急性髓系白血病 (AML) 新型数字阵列 PCR 的开发和应用

微小残留病 (MRD) 是指治疗后存在且无法通过临床结果（包括标准临床测定和放射成像）检测到的癌细胞的存在。 在临床可检测到 MRD 之前对其进行检测，为干预和优化治疗提供了机会，并有可能治愈更多患者。 由于上述原因，通过评估血液生物标志物来检测 MRD 是改善各种实体和液体肿瘤患者临床结果的一个有前景的领域。 在急性淋巴细胞白血病 (ALL) 等液体肿瘤中，MRD 评估已成为常规临床实践的一部分。 MRD 与 ALL 复发风险密切相关，诱导治疗期间和之后的 MRD 评估是可用的信息最丰富的预后标志物之一。 由于这些原因，国家综合癌症网络 (NCCN) 指南第 2.2020 版指出，MRD 评估是 ALL 的“序贯治疗过程中患者评估的重要组成部分”，并且在儿科和成人患者中有超过 250 条关于 MRD 的参考文献。所有 NCCN 指南。 在 AML 中，学术医疗中心通常使用 MRD 评估。 MRD 还与 AML 复发风险密切相关，并且 MRD 状态是完成治疗后总生存期的强有力的独立预测因子。 AML NCCN 指南第 3.2020 版指出“无可否认的监测需求”，但需要进一步完善，以使 AML 患者的 MRD 监测更加可靠。 在这项研究中，我们将应用一种新的高度多重数字 PCR 技术——数字阵列 PCR (daPCR)，来评估 AML 中的 MRD，这将提高 MRD 测定的可靠性，同时降低成本和获得结果的时间。

目前，AML 的 MRD 评估方法包括用于检测异常免疫表型的流式细胞术以及用于检测复发性 AML 相关遗传异常的分子 PCR 和下一代测序 (NGS) 检测。 流式和分子 MRD 评估都比单独的形态学评估具有更高的灵敏度，流式细胞术的检测下限在 10-4 到 10-5 之间，分子方法的检测下限在 NGS 方法的 10-3 到基于 PCR 的 10-5 之间。方法。 目前的每种方法都有很大的局限性，阻碍了 AML 的广泛采用。 标准的基于 NGS 的方法灵敏度不足且成本较高。 流式细胞术是一种技术上困难的方法，难以标准化，并且一部分 AML 病例没有足够的可评估表面标志物来进行检测。 基于 PCR 的方法可能非常敏感，但目前每种检测都针对单一复发性遗传异常（例如急性早幼粒细胞白血病中的 PML/RARA 融合），并且许多 AML 病例不具有当前临床检测所针对的遗传异常。 相比之下，我们建议在本研究中应用的 daPCR 技术提供了一个高通量、多重平台（24-96 个变体），具有前所未有的动态范围 (>108)、高度易用性、低成本和快速周转时间。 由于 daPCR 可以同时探测多种变异，我们估计我们的初始检测将有可能检测和量化约 80% 的 AML 样本中至少一种 AML 相关突变的丰度。 这项技术进步将提供一个现实世界的解决方案，以便能够频繁、深入地监测 AML 患者的治疗反应。