Desenvolvimento e aplicação de um novo PCR de matriz digital para leucemia mieloide aguda (LMA)

Doença residual mínima (DRM) refere-se à presença de células cancerosas que estão presentes após a terapia e não detectáveis ​​de outra forma por achados clínicos, incluindo ensaios clínicos padrão e imagens radiográficas. A detecção da DRM antes que ela se torne clinicamente detectável oferece uma oportunidade de intervir e otimizar o tratamento, com possibilidade de cura de mais pacientes. Pelas razões acima, a detecção de DRM através da avaliação de biomarcadores sanguíneos representa uma área promissora para melhorar os resultados clínicos em pacientes com uma variedade de tumores sólidos e líquidos. Em tumores líquidos, como a leucemia linfoblástica aguda (LLA), a avaliação da DRM já faz parte da prática clínica de rotina. A DRM está fortemente correlacionada com o risco de recidiva na LLA, e a avaliação da DRM durante e após a terapia de indução é um dos marcadores prognósticos mais informativos disponíveis. Por estas razões, as Diretrizes da National Comprehensive Cancer Network (NCCN), versão 2.2020, indicam que a avaliação da DRM é um "componente essencial da avaliação do paciente ao longo da terapia sequencial" para LLA, e há mais de 250 referências à DRM em pacientes pediátricos e adultos. TODAS as diretrizes da NCCN. Na LMA, a avaliação da DRM é usada rotineiramente em centros médicos acadêmicos. A DRM também está fortemente associada ao risco de recaída na LMA, e o status da DRM é um forte preditor independente da sobrevida global após a conclusão da terapia. As Diretrizes AML NCCN Versão 3.2020 indicam a "necessidade inegável de monitoramento", mas são necessários mais refinamentos para tornar o monitoramento de DRM em pacientes com LMA mais confiável. Neste estudo, aplicaremos uma nova tecnologia de PCR digital altamente multiplexada, digital array PCR (daPCR), para avaliação de MRD em AML que melhorará a confiabilidade do ensaio de MRD enquanto reduz custos e tempo para resultados.

Atualmente, os métodos para avaliação de MRD na LMA incluem citometria de fluxo para a detecção de imunofenótipos aberrantes, bem como ensaios baseados em PCR molecular e sequenciamento de próxima geração (NGS) para detectar anormalidades genéticas recorrentes associadas à LMA. Tanto a avaliação de MRD de fluxo quanto a molecular têm sensibilidade muito maior do que a avaliação morfológica isoladamente, com a citometria de fluxo tendo um limite inferior de detecção entre 10-4 a 10-5 e os métodos moleculares entre 10-3 para métodos NGS a 10-5 para métodos baseados em PCR métodos. Cada um dos métodos atuais tem limitações importantes que impedem uma adoção mais ampla na LBC. Os métodos padrão baseados em NGS têm sensibilidade insuficiente e custos elevados. A citometria de fluxo é um método tecnicamente difícil e difícil de padronizar, e um subconjunto de casos de LMA não possui marcadores de superfície avaliáveis ​​suficientes para permitir a detecção. Os métodos baseados em PCR podem ser muito sensíveis, mas cada ensaio atualmente tem como alvo uma única anormalidade genética recorrente (por exemplo, fusão PML/RARA na leucemia promielocítica aguda), e muitos casos de LMA não apresentam anormalidades genéticas que são alvo dos ensaios clínicos atuais. Em contraste, a tecnologia daPCR que propomos aplicar neste estudo fornece uma plataforma multiplexada de alto rendimento (24-96 variantes) com faixa dinâmica sem precedentes (> 108), alta facilidade de uso, baixo custo e rápido tempo de resposta. Como o daPCR pode sondar simultaneamente múltiplas variantes, estimamos que nosso ensaio inicial terá o potencial de detectar e quantificar a abundância de pelo menos uma mutação associada à LMA em ~80% das amostras de LMA. Este avanço tecnológico forneceria uma solução real para permitir o monitoramento frequente e profundo da resposta terapêutica em pacientes com LMA.