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Diagnosi di RSTS: identificazione dei profili di acetilazione come marcatori epigenetici per la valutazione della causalità delle varianti CREBBP e EP300. (GENEPI)

16 gennaio 2024 aggiornato da: University Hospital, Bordeaux

La sindrome di Rubinstein-Taybi (RSTS) è una rara e grave malattia congenita dello sviluppo caratterizzata da anomalie congenite e disabilità intellettiva con un deficit di memoria a lungo termine. La sfida principale è migliorare l'efficienza intellettuale e della memoria di questi pazienti. CREBBP e EP300 sono i due geni noti per causare RSTS. Entrambi i paraloghi svolgono un ruolo importante nel rimodellamento della cromatina e codificano per coattivatori trascrizionali che interagiscono con molte proteine.

Lo scopo di questo studio pilota è quello di caratterizzare i profili di acetilazione dell'istone al fine di identificare specifici marcatori di acetilazione durante la differenziazione neuronale normale e patologica dei neuroni corticali e piramidali in RSTS.

Panoramica dello studio

Descrizione dettagliata

CREBBP e EP300 sono i due geni paralog associati al determinismo RSTS e codificano rispettivamente per CBP e p300. Queste proteine ​​sono coattivatori trascrizionali che possiedono un dominio catalitico della lisina acetil transferasi (KAT) coinvolto nell'acetilazione dei residui di lisina degli istoni ma anche di altre proteine. CBP e p300 promuovono la trascrizione creando un ambiente cromatinico favorevole all'espressione genica e collegando tra loro diversi fattori di trascrizione. Orchestrano così la regolazione del meccanismo di trascrizione, dal promotore basale agli esaltatori dei geni bersaglio.

RSTS è considerato un modello genetico di anomalia dello sviluppo neurologico con una componente epigenetica.

L'acetilazione dell'istone è una delle principali modificazioni post-traduzionali (PTM) di queste proteine ​​che forniscono la formazione e il controllo della struttura della cromatina. Quando si differenziano le cellule embrionali, questa modifica gioca un ruolo chiave nell'attivazione trascrizionale.

I modelli murini di RSTS hanno stabilito il collegamento tra la modulazione dell'acetilazione dell'istone e la formazione della memoria mostrando il loro ruolo chiave nella plasticità neuronale. Tuttavia non esistono dati sull'acetilazione degli istoni nei neuroni dei pazienti affetti da RSTS. Inoltre, nell'uomo, le vie molecolari interessate da queste alterazioni durante il neurosviluppo non sono specificate, specialmente nei neuroni piramidali che sono i precursori dei neuroni ippocampali coinvolti nella codifica e nell'immagazzinamento della memoria.

In RSTS una perdita della funzione CBP si traduce in un deficit nell'attività KAT, che è responsabile dell'alterazione dell'acetilazione dell'istone, portando a cambiamenti inappropriati nella struttura della cromatina. La conseguenza di una mutazione è il risultato di una deregolazione dell'attività dei geni coinvolti nello sviluppo. Non sono attualmente disponibili studi a livello neuronale sul legame funzionale tra acetilazione dell'istone e geni deregolati nell'RSTS.

In questo progetto, i ricercatori identificheranno i geni bersaglio la cui regolazione epigenetica è mediata dall'acetilazione dell'istone. In particolare, lo studio si concentrerà sulla dinamica della cromatina durante il differenziamento neuronale normale e patologico dei neuroni corticali e piramidali. Gli investigatori determineranno tra i marcatori istonici CBP-dipendenti, quelli che sono modificati nelle cellule dei pazienti con RSTS e i loci che controllano. Parallelamente, i ricercatori definiranno i geni la cui espressione neuronale è alterata nei pazienti con RSTS.

L'integrazione di tutti questi dati ci permetterà di specificare quali geni sono deregolati durante il differenziamento neuronale come conseguenza della perdita della funzione della lisina acetiltransferasi CBP.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Stimato)

154

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

Luoghi di studio

      • Talence, Francia, 33400
        • Reclutamento
        • Centre hospitalier universitaire de Bordeaux
        • Contatto:

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

2 anni e precedenti (Bambino, Adulto, Adulto più anziano)

Accetta volontari sani

No

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

Paziente con una diagnosi clinica e molecolare di RSTS con una consulenza specialistica in CHU de Bordeaux

Descrizione

Criterio di inclusione:

  • Paziente con diagnosi clinica e molecolare di RSTS
  • Pazienti portatori delle varianti CREBBP o EP300
  • Pazienti di età superiore a 2 anni
  • Pazienti affiliati o beneficiari di un regime di previdenza sociale.
  • Consenso libero, informato e firmato dai genitori o titolare della patria potestà per i pazienti minorenni
  • Consenso libero, informato e firmato dal rappresentante dei pazienti per i principali pazienti sotto tutela
  • Consenso libero, informato e firmato dal paziente per i pazienti maggiori

Criteri di esclusione:

Pazienti che hanno:

  • una storia di allergia a qualsiasi prodotto o dispositivo che possa essere utilizzato prima, durante e dopo la biopsia;
  • malattia cutanea delle aree in cui deve essere eseguita la biopsia
  • ha subito un trattamento fisico (radioterapia, ...) sull'area da sottoporre a biopsia, negli ultimi 6 mesi
  • disturbi ereditari o acquisiti dell'emostasi

Pazienti in trattamento:

  • suscettibili di agire sull'emostasi (anticoagulanti, antiaggreganti piastrinici, ...) nel mese precedente l'inclusione e durante lo studio
  • dall'inibitore dell'istone deacetilasi (sodio valproato) che potrebbe interferire con l'interpretazione dei risultati.

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: Solo caso
  • Prospettive temporali: Prospettiva

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Intervento / Trattamento
Pazienti con RSTS
Eseguito con punch di 3 mm di diametro in anestesia locale. La procedura può essere eseguita in uno studio di consultazione rispettando una rigorosa asepsi.
produzione indotta di cellule staminali pluripotenti (iPSC) di pazienti con mutazione CREBBP e differenziazione in neuroni corticali e neuroni piramidali
Studio dell'acetiloma mediante cromatografia liquida accoppiata con spettrometria di massa tandem (LC-MS/MS) Validazione di target di acetilazione specifici mediante ChIP-Sequencing
Analisi del trascrittoma con RNA-Seq Generazione di cloni iPSC isogenici mediante correzione delle mutazioni CREBBP in pazienti SRT mediante CrispR-Cas9.
Realizzazione di un ficoll Coltura di linfoblasti e conservazione Istituzione della linea linfoblastoide e conservazione

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Identificazione di uno specifico profilo di acetilazione di RSTS
Lasso di tempo: Visita di inclusione

Dal campione di biopsia cutanea raccolto alla visita di inclusione:

  • Nessuna ipotesi sul numero di segni istonici necessari per definire il profilo
  • Verrà mantenuto come segno specifico della malattia se presente al 100% nei casi e assente al 100% nei controlli
  • Il profilo specifico può essere definito in uno o più stadi di differenziazione cellulare: iPSC - progenitore neuronale - neuroni corticali e piramidali
Visita di inclusione

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Identificazione di diversi geni bersaglio tra pazienti SRT e controlli
Lasso di tempo: Visita di inclusione
I pazienti SRT saranno confrontati con 4 colture cellulari di controllo di volontari sani appaiati per età e sesso già disponibili
Visita di inclusione
Evidenza di un livello di espressione significativamente diverso per geni target comuni per pazienti e controlli con RSTS
Lasso di tempo: Visita di inclusione
Visita di inclusione

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

8 ottobre 2019

Completamento primario (Stimato)

1 ottobre 2025

Completamento dello studio (Stimato)

1 ottobre 2025

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

9 ottobre 2019

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

9 ottobre 2019

Primo Inserito (Effettivo)

10 ottobre 2019

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

17 gennaio 2024

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

16 gennaio 2024

Ultimo verificato

1 gennaio 2024

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

NO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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