei Kang, Shanghai General Hospital, China
Monitorowanie oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe na podstawie analiz metagenomicznych u pacjentów z zapaleniem płuc: badanie epidemiologiczne genomu
Monitorowanie oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe (AMR) w oparciu o analizy metagenomiczne u pacjentów z zapaleniem płuc ma kluczowe znaczenie dla optymalizacji diagnostyki klinicznej i leczenia oraz poprawy rokowania klinicznego. Celem tego badania jest postawienie następujących kluczowych pytań:
- Jakie są mapy mikrobiomu pacjentów z ciężkim i łagodnym zapaleniem płuc?
- Ile genów oporności na patogeny występuje w ciężkim i łagodnym zapaleniu płuc?
- Jaka jest różnorodność genetyczna kluczowych patogenów wykrytych w ciężkim i łagodnym zapaleniu płuc w latach 2019–2025?
Przegląd badań
Status
Status
Rekrutacyjny
Warunki
Warunki
Szczegółowy opis
Jest to historyczne prospektywne badanie obserwacyjne. Pacjenci, u których zdiagnozowano ciężkie i łagodne zapalenie płuc, są rekrutowani w sposób ciągły z czterech szpitali (szpitala ogólnego w Szanghaju, szpitala ludowego Wuxi stowarzyszonego z Uniwersytetem Medycznym w Nanjing, szpitala Unii w Wuhan i szpitala centralnego Huanggang) w Chinach w okresie od marca 2019 r. do marca 2025 r.
Sekwencjonowanie nowej generacji: Biblioteki metagenomiczne i metatranskryptomiczne poddawane są sekwencjonowaniu nowej generacji przy użyciu platformy Illumina Novaseq 6000.
Analiza mikrobiomu: przy użyciu KneadData (v0.10.0) odniesienie z ludzkiego genomu (referencyjna baza danych GRCH38) w celu odfiltrowania kontroli jakości danych sekwencjonowania iluminy w zestawach danych genomu wirusa wirusa Virosaurus do pobrania w celach informacyjnych, Bowtie2 (v2.3.4.1) (pokrycie genomu > 30%, głębokość > 1X) zostało użyto do zlokalizowania i analizy sekwencji po gospodarzu, a następnie użyto komendy „samtools idxstats” do obliczenia klasyfikacji i względnej liczebności wirusów. Tymczasem, aby uzyskać informacje o adnotacjach bakterii na poziomie gatunku, wykorzystano PhyloFlash (v3.4) do obliczenia liczby odczytów dla genów 16S rRNA w bazie danych SILVA, wybierając jako próg podobieństwo większe lub równe 98%. Wykorzystując bazę danych genomu patogenów eukariotycznych EUPATHDB46 jako odniesienie, narzędzia Bowtie2 i samtool wykorzystano do jakościowej i ilościowej analizy patogenów grzybowych.
Kryteriami ustalania przyczyny zakażenia dróg oddechowych są: (1) istniejące gatunki, o których wiadomo, że są powiązane z chorobami człowieka (ICD-10), (2) wcześniej niezidentyfikowane, potencjalne nowe patogeny (tylko wirusy DNA i RNA, których rodzaje lub rodziny zostały wcześniej zidentyfikowane wykazano, że zakażają ssaki) oraz (3) nie uwzględniono możliwych bakterii symbiotycznych.
Analiza AMR: porównując podobieństwo sekwencji pomiędzy fragmentami sekwencjonowania i znanymi genami oporności na leki, wykrywalność może określić, czy istnieją geny oporności na leki i zasugerować lekooporność spowodowaną modyfikacją, inaktywacją, represją i innymi genami oporności na leki.
Wykrywanie genów lekooporności: geny związane z lekoopornością zarejestrowane w bazie CARD (Kompleksowa baza danych o oporności na antybiotyki) i ARG-ANNOT. W tym teście zgłoszono jedynie geny funkcjonalne wykazujące działania związane z opornością na leki, takie jak modyfikacja, inaktywacja i represja, a także zmiany szlaku i miejsca docelowego spowodowane niektórymi mutacjami punktowymi.
Różnorodność genetyczną obliczono jako średnią odległość genetyczną w parach w grupie. Drzewa filogenetyczne o największym prawdopodobieństwie skonstruowano przy użyciu RaxML z ogólnym modelem podstawienia nukleotydów z odwracalnym w czasie i 1000 bootstrapami. Odległość genetyczną między sekwencjami obliczono za pomocą MEGAX, z metodą bootstrap do estymacji wariancji.
Typ studiów
Typ studiów
Obserwacyjny
Zapisy (Szacowany)
Zapisy
800
Kontakty i lokalizacje
Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.
Kontakt w sprawie studiów
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Mei Kang, MPH
- Numer telefonu: 18501709576
- E-mail: mei.kang@shgh.cn
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Xue Tian, Master
- Numer telefonu: 02163240090
- E-mail: xue.tian@shgh.cn
Lokalizacje studiów
-
-
Shanghai Municipality
-
Shanghai, Shanghai Municipality, Chiny, 200080
- Rekrutacyjny
- Mei Kang
-
Kontakt:
- Mei Kang, MPH
- Numer telefonu: +8618501709576
- E-mail: mei.kang@shgh.cn
-
Pod-śledczy:
- Ruilan Wang, PhD
-
Pod-śledczy:
- Lehao Ren, PhD
-
Pod-śledczy:
- Dapeng Wang, PhD
-
Główny śledczy:
- Shan Gao, Master
-
Pod-śledczy:
- Jiang Du, PhD
-
Pod-śledczy:
- Xue Tian, Master
-
-
Kryteria uczestnictwa
Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.
Kryteria kwalifikacji
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Nie
Metoda próbkowania
Próbka bez prawdopodobieństwa
Badana populacja
Pacjenci z zapaleniem płuc z czterech ośrodków w Chinach w latach 2022–2025.
Opis
Kryteria włączenia:
- U pacjentów, u których klinicznie zdiagnozowano ciężkie i łagodne zapalenie płuc, diagnozuje się zgodnie z Wytycznymi dotyczącymi diagnostyki i leczenia pozaszpitalnego zapalenia płuc u dorosłych (wydanie 2019) opracowanymi przez American Thoracic Society (ATS) i Amerykańskie Towarzystwo Chorób Zakaźnych (IDSA). , którzy spełniają jedno z poniższych kryteriów głównych lub ≥3 kryteria mniejsze. Kryteria diagnostyczne ciężkiego i łagodnego zapalenia płuc u dzieci zostały przyjęte przez Brytyjskie Towarzystwo Chorób Klatki Piersiowej (BTS) w 2011 roku.
- Wykonano badanie kliniczne, a w badaniu mikrobiologicznym pozostała biopróbka (wymaz z nosogardzieli, wymaz z jamy ustnej i gardła, płyn z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego, plwocina, krew, wydzielina z opłucnej, tkanka płuc).
Kryteria wykluczenia:
- Pacjenci, których próbki biologiczne mogą być skażone;
- Pacjenci, u których objętość płynu z płukania pęcherzykowego lub opłucnej jest mniejsza niż 200 µl.
Plan studiów
Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Liczba grup / kohort
2
Kohorty i interwencje
Grupa / KohortaGrupa / Kohorta |
|---|
|
Ciężkie zapalenie płuc
U pacjentów, u których klinicznie zdiagnozowano ciężkie zapalenie płuc, diagnozuje się zgodnie z Wytycznymi dotyczącymi diagnostyki i leczenia pozaszpitalnego zapalenia płuc u dorosłych (wydanie 2019) opracowanymi przez American Thoracic Society (ATS) i Amerykańskie Towarzystwo Chorób Zakaźnych (IDSA), które spełniają Można rozpoznać 1 z poniższych kryteriów głównych lub ≥3 kryteria mniejsze.
Kryteria diagnostyczne ciężkiego zapalenia płuc u dzieci zostały przyjęte przez Brytyjskie Towarzystwo Chorób Klatki Piersiowej (BTS) w 2011 roku.
|
|
Łagodne zapalenie płuc
U pacjentów, u których klinicznie zdiagnozowano ciężkie i łagodne zapalenie płuc, diagnozuje się zgodnie z Wytycznymi dotyczącymi diagnostyki i leczenia pozaszpitalnego zapalenia płuc u dorosłych (wydanie 2019) opracowanymi przez American Thoracic Society (ATS) i Amerykańskie Towarzystwo Chorób Zakaźnych (IDSA). .
Kryteria diagnostyczne ciężkiego i łagodnego zapalenia płuc u dzieci zostały przyjęte przez Brytyjskie Towarzystwo Chorób Klatki Piersiowej (BTS) w 2011 roku
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Skład mikrobiomu
Ramy czasowe: w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
zbiór zbiorowisk drobnoustrojów wykrytych w próbce biologicznej
|
w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
Miary wyników drugorzędnych
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Różnorodność alfa
Ramy czasowe: w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
różnorodność w obrębie określonego obszaru lub ekosystemu
|
w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
|
Występowanie genów oporności bakterii
Ramy czasowe: w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
liczba genów oporności bakterii podzielona przez liczbę próbek biologicznych
|
w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
|
Różnorodność beta
Ramy czasowe: w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
porównanie różnorodności między ekosystemami, zwykle mierzone jako ilość zmian gatunków między ekosystemami
|
w okresie objętym badaniem 2019-2025
|
Współpracownicy i badacze
Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.
Sponsor
Sponsor
Współpracownicy
Współpracownicy
Śledczy
Śledczy
- Główny śledczy: Mei Kang, MPH, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine
Publikacje i pomocne linki
Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.
Publikacje ogólne
- Metlay JP, Waterer GW, Long AC, Anzueto A, Brozek J, Crothers K, Cooley LA, Dean NC, Fine MJ, Flanders SA, Griffin MR, Metersky ML, Musher DM, Restrepo MI, Whitney CG. Diagnosis and Treatment of Adults with Community-acquired Pneumonia. An Official Clinical Practice Guideline of the American Thoracic Society and Infectious Diseases Society of America. Am J Respir Crit Care Med. 2019 Oct 1;200(7):e45-e67. doi: 10.1164/rccm.201908-1581ST.
- Chiu CY, Miller SA. Clinical metagenomics. Nat Rev Genet. 2019 Jun;20(6):341-355. doi: 10.1038/s41576-019-0113-7.
- Charalampous T, Alcolea-Medina A, Snell LB, Williams TGS, Batra R, Alder C, Telatin A, Camporota L, Meadows CIS, Wyncoll D, Barrett NA, Hemsley CJ, Bryan L, Newsholme W, Boyd SE, Green A, Mahadeva U, Patel A, Cliff PR, Page AJ, O'Grady J, Edgeworth JD. Evaluating the potential for respiratory metagenomics to improve treatment of secondary infection and detection of nosocomial transmission on expanded COVID-19 intensive care units. Genome Med. 2021 Nov 17;13(1):182. doi: 10.1186/s13073-021-00991-y.
- File TM Jr, Ramirez JA. Community-Acquired Pneumonia. N Engl J Med. 2023 Aug 17;389(7):632-641. doi: 10.1056/NEJMcp2303286. No abstract available.
- Limmathurotsakul D, Dunachie S, Fukuda K, Feasey NA, Okeke IN, Holmes AH, Moore CE, Dolecek C, van Doorn HR, Shetty N, Lopez AD, Peacock SJ; Surveillance and Epidemiology of Drug Resistant Infections Consortium (SEDRIC). Improving the estimation of the global burden of antimicrobial resistant infections. Lancet Infect Dis. 2019 Nov;19(11):e392-e398. doi: 10.1016/S1473-3099(19)30276-2. Epub 2019 Aug 16.
- Park DE, Higdon MM, Prosperi C, Baggett HC, Brooks WA, Feikin DR, Hammitt LL, Howie SRC, Kotloff KL, Levine OS, Madhi SA, Murdoch DR, O'Brien KL, Scott JAG, Thea DM, Antonio M, Awori JO, Baillie VL, Bunthi C, Kwenda G, Mackenzie GA, Moore DP, Morpeth SC, Mwananyanda L, Paveenkittiporn W, Ziaur Rahman M, Rahman M, Rhodes J, Sow SO, Tapia MD, Deloria Knoll M. Upper Respiratory Tract Co-detection of Human Endemic Coronaviruses and High-density Pneumococcus Associated With Increased Severity Among HIV-Uninfected Children Under 5 Years Old in the PERCH Study. Pediatr Infect Dis J. 2021 Jun 1;40(6):503-512. doi: 10.1097/INF.0000000000003139.
- Li N, Cai Q, Miao Q, Song Z, Fang Y, Hu B. High-Throughput Metagenomics for Identification of Pathogens in the Clinical Settings. Small Methods. 2021 Jan 4;5(1):2000792. doi: 10.1002/smtd.202000792. Epub 2020 Dec 13.
- Zhang YZ, Chen YM, Wang W, Qin XC, Holmes EC. Expanding the RNA Virosphere by Unbiased Metagenomics. Annu Rev Virol. 2019 Sep 29;6(1):119-139. doi: 10.1146/annurev-virology-092818-015851. Epub 2019 May 17.
- Boolchandani M, D'Souza AW, Dantas G. Sequencing-based methods and resources to study antimicrobial resistance. Nat Rev Genet. 2019 Jun;20(6):356-370. doi: 10.1038/s41576-019-0108-4.
- Suzuki S, Horinouchi T, Furusawa C. Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles. Nat Commun. 2014 Dec 17;5:5792. doi: 10.1038/ncomms6792.
- Howard A, Reza N, Aston S, Woods B, Gerada A, Buchan I, Hope W, Martson AG. Antimicrobial treatment imprecision: an outcome-based model to close the data-to-action loop. Lancet Infect Dis. 2024 Jan;24(1):e47-e58. doi: 10.1016/S1473-3099(23)00367-5. Epub 2023 Aug 31.
- Serpa PH, Deng X, Abdelghany M, Crawford E, Malcolm K, Caldera S, Fung M, McGeever A, Kalantar KL, Lyden A, Ghale R, Deiss T, Neff N, Miller SA, Doernberg SB, Chiu CY, DeRisi JL, Calfee CS, Langelier CR. Metagenomic prediction of antimicrobial resistance in critically ill patients with lower respiratory tract infections. Genome Med. 2022 Jul 12;14(1):74. doi: 10.1186/s13073-022-01072-4.
- Shi M, Zhao S, Yu B, Wu WC, Hu Y, Tian JH, Yin W, Ni F, Hu HL, Geng S, Tan L, Peng Y, Song ZG, Wang W, Chen YM, Holmes EC, Zhang YZ. Total infectome characterization of respiratory infections in pre-COVID-19 Wuhan, China. PLoS Pathog. 2022 Feb 17;18(2):e1010259. doi: 10.1371/journal.ppat.1010259. eCollection 2022 Feb.
- Harris M, Clark J, Coote N, Fletcher P, Harnden A, McKean M, Thomson A; British Thoracic Society Standards of Care Committee. British Thoracic Society guidelines for the management of community acquired pneumonia in children: update 2011. Thorax. 2011 Oct;66 Suppl 2:ii1-23. doi: 10.1136/thoraxjnl-2011-200598.
- Li ZJ, Zhang HY, Ren LL, Lu QB, Ren X, Zhang CH, Wang YF, Lin SH, Zhang XA, Li J, Zhao SW, Yi ZG, Chen X, Yang ZS, Meng L, Wang XH, Liu YL, Wang X, Cui AL, Lai SJ, Jiang T, Yuan Y, Shi LS, Liu MY, Zhu YL, Zhang AR, Zhang ZJ, Yang Y, Ward MP, Feng LZ, Jing HQ, Huang LY, Xu WB, Chen Y, Wu JG, Yuan ZH, Li MF, Wang Y, Wang LP, Fang LQ, Liu W, Hay SI, Gao GF, Yang WZ; Chinese Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Etiology of Respiratory Infection Surveillance Study Team. Etiological and epidemiological features of acute respiratory infections in China. Nat Commun. 2021 Aug 18;12(1):5026. doi: 10.1038/s41467-021-25120-6.
- Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen AV, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran HK, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D517-D525. doi: 10.1093/nar/gkz935.
- Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. Lancet. 2022 Feb 12;399(10325):629-655. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02724-0. Epub 2022 Jan 19.
- GBD 2019 Diseases and Injuries Collaborators. Global burden of 369 diseases and injuries in 204 countries and territories, 1990-2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019. Lancet. 2020 Oct 17;396(10258):1204-1222. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30925-9.
- Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, Hu Y, Tao ZW, Tian JH, Pei YY, Yuan ML, Zhang YL, Dai FH, Liu Y, Wang QM, Zheng JJ, Xu L, Holmes EC, Zhang YZ. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3. Epub 2020 Feb 3.
Daty zapisu na studia
Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Rozpoczęcie studiów
1 sierpnia 2024
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe
15 kwietnia 2026
Ukończenie studiów (Szacowany)
Ukończenie studiów
30 września 2026
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany
18 sierpnia 2024
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
20 sierpnia 2024
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Pierwszy wysłany
22 sierpnia 2024
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia wysłana aktualizacja
23 kwietnia 2026
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
21 kwietnia 2026
Ostatnia weryfikacja
Ostatnia weryfikacja
1 kwietnia 2026
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
Inne numery identyfikacyjne badania
- 2023234
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
NIEZDECYDOWANY
Opis planu IPD
Zbiory danych wykorzystane w tym badaniu są dostępne na żądanie głównego badacza.
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .