Diagnoza RSTS: Identyfikacja profili acetylacji jako markerów epigenetycznych do oceny przyczynowości wariantów CREBBP i EP300. (GENEPI)
Zespół Rubinsteina-Taybiego (RSTS) to rzadkie i ciężkie wrodzone zaburzenie rozwojowe charakteryzujące się wrodzonymi anomaliami i niepełnosprawnością intelektualną z deficytem pamięci długotrwałej. Głównym wyzwaniem jest poprawa sprawności intelektualnej i pamięciowej tych pacjentów. CREBBP i EP300 to dwa geny, o których wiadomo, że powodują RSTS. Oba paralogi odgrywają główną rolę w przebudowie chromatyny i kodują koaktywatory transkrypcji oddziałujące z wieloma białkami.
Celem tego badania pilotażowego jest scharakteryzowanie profili acetylacji histonów w celu zidentyfikowania specyficznych markerów acetylacji podczas normalnego i patologicznego różnicowania neuronów korowych i piramidalnych w RSTS.
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
- Procedura: biopsja skóry dla pierwotnej hodowli fibroblastów i 15 ml próbki krwi (3 nienazwane próbki po 5 ml) u każdego z 4 włączonych pacjentów SRT.
- Inny: Wytwarzanie indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC) z fibroblastów uzyskanych w wyniku biopsji skóry
- Inny: Profile acetylacji histonów komórek pacjentów z SRT z mutacjami CREBBP
- Inny: Funkcjonalne zaangażowanie zidentyfikowanych zmian epigenetycznych
- Biologiczny: Hodowla linii limfoblastoidalnej z próbki krwi
Szczegółowy opis
CREBBP i EP300 to dwa geny paralogowe związane z determinizmem RSTS i kodują odpowiednio CBP i p300. Białka te są koaktywatorami transkrypcji, które posiadają domenę katalitycznej acetylotransferazy lizyny (KAT) zaangażowaną w acetylację reszt lizyny histonów, ale także innych białek. CBP i p300 promują transkrypcję, tworząc środowisko chromatyny, które jest korzystne dla ekspresji genów i łącząc ze sobą różne czynniki transkrypcyjne. W ten sposób koordynują regulację maszynerii transkrypcyjnej, od podstawowego promotora do wzmacniaczy genów docelowych.
RSTS jest uważany za genetyczny model anomalii neurorozwojowej z komponentem epigenetycznym.
Acetylacja histonów jest jedną z głównych modyfikacji potranslacyjnych (PTM) tych białek, które zapewniają tworzenie i kontrolę struktury chromatyny. Podczas różnicowania komórek embrionalnych ta modyfikacja odgrywa kluczową rolę w aktywacji transkrypcji.
Mysie modele RSTS stworzyły związek między modulacją acetylacji histonów a tworzeniem pamięci, pokazując ich kluczową rolę w plastyczności neuronów. Jednak nie ma danych na temat acetylacji histonów w neuronach pacjentów z RSTS. Ponadto u ludzi szlaki molekularne, na które wpływają te zmiany podczas rozwoju układu nerwowego, nie są określone, zwłaszcza w neuronach piramidalnych, które są prekursorami neuronów hipokampa zaangażowanych w kodowanie i przechowywanie pamięci.
W RSTS utrata funkcji CBP skutkuje deficytem aktywności KAT, która odpowiada za zmianę acetylacji histonów, prowadząc do niewłaściwych zmian w strukturze chromatyny. Konsekwencją mutacji jest efekt deregulacji aktywności genów zaangażowanych w rozwój. Obecnie nie są dostępne żadne badania na poziomie neuronów dotyczące funkcjonalnego związku między acetylacją histonów a rozregulowanymi genami w RSTS.
W ramach tego projektu badacze zidentyfikują docelowe geny, w których regulacji epigenetycznej pośredniczy acetylacja histonów. Dokładniej, badanie skupi się na dynamice chromatyny podczas normalnego i patologicznego różnicowania neuronów korowych i piramidalnych. Badacze określą spośród markerów histonowych zależnych od CBP te, które są zmodyfikowane w komórkach pacjentów z RSTS i loci, które kontrolują. Równolegle badacze zdefiniują geny, których ekspresja neuronalna jest zmieniona u pacjentów z RSTS.
Integracja wszystkich tych danych pozwoli nam określić, które geny ulegają deregulacji podczas różnicowania neuronów w wyniku utraty funkcji acetylotransferazy lizynowej CBP.
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Julien VAN-GILS
- Numer telefonu: +33 5 57 82 03 53
- E-mail: julien.van-gils@chu-bordeaux.fr
Lokalizacje studiów
-
-
-
Talence, Francja, 33400
- Rekrutacyjny
- Centre Hospitalier Universitaire De Bordeaux
-
Kontakt:
- Julien VAN-GILS
- Numer telefonu: +33 5 57 82 03 53
- E-mail: julien.van-gils@chu-bordeaux.fr
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Pacjent z kliniczną i molekularną diagnozą RSTS
- Pacjenci będący nosicielami wariantów CREBBP lub EP300
- Pacjenci w wieku powyżej 2 lat
- Zrzeszeni pacjenci lub beneficjenci systemu zabezpieczenia społecznego.
- Swobodna, świadoma i podpisana zgoda rodziców lub osób sprawujących władzę rodzicielską w przypadku małoletnich pacjentów
- Swobodna, świadoma i podpisana zgoda przedstawiciela pacjentów w przypadku głównych pacjentów pozostających pod opieką
- Swobodna, świadoma i podpisana zgoda pacjenta w przypadku poważnych pacjentów
Kryteria wyłączenia:
Pacjenci mający:
- historia alergii na jakikolwiek produkt lub urządzenie, które mogą być używane przed, w trakcie i po biopsji;
- choroba skórna miejsc, w których ma być wykonana biopsja
- przeszedł leczenie fizykalne (radioterapię, ...) na obszarze, który ma być poddany biopsji, w ciągu ostatnich 6 miesięcy
- dziedziczne lub nabyte zaburzenia hemostazy
Pacjenci w trakcie leczenia:
- mogą wpływać na hemostazę (antykoagulanty, leki przeciwpłytkowe, ...) w miesiącu poprzedzającym włączenie i podczas badania
- przez inhibitor deacetylazy histonowej (walproinian sodu), który może wpływać na interpretację wyników.
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Modele obserwacyjne: Tylko przypadek
- Perspektywy czasowe: Spodziewany
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Pacjenci z RSTS
|
Wykonywany stemplem o średnicy 3 mm w znieczuleniu miejscowym.
Zabieg można wykonać w gabinecie konsultacyjnym z zachowaniem ścisłej aseptyki.
indukował produkcję pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC) u pacjentów z mutacją CREBBP i różnicowaniem w neurony korowe i neurony piramidalne
Badanie acetylomu metodą chromatografii cieczowej sprzężonej z tandemową spektrometrią mas (LC-MS/MS) Walidacja specyficznych celów acetylacji metodą ChIP-Sequencing
Analiza transkryptomu za pomocą RNA-Seq Generowanie izogenicznych klonów iPSC przez korekcję mutacji CREBBP u pacjentów z SRT przez CrispR-Cas9.
Osiągnięcie ficoll Hodowla limfoblastów i konserwacja Powstanie linii limfoblastoidalnej i konserwacja
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Identyfikacja określonego profilu acetylacji RSTS
Ramy czasowe: Wizyta integracyjna
|
Z próbki biopsji skóry pobranej podczas wizyty włączenia:
|
Wizyta integracyjna
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Identyfikacja różnych genów docelowych między pacjentami SRT i kontrolami
Ramy czasowe: Wizyta integracyjna
|
Pacjenci z SRT zostaną porównani z 4 kontrolnymi hodowlami komórkowymi od zdrowych ochotników dobranych pod względem wieku i płci, które są już dostępne
|
Wizyta integracyjna
|
|
Dowody na znacząco różny poziom ekspresji wspólnych genów docelowych dla pacjentów z RSTS i kontroli
Ramy czasowe: Wizyta integracyjna
|
Wizyta integracyjna
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
- Choroby Układu Nerwowego
- Objawy neurologiczne
- Manifestacje neurobehawioralne
- Wady wrodzone
- Choroby genetyczne, wrodzone
- Choroby układu mięśniowo-szkieletowego
- Choroby kości
- Upośledzenie intelektualne
- Nieprawidłowości twarzoczaszki
- Nieprawidłowości mięśniowo-szkieletowe
- Nieprawidłowości, mnogość
- Zaburzenia chromosomowe
- Choroby kości, rozwojowe
- Dysostozy
- Zespół Rubinsteina-Taybiego
Inne numery identyfikacyjne badania
- CHUBX 2019/19
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .