Transmisja PAthogenu i modele wyników zdrowotnych chorób jelitowych (PATHOME)

CELE STUDIÓW

Ogólna hipoteza badania PATHOME jest taka, że ​​wspólne modelowanie patogenów jelitowych w gospodarstwach domowych i dzielnicach reprezentujących kontrasty w rozwoju społeczności miejskich wykaże, że rozwój prowadzi do ewolucji patomechanizmu od złożonych do prostych struktur społecznych, a tym samym do niższych częstotliwości wykrywania poszczególnych taksonów patogenów . Badanie ma na celu (1) opracowanie modeli statystycznych czasoprzestrzennych i trajektorii, aby zrozumieć złożone ryzyko narażenia niemowląt na patogen jelitowy; (2) zbieranie danych środowiskowych, behawioralnych, przestrzennych, ekonomicznych i mikrobiologicznych w celu scharakteryzowania patometu jelitowego wzdłuż dróg rozprzestrzeniania się choroby i przecięcia się ludzi i zwierząt z tymi ścieżkami; oraz (3) opracować i zweryfikować modele oparte na agentach (ABM) do przewidywania, które społeczne i środowiskowe interwencje rozwojowe miast (np. wybiegi dla zwierząt, budowanie latryn lub kanalizacji, betonowe podłogi) najlepiej zapobiegają przenoszeniu wielu patogenów na niemowlęta w krajach o wysokim obciążeniu chorobami, wykorzystując jako model uznane ośrodki badawcze w Kenii.

Aby zrealizować cele modelowania i obliczeń, potrzebne są kompleksowe, wzajemnie powiązane dane, które obecnie nie istnieją. Na przykład istnieje niewiele danych na temat zdrowia dzieci i narażenia na patogeny jelitowe w populacjach klasy średniej w miastach przechodzących zmiany epidemiologiczne od obciążenia chorobami zakaźnymi do niezakaźnych, co kontrastuje z liczniejszymi danymi dotyczącymi dzieci z obszarów miejskich o niskich dochodach. Dane przestrzenne dotyczące tego, gdzie dzieci mogą być narażone i jak długo trwa kompletna luka. Dlatego badacze przeprowadzą empiryczne badanie gromadzenia danych w dwóch różnych miastach w Kenii, które gromadzi różnorodne dane społeczno-ekonomiczne, behawioralne, przestrzenne, dotyczące zdrowia dzieci, zdrowia wektorów odzwierzęcych, zanieczyszczenia środowiska, zachowania i klimatu w dzielnicach reprezentujących wysokie i niskie zakaźne potencjał przenoszenia chorób. Ten protokół szczegółowo opisuje projekt badania, który zostanie zastosowany do zbierania, podsumowywania i raportowania danych dotyczących zdrowia niemowląt i narażenia według grup badawczych przed dalszym rozwojem modelu. Celem badania epidemiologicznego jest ocena poziomu rozwoju społeczno-ekonomicznego miasta (Nairobi, Kisumu) i okolicy (niski i średni dochód):

1. Różnice w rozpowszechnieniu wykrywania patogenów jelitowych w kale niemowląt, biegunce i innych objawach zdrowotnych, karłowatości i wyniszczeniu, obwodzie połowy ramienia i statusie porodu przedwczesnego
2. Różnice w zachowaniach związanych z ekspozycją, zanieczyszczeniem środowiska i wykrywaniem patogenów jelitowych w kale zwierząt domowych, które mogą narazić niemowlęta na patogeny jelitowe

METODY

Projekt badania. Badanie PATHOME to czterogrupowe, prospektywne, 14-dniowe badanie kohortowe. Grupy obejmują dzielnice o niskich i średnich dochodach, każda w miastach Kisumu i Nairobi. Niemowlęta spełniające kryteria wiekowe i ich opiekunowie mieszkający w rejonie uczestniczącego wolontariusza ds. zdrowia społeczności zostaną zidentyfikowani poprzez losowy wybór bazy danych nadzoru, utrzymywanej przez comiesięczne aktualizacje CHV dotyczące niemowląt spełniających kryteria wiekowe mieszkających w ich rejonie. Przy próbie rejestracyjnej obejmującej 248 niemowląt i ich opiekunów odpowiada to 124 uczestnikom w Nairobi (62 o niskich dochodach, 62 o średnich dochodach) i tyle samo w Kisumu. Aby zapewnić równowagę reprezentacji wiekowej, wybór niemowląt z bazy danych do włączenia do badania zostanie przeprowadzony poprzez identyfikację parzystej liczby niemowląt w grupach wiekowych od 0 do 3, od 4 do 6, od 7 do 9 i od 10 do 12 miesięcy wieczność. Po uzyskaniu świadomej zgody zespół badawczy zaplanuje czas rozpoczęcia zbierania danych. Warunkiem przyjęcia jest pobranie próbki kału niemowlęcia. Po rejestracji zespół będzie obserwował niemowlęta i opiekunów przez czternaście dni, aby dokończyć gromadzenie danych, jak opisano poniżej. Aby ograniczyć efekt sezonowy w obserwowanych wynikach chorób jelit, rekrutacja w każdym mieście obejmie 12 kolejnych miesięcy, najpierw w Nairobi (21 listopada - 22 listopada), a następnie w Kisumu (23 stycznia - 23 grudnia). Śledczy będą rekrutować trzy gospodarstwa domowe tygodniowo, z tygodniową przerwą w zapisach co pięć tygodni, kiedy będą przeprowadzane oceny zanieczyszczenia domeny publicznej. Ten pięciotygodniowy cykl będzie powtarzany systematycznie do 11 razy lub do momentu spełnienia wymagań dotyczących wielkości próby.

Harmonogram zbierania danych

W dniu rejestracji (Dzień 1) opiekunka niemowlęcia zostanie poproszona o wypełnienie 45-minutowej ankiety dotyczącej jej warunków socjoekonomicznych, praktyk higienicznych i zdrowia niemowlęcia. Następnie otrzyma 14-dniowy dzienniczek obrazkowy i zostanie poproszona o zaznaczenie dni w ciągu najbliższych dwóch tygodni, w których dziecko będzie miało objawy biegunki. Na koniec otrzyma paczkę pieluch dostosowanych do wagi niemowlęcia i zostanie poproszona o używanie ich na niemowlęciu przez następny tydzień, oszczędzając pieluch zawierających odchody niemowlęcia. Zespół zaplanuje czas powrotu następnego dnia, aby pobrać pieluchę z kałem i przeprowadzić kolejną fazę oceny narażenia w celu zebrania danych.

Drugiego dnia rachmistrze wracają w południe i spędzają około pięciu godzin z opiekunami i niemowlętami. Najpierw rachmistrze pobierają pieluchę z próbką kału niemowlęcia, uważaną za próbkę kału rejestracyjnego lub przedekspozycyjnego. Następnie rachmistrze zakładają niemowlętom bransoletkę geotracking i potwierdzają wygodne dopasowanie. Geotrackery są również umieszczane na dwóch zwierzętach domowych należących do gospodarstwa domowego (oddzielna zgoda IACUC na badania na zwierzętach). Po drugie, w przeciwnym razie będą zbierać pieluchę ze stolcem podczas obserwacji. Po trzecie, zapewnią opiekunowi nową sterylną zabawkę dla niemowlęcia, taką jak gryzak lub grzechotka, aby dać dziecku do zabawy. Po czwarte, rachmistrze rozpoczną pięciogodzinny okres zorganizowanej obserwacji niemowlęcia, odnotowując wszelkie osoby lub rzeczy, z którymi niemowlę wchodzi w interakcje, oraz wszystkie miejsca, w których niemowlę spędza czas. Na koniec wizyty rachmistrze pobiorą płyn do płukania rąk głównego opiekuna oraz próbkę gleby i poproszą opiekuna o dalsze używanie pieluch do zbierania stolca niemowlęcia. Na koniec zaplanowano powrót następnego dnia w celu pobrania urządzenia geośledzącego, wszelkich próbek kału i zabawki oraz przeprowadzenia kolejnych pięciogodzinnych obserwacji. Kał i próbki środowiskowe zostaną przetransportowane do laboratorium w celu przetworzenia do testów mikrobiologicznych. Geotrackery pozostają na miejscu przez noc, chociaż jeśli opiekun zdecyduje się zdjąć je z niemowlęcia do spania, jest proszony o umieszczenie urządzenia obok niemowlęcia, ale poza jego zasięgiem, a następnie odłożenie urządzenia, gdy niemowlę się obudzi.

Trzeciego dnia rachmistrze wracają wcześnie rano, pobierają drugą próbkę kału i przeprowadzają drugi pięciogodzinny blok ustrukturyzowanej obserwacji. Na koniec obserwacji pobierają geotracker od niemowlęcia (i zwierząt domowych) i potwierdzają, że kalendarz biegunek jest aktualny. Zabawka dla niemowląt jest pobierana i umieszczana w sterylnej torbie na okładach z lodu w lodówce w celu transportu do laboratorium z próbką kału do badań mikrobiologicznych. Dostarczona jest nowa zabawka zastępcza do stałego przechowywania przez opiekuna. Rejestruje się wzrost i wagę niemowlęcia. Przed wyjazdem rachmistrze przypomną opiekunom, aby kontynuowali zbieranie kału niemowląt i zaplanowali kolejną wizytę za około 48 godzin w celu pobrania trzeciej próbki kału.

W dniu 5 rachmistrze wracają, aby pobrać trzecią pieluchę z kałem, sprawdzić kalendarz biegunek pod kątem zakończenia i zachęcić opiekuna do dalszego używania pieluch do zbierania stolca niemowlęcia.

W 8. dniu rachmistrze wracają, aby pobrać czwartą pieluchę z kałem i sprawdzić, czy kalendarz biegunki został ukończony.

Czternastego dnia rachmistrze wracają po piątą pieluchę z kałem i kalendarz 14-dniowej biegunki.

Metody zbierania danych

1. Ankiety. Wstępnie przetestowana ankieta składająca się z 76 pytań udokumentuje wskaźniki zamożności gospodarstw domowych, dochodów i rozwoju infrastruktury, dane demograficzne mieszkańców, wykształcenie i zawód matek, praktyki związane z posiadaniem i zarządzaniem zwierzętami domowymi, rodzaje opiekunów, zachowania opiekuńcze, karmienie piersią niemowląt i dietę uzupełniającą, szczepień i niedawnych objawów choroby oraz odpowiedniego wykorzystania opieki zdrowotnej, w tym stosowania antybiotyków przez uczestniczące niemowlęta i innych mieszkańców gospodarstwa domowego.
2. Pobieranie i analiza próbek kału niemowląt i odzwierzęcych. Podczas badania zostanie pobranych do 1240 próbek kału niemowląt (248 niemowląt * pięć kolejnych próbek kału) i 496 próbek kału zwierząt (248 gospodarstw domowych * 2 odchody zwierząt na gospodarstwo domowe). Pieluchy służą do pobierania próbek kału niemowląt w celu zabezpieczenia kału przed zanieczyszczeniem glebą (np. zebrane z ziemi) lub nocniki, z których może korzystać kilkoro dzieci. Odchody zwierzęce będą zbierane do sterylnych worków WhirlPak z ich lokalizacji, z zachowaniem ostrożności podczas zbierania odchodów ze środka stosu, aby uniknąć zanieczyszczenia glebą. Porcja o masie 1 grama zostanie worteksowana z taką samą ilością środka konserwującego Cary blair i przechowywana w bardzo niskiej zamrażarce w African Population and Health Research Center w celu przyszłej izolacji patogenów. W komorze bezpieczeństwa biologicznego porcja 300 mg każdej próbki kału niemowlęcia lub zwierzęcego zostanie pobrana z pieluchy do pojemnika konserwującego Zymo Shield z ceramicznymi kulkami do lizy komórek. Probówki będą wirowane przez dwie minuty, a następnie zamrożone w bardzo niskiej zamrażarce. DNA i RNA zostaną wyekstrahowane równolegle przy użyciu zestawu Zymobiomics Miniprep i będą przechowywane w bardzo niskiej zamrażarce do czasu użycia. Zewnętrzna kontrola ujemna będzie wystawiana na działanie środowiska komory bezpieczeństwa biologicznego każdego dnia przetwarzania kału w celu monitorowania potencjalnych problemów związanych z zanieczyszczeniem tła, które mogą mieć wpływ na wyniki. DNA i RNA będą analizowane na karcie TaqMan Array zawierającej startery i sondy dla szeregu patogenów jelitowych, w tym między innymi Norowirusa GI i GII, adenowirusa 40/41, SARS-Cov2, Rotawirusa, Salmonella enterica, Shigella spp., Campylobacter jejuni/coli, Listeria monocytogenes, Clostridium difficile, enterotoksyna Escherichia coli (ETEC) LT/ST, enteropatogenna Escherichia coli (EPEC), enteroagregacyjna Escherichia coli (EAEC) i E. coli wytwarzająca toksyny Shiga (STEC) stx1/ stx2, w tym E. coli O157. Próg cyklu qRT-PCR zostanie wykorzystany do określenia pozytywnego lub negatywnego statusu kału.
3. Pobieranie i analiza próbek środowiskowych. Gleba (992 gospodarstw domowych, 160 z sąsiedztwa), ręce (248), zabawki (~372) i woda powierzchniowa (80) zostaną sterylnie zebrane i przetransportowane na opakowaniach z lodem w chłodnicach do laboratorium APHRC. Dane ilościowe dotyczące zanieczyszczenia mikrobiologicznego zostaną uzyskane poprzez pomiar trzech dziesięciokrotnych rozcieńczeń każdej próbki w buforowanej wodzie peptonowej do wstępnego wzbogacenia przez noc w temperaturze 37-41°C. Część tego pierwotnego wzbogacenia zostanie przeniesiona do selektywnych pożywek wtórnego wzbogacenia w celu izolacji Salmonella i Shigella spp., Listeria monocytogenes, Campylobacter jejuni i Escherichia coli. Pożywki selekcyjne poddaje się inkubacji przez pięć godzin w temperaturze 37 do 41°C, z wyjątkiem pożywek Campylobacter, a następnie wysiewa porcje na pożywki różnicujące i selekcyjne. Inkubacja C. jejuni/coli będzie miała miejsce w komorach beztlenowych. Tożsamość każdego typu domniemanego fenotypu bakterii jelitowych zostanie zweryfikowana za pomocą testów reakcji łańcuchowej polimerazy dla genów wskaźników tożsamości swoistej dla patogenu wyizolowanych kolonii. Kolonie zostaną również zachowane jako zapasy glicerolu do przyszłej ponownej izolacji i analizy. Stężenie domniemanych gatunków drobnoustrojów zostanie określone przy użyciu metody najbardziej prawdopodobnej liczby i wzorców wykrywania w trzech objętościach badanej próbki środowiskowej. Wyniki zostaną podane jako liczba zwalidowanych patogenów bakteryjnych na gram/mililitr/ręce/zabawkę.
4. Gromadzenie i analiza danych behawioralnych. Ilościowe dane behawioralne dotyczące interakcji niemowląt z opiekunami, innymi ludźmi, zwierzętami domowymi i czynnikami środowiskowymi w domenie i sąsiedztwie zostaną zmierzone poprzez ustrukturyzowaną obserwację przy użyciu wstępnie przetestowanego narzędzia opartego na tablecie. Indywidualne zachowania zostaną podsumowane jako średnia lub mediana częstotliwości na godzinę.
5. Gromadzenie i analiza danych geotrackingowych. Miejsca, w których niemowlęta mogą być narażone na czynniki środowiskowe i innych ludzi oraz czas spędzany przez nie w miejscach publicznych i prywatnych będzie mierzony poprzez umieszczenie nadającego się do noszenia, lekkiego urządzenia geośledzącego na kostce lub talii na okres 24 godzin, zgodnie z wcześniej przetestowanym protokołem . Geotracker obejmuje zarówno dane GPS, jak i dane mobilne, które przesyłają datę, godzinę i lokalizację na serwer w odstępach pięciominutowych. Dane te zostaną podsumowane pod względem rodzajów lokalizacji, w których może wystąpić narażenie, czasu trwania według lokalizacji oraz na anonimowych mapach przedstawiających trajektorie podróży.
6. Zbieranie i analiza 14-dniowej biegunki. Opiekunowie zaznaczą dni, w których ich dziecko ma biegunkę, w 14-dniowym kalendarzu obrazkowym. Zostanie to podsumowane jako ogólny odsetek niemowląt doświadczających biegunki w okresie 14 dni, jak również liczba kolejnych dni z objawami.
7. Gromadzenie i analiza danych antropometrycznych. Waga niemowlęcia zostanie zmierzona poprzez odjęcie różnicy między wagą opiekuna i niemowlęcia a wagą samego opiekuna na wadze cyfrowej. Długość niemowlęcia zostanie zmierzona przy użyciu tablic długości zgodnie ze standardowymi wytycznymi WHO.

ZGŁOSZENIE UCZESTNIKÓW I BEZPIECZEŃSTWO

Rejestracja Uczestnika. Kwalifikujące się niemowlęta będą identyfikowane i rekrutowane na podstawie kwartalnych raportów nadzoru sporządzonych przez Community Health Volunteers (CHV), którzy są pracownikami Kenijskiego Ministerstwa Zdrowia (MOH) w Kenii, na temat wieku i lokalizacji niemowląt mieszkających na ich obszarze objętym nadzorem demograficznym. Obszar ten zazwyczaj odpowiada jednej wiosce w sąsiedztwie. Zgodnie ze swoją standardową praktyką zwrócą się do wszystkich gospodarstw domowych z kobietami w ciąży lub małymi dziećmi, aby upewnić się, że otrzymają informacje zdrowotne i wsparcie w dostępie do opieki zdrowotnej. Kiedy CHV identyfikują takie gospodarstwa domowe, rejestrują je na liście dostarczanej Community Health Extension Worker, formalnej pielęgniarce wyznaczonej do świadczenia opieki zdrowotnej w szerszym rejonie. African Population Health and Research Centre (APHRC) będzie współpracować z CHV w wybranych dzielnicach Kisumu i Nairobi, aby co miesiąc monitorować te dane i aktualizować informacje o dzieciach spełniających kryteria wiekowe. Jest to konieczne, ponieważ migracja w obrębie tych dzielnic i do/z tych dzielnic jest powszechna.

Zespół badawczy APHRC stworzy dwie oddzielne listy dla dzielnic miasta o niskich i średnich dochodach i co miesiąc losowo wybierze 6 dzieci z każdej listy, co odpowiada jednemu lub dwóm niemowlętom z każdej grupy wiekowej (0-3 miesiące, 4-6 miesięcy, 7-9 miesięcy, 10-12 miesięcy). CHV i zespół APHRC zwrócą się następnie do gospodarstw domowych z opiekunami kwalifikujących się dzieci, aby zweryfikować ich wiek za pomocą krajowego dowodu tożsamości i ustalić, czy są zainteresowani udziałem. Osoba dorosła/główny opiekun zostanie poinformowana o działaniach związanych z badaniem, w tym o ankiecie rekrutacyjnej, pobieraniu próbek środowiskowych w gospodarstwie domowym, geośledzeniu niemowląt oraz wykorzystaniu ustrukturyzowanej obserwacji ich interakcji z niemowlęciem. Zespół wróci następnego dnia, aby uzyskać zgodę głównego opiekuna dziecka na udział w badaniu, czytając opiekunowi formularze w języku angielskim lub w języku suahili, jeśli nie mówi biegle po angielsku, w obecności swojego CHV jako świadka. Formularze zgody zostaną podpisane przez opiekuna podpisem lub odciskiem kciuka oraz przez świadka CHV. Kopia formularza zgody zostanie dostarczona do stałej dokumentacji opiekuna. Jeśli wyrażona zostanie zgoda, zostanie zaplanowana wizyta ponowna w celu przeprowadzenia ankiety rekrutacyjnej, ustrukturyzowanej obserwacji i pobrania próbek. W przypadku braku zgody zespół wybierze z listy nowe potencjalne niemowlę w tym samym wieku.

Bezpieczeństwo uczestników. Podstawowym ryzykiem związanym z udziałem w badaniu jest dyskomfort niemowlęcia podczas noszenia geotrackera lub podczas pomiaru długości. Aby zmniejszyć ryzyko dyskomfortu niemowlęcia podczas geośledzenia lub antropometrii, będą przestrzegane jasne standardowe procedury operacyjne (SPO) i mechanizmy nadzoru, aby zapewnić konsekwentne stosowanie dobrej techniki i prawo uczestników badania do zakończenia gromadzenia danych geośledzenia lub antropometrii bez kary . W szczególności w przypadku śledzenia geograficznego protokół obejmuje prowadzony przez opiekuna proces wyboru miejsca i sposobu umieszczenia urządzenia śledzącego na dziecku oraz wyraźną instrukcję usunięcia urządzenia, jeśli niemowlę wykazuje oznaki niepokoju związane z noszeniem go. Opiekunowie są proszeni, aby w przypadku usunięcia urządzenia umieścić je na sobie lub w pobliżu, ale poza zasięgiem niemowlęcia.

Opiekunowie mogą czuć się nieswojo, odpowiadając na niektóre drażliwe pytania dotyczące ich praktyk higienicznych podczas zbierania danych lub mogą być zaniepokojeni społecznym postrzeganiem lub konfliktem związanym z tym, że inni wiedzą, że uczestniczą w badaniu naukowym. Utrata prywatności może prowadzić do konfliktów społecznych lub rodzinnych. Stanowi to jednak minimalne ryzyko dla badanych. Pandemia SARS-CoV-2 może trwać przez miesiące lub lata w trakcie tego badania, a uczestnicy mogą czuć się zaniepokojeni tym, że personel badawczy przeniesie wirusa na ich rodzinę. Prywatność uczestników będzie chroniona poprzez (1) gromadzenie danych zawsze w miejscu prywatnym, w którym nie ma innych dorosłych ani starszych dzieci, które mogłyby podsłuchać odpowiedzi uczestników, (2) bezpieczne zarządzanie i przechowywanie wszystkich papierowych i elektronicznych formularzy zawierających ich informacje poprzez gromadzenie danych na tabletach chronionych hasłem i ograniczenie dostępu do danych identyfikowalnych do ograniczonej liczby wykwalifikowanych osób, (3) niszczenie wszystkich formularzy z danymi umożliwiającymi identyfikację osoby po upływie pięciu lat, (4) przeszkolenie całego personelu w zakresie etycznych praktyk w zakresie badań i podejmowania działań na ludziach jasne konsekwencje naruszenia tych praktyk oraz (5) poinformowanie osoby badanej, że może w każdej chwili opuścić badanie lub odmówić odpowiedzi na pytania, które sprawiają, że czuje się niekomfortowo.

Choroba biegunkowa może wystąpić u niemowląt w okresie rejestracji. W przypadku, gdy CHV lub członek zespołu odwiedzi dom i zaobserwuje dziecko w niebezpieczeństwie lub gdy opiekunowie zgłoszą telefonicznie lub osobiście, że dziecko jest w niebezpieczeństwie, zostaną poinstruowani, aby skierować opiekunów do lokalnych ośrodków opieki zdrowotnej i zgłosić zdarzenia niepożądanego do zespołu badań klinicznych w APHRC i University of Iowa. Niepokój może obejmować biegunkę, poważne niedożywienie lub inne objawy. Celem będzie zapewnienie, że CHV będą nadal zapewniać standardową opiekę. Personel badań klinicznych skontaktuje się następnie z opiekunami w odpowiednim czasie, aby zaoferować dalszą radę lekarską. Wszystkie zaobserwowane lub zgłoszone choroby dzieci będą dokumentowane przez zespół APHRC i omawiane z całym zespołem podczas dwumiesięcznych telekonferencji.

W przypadku zaobserwowania zdarzenia niepożądanego, które wydaje się być powiązane z badaniem, a nie z przypadkową chorobą, zespół APHRC natychmiast powiadomi o tym fakcie PI APHRC, który powiadomi komitet APHRC IRB i dyrektora badania Kelly K. Baker. Rejestracja uczestnika do badania zostanie zakończona wraz ze skierowaniem go do odpowiedniego dostawcy usług klinicznych w celu długoterminowego monitorowania. PI Baker niezwłocznie powiadomi komisję IRB Uniwersytetu Iowa i zwróci się o dalsze porady dotyczące odpowiedniej reakcji. Próbki kału będą pobierane przy użyciu pieluch dostarczonych matce do noszenia przez dziecko. Nie będą pobierane wymazy z odbytu i nie będzie udzielane żadne leczenie. Żadne inne próbki biologiczne nie będą pobierane.

Śledczy zminimalizują ryzyko transmisji Covid-19 poprzez regularne, rygorystyczne badania personelu pod kątem objawów przed zaangażowaniem się w życie społeczności oraz przeprowadzanie testów tam, gdzie jest to uzasadnione, ograniczając liczbę personelu wchodzącego w bliskie interakcje z uczestnikami, wymagając masek i/lub osłon twarzy oraz innych higieniczne środki ochrony indywidualnej podczas zbierania danych, dystans społeczny wynoszący 2 metry podczas zbierania danych, sterylizacja wszystkich materiałów przekazywanych do i z gospodarstwa domowego osoby badanej oraz zapewnienie masek osobom badanym do badań, jeśli nie posiadają własnych.

POUFNOŚĆ I ZARZĄDZANIE DANYMI

Poufność. Dane będą przetwarzane w sposób poufny, aby zapobiec utracie prywatności. Cały personel zatrudniony do tego projektu będzie musiał przejść pięciodniowe intensywne szkolenie, które obejmuje szkolenie w zakresie etycznych praktyk prowadzenia badań na ludziach. Każde naruszenie poufności podmiotu spowoduje natychmiastowe rozwiązanie umowy i potencjalne dalsze konsekwencje. Formularze papierowe zebrane przez pracowników terenowych będą niezwłocznie przekazywane przełożonym na koniec każdego dnia zbierania danych i będą przechowywane w zamkniętej szafce w bezpiecznym biurze w urzędzie wiejskim do czasu transportu do APHRC. Formularze papierowe będą następnie przechowywane przez okres do pięciu lat w zamkniętej szafce w zamkniętym biurze w APHRC, po czym zostaną zniszczone. Pliki elektroniczne będą przechowywane w zaszyfrowanej i chronionej hasłem bazie danych na bezpiecznym serwerze w APHRC i University of Iowa. Tylko główni badacze i zatwierdzeni członkowie zespołu badawczego będą mieli dostęp do informacji powiązanych z identyfikatorami uczestników. Informacje będą przechowywane w zaszyfrowanej (spełniającej wymagane standardy bezpieczeństwa IT) bazie danych chronionej hasłem i będą zawierać identyfikatory podmiotu, takie jak imię i nazwisko, adres, data urodzenia i numery dokumentacji medycznej. Informacje te są niezbędne do utrzymania kontaktu z badanymi przez cały rok studiów. Tylko główny badacz i członkowie zespołu badawczego, którzy będą kontaktować się z uczestnikami, będą mieli dostęp do informacji powiązanych z identyfikatorami uczestników.

Zarządzanie danymi. Zapisy papierowe/wydrukowane (ankiety papierowe, kwestionariusze, formularze opisów przypadków, zdjęcia itp.) — Menedżer bazy danych w APHRC będzie okresowo drukował listy kwalifikujących się niemowląt i dane kontaktowe do celów rekrutacji i obserwacji przez 14 dni okres, w którym przedmioty są rejestrowane. Zostanie to zachowane przez przełożonych APHRC do czasu zakończenia badania, a następnie zniszczone przez zniszczenie. Formularze zgody będą zbierane na formularzach papierowych i będą przechowywane w zamykanych szafkach na akta w zamykanych biurach APHRC. Podobnie, kalendarze 14-dniowej biegunki będą identyfikowane tylko za pomocą losowego identyfikatora gospodarstwa domowego, ale mimo to będą przechowywane po pobraniu w zamkniętym biurze w APHRC.

Dokumentacja elektroniczna (pliki komputerowe, elektroniczne bazy danych itp.) - Dane będą gromadzone przy użyciu technologii mobilnej z wykorzystaniem oprogramowania ODK na tabletach chronionych hasłem. Tabletki te będą wydawane przez przełożonych rachmistrzom każdego ranka i odbierane każdego wieczoru. Dane z tabletów będą przesyłane przez przełożonego APHRC za pośrednictwem Internetu lub danych komórkowych na współdzielony serwer APHRC zgodny z HIPPA, a następnie usuwane z tabletu, aby zapobiec gromadzeniu prywatnych informacji o podmiotach na urządzeniu używanym w terenie. Zapisy elektroniczne z informacjami umożliwiającymi identyfikację przechowywane na serwerze będą dostępne tylko dla zespołu kierowniczego UI i APHRC. PHI muszą zostać usunięte z wszelkich danych, które są wykorzystywane przez inne osoby i które mają być przechowywane na osobistych laptopach lub komputerach. Kontrole jakości danych zostaną wbudowane w oprogramowanie do przechwytywania danych, aby upewnić się, że nie zostaną zaakceptowane żadne brakujące informacje ani niewiarygodne wartości. Gdy wszystkie zakończone wywiady na każdym tablecie zostaną zatwierdzone przez lidera zespołu terenowego i podpisane w celu synchronizacji, każdy zbieracz danych prześle dane ze swojego tabletu do centralnego serwera za pośrednictwem połączenia internetowego. Zapewni to, że dane nie zostaną później zmodyfikowane i zminimalizuje możliwość utraty danych w trakcie gromadzenia danych, która może wynikać z błędu ludzkiego lub awarii lub utraty sprzętu. Zsynchronizowane dane raz na serwerze będą dalej sprawdzane pod kątem wszelkich niespójności poprzez codzienne uruchamianie skryptów jakości danych, które generują wszelkie raporty o błędach do natychmiastowego udostępnienia zespołom terenowym w celu dalszego przeglądu i korekty, jeśli to konieczne, podczas gdy zespoły terenowe nadal pracują nad badaniem obszary, w których odnotowano dane z błędami. Po zakończeniu zbierania danych w terenie dane zostaną zweryfikowane, zweryfikowane i dokładnie wyczyszczone. Wszystkie dane będą przechowywane (poprzez łącze internetowe) na bezpiecznym fizycznie zlokalizowanym serwerze ze standardowymi procedurami operacyjnymi dotyczącymi dostępu, bezpieczeństwa i tworzenia kopii zapasowych danych.

Funkcje bezpieczeństwa obejmują zdalny dostęp za pomocą haseł i tylko z zarejestrowanych komputerów. Wszystkie przechowywane dane będą szyfrowane wraz z szyfrowanym transferem danych przy użyciu szyfrowania warstwy transportowej SSL w celu zabezpieczenia transferu pakietów danych przesyłanych przyrostowo do dedykowanego mobilnego serwera dyspozytorskiego (MDS).

Próbki biologiczne — gdy próbki kału są pobierane w gospodarstwach domowych, będą one oznaczane wyłącznie losowo wybranym identyfikatorem kodu kreskowego, który zostanie powiązany z poszczególnymi gospodarstwami domowymi poprzez zeskanowanie kodu kreskowego do pliku opartego na tablecie, powiązanego z informacjami identyfikującymi podmiot. Od tego momentu próbki kału zachowają losowy identyfikator poprzez przetwarzanie w laboratorium APHRC do analizy molekularnej w laboratorium UI. Technicy laboratoryjni będą ślepi na tożsamość podmiotu. Ostateczne wyniki analizy stolca dla każdego losowego identyfikatora zostaną przesłane przez laboratorium interfejsu użytkownika do menedżera bazy danych, który na ostatnim etapie połączy je za pomocą losowego identyfikatora z ogólnym zbiorem danych zawierającym możliwe do zidentyfikowania informacje. W ten sposób próbki biologiczne będą identyfikowane na wszystkich etapach z wyjątkiem miejsca pobrania i punktu analizy.

FINANSOWANIE Badanie PATHOME jest finansowane przez Narodowy Instytut Zdrowia Stanów Zjednoczonych Fogarty Institute R01TW011795 dla University of Iowa, PIs Kelly K. Baker i Daniel Sewell. Został on zatwierdzony przez komisje recenzujące badania na ludziach na Uniwersytecie Iowa, African Population and Health Research Center, AMREF i NACOSTI.