Desarrollo y aplicación de una nueva PCR de matriz digital para la leucemia mieloide aguda (AML)

La enfermedad residual mínima (ERM) se refiere a la presencia de células cancerosas que están presentes después de la terapia y que de otro modo no son detectables mediante hallazgos clínicos, incluidos ensayos clínicos estándar e imágenes radiográficas. La detección de ERM antes de que sea clínicamente detectable brinda la oportunidad de intervenir y optimizar el tratamiento, con la posibilidad de curar a más pacientes. Por las razones anteriores, la detección de ERM mediante la evaluación de biomarcadores sanguíneos representa un área prometedora para mejorar los resultados clínicos en pacientes con una variedad de tumores sólidos y líquidos. En tumores líquidos como la leucemia linfoblástica aguda (LLA), la evaluación de la ERM ya forma parte de la práctica clínica habitual. La ERM está fuertemente correlacionada con el riesgo de recaída en la LLA, y la evaluación de la ERM durante y después de la terapia de inducción es uno de los marcadores pronósticos más informativos disponibles. Por estas razones, las pautas de la Red Nacional Integral del Cáncer (NCCN), versión 2.2020, indican que la evaluación de la ERM es un "componente esencial de la evaluación del paciente durante el transcurso de la terapia secuencial" para la LLA, y hay más de 250 referencias sobre la ERM en pediatría y adultos. TODAS las pautas de la NCCN. En AML, la evaluación de MRD se utiliza de forma rutinaria en los centros médicos académicos. La ERM también está fuertemente asociada con el riesgo de recaída en la AML, y el estado de la ERM es un fuerte predictor independiente de la supervivencia general una vez finalizado el tratamiento. Las pautas de la NCCN sobre AML, versión 3.2020, indican la "necesidad innegable de seguimiento", pero se necesitan más mejoras para que el seguimiento de la ERM en pacientes con AML sea más confiable. En este estudio aplicaremos una nueva tecnología de PCR digital altamente multiplexada, PCR de matriz digital (daPCR), para la evaluación de MRD en AML que mejorará la confiabilidad del ensayo de MRD al tiempo que reducirá los costos y el tiempo para obtener resultados.

Actualmente, los métodos para la evaluación de ERM en la AML incluyen citometría de flujo para la detección de inmunofenotipos aberrantes, así como ensayos basados ​​en PCR molecular y secuenciación de próxima generación (NGS) para detectar anomalías genéticas recurrentes asociadas a la AML. Tanto la evaluación de flujo como la molecular de MRD tienen una sensibilidad mucho mayor que la evaluación morfológica sola: la citometría de flujo tiene un límite de detección más bajo entre 10-4 y 10-5 y los métodos moleculares entre 10-3 para los métodos NGS y 10-5 para los basados ​​en PCR. métodos. Cada uno de los métodos actuales tiene limitaciones importantes que impiden una adopción más amplia en ALD. Los métodos estándar basados ​​en NGS tienen una sensibilidad insuficiente y unos costes elevados. La citometría de flujo es un método técnicamente difícil y difícil de estandarizar, y un subconjunto de casos de leucemia mieloide aguda no tiene suficientes marcadores de superficie evaluables para permitir la detección. Los métodos basados ​​en PCR pueden ser muy sensibles, pero cada ensayo actualmente apunta a una única anomalía genética recurrente (p. ej., fusión PML/RARA en la leucemia promielocítica aguda), y muchos casos de AML no tienen anomalías genéticas que sean objetivo de los ensayos clínicos actuales. Por el contrario, la tecnología daPCR que proponemos aplicar en este estudio proporciona una plataforma multiplexada de alto rendimiento (24-96 variantes) con un rango dinámico sin precedentes (>108), alta facilidad de uso, bajo costo y tiempo de respuesta rápido. Debido a que la daPCR puede detectar simultáneamente múltiples variantes, estimamos que nuestro ensayo inicial tendrá el potencial de detectar y cuantificar la abundancia de al menos una mutación asociada a la AML en ~80 % de las muestras de AML. Este avance tecnológico proporcionaría una solución del mundo real para permitir un seguimiento frecuente y profundo de la respuesta terapéutica en pacientes con AML.