Разработка и применение нового метода ПЦР с цифровой матрицей для лечения острого миелоидного лейкоза (ОМЛ)

Минимальная остаточная болезнь (МОБ) означает наличие раковых клеток, которые присутствуют после терапии и не обнаруживаются иным образом с помощью клинических данных, включая стандартные клинические анализы и рентгенографические исследования. Обнаружение МОБ до того, как оно станет клинически выявляемым, дает возможность вмешаться и оптимизировать лечение, что дает возможность вылечить больше пациентов. По вышеуказанным причинам выявление MRD посредством оценки биомаркеров крови представляет собой многообещающую область для улучшения клинических результатов у пациентов с различными солидными и жидкостными опухолями. При жидких опухолях, таких как острый лимфобластный лейкоз (ОЛЛ), оценка MRD уже является частью рутинной клинической практики. МОБ тесно коррелирует с риском рецидива ОЛЛ, а оценка МОБ во время и после индукционной терапии является одним из наиболее информативных доступных прогностических маркеров. По этим причинам в рекомендациях Национальной комплексной онкологической сети (NCCN), версия 2.2020, указывается, что оценка MRD является «важным компонентом оценки состояния пациента в ходе последовательной терапии» для ОЛЛ, и имеется > 250 ссылок на MRD в педиатрической и взрослой практике. ВСЕ рекомендации NCCN. При ОМЛ оценка MRD обычно используется в академических медицинских центрах. MRD также тесно связан с риском рецидива ОМЛ, а статус MRD является сильным независимым предиктором общей выживаемости после завершения терапии. Рекомендации AML NCCN версии 3.2020 указывают на «неоспоримую необходимость мониторинга», но необходимы дальнейшие доработки, чтобы сделать мониторинг MRD у пациентов с ОМЛ более надежным. В этом исследовании мы будем применять новую технологию цифровой ПЦР с высокой степенью мультиплексирования, ПЦР с цифровым массивом (даПЦР), для оценки MRD при ОМЛ, которая повысит надежность анализа MRD, одновременно сокращая затраты и время получения результатов.

В настоящее время методы оценки MRD при ОМЛ включают проточную цитометрию для выявления аберрантных иммунофенотипов, а также анализы на основе молекулярной ПЦР и секвенирования следующего поколения (NGS) для выявления рецидивирующих генетических аномалий, связанных с ОМЛ. Как проточная, так и молекулярная оценка MRD имеют гораздо более высокую чувствительность, чем только морфологическая оценка, при этом проточная цитометрия имеет нижний предел обнаружения от 10-4 до 10-5, а молекулярные методы - от 10-3 для методов NGS до 10-5 для методов на основе ПЦР. методы. Каждый из существующих методов имеет серьезные ограничения, которые препятствуют более широкому внедрению в борьбе с отмыванием денег. Стандартные методы на основе NGS обладают недостаточной чувствительностью и высокой стоимостью. Проточная цитометрия — это технически сложный метод, который сложно стандартизировать, а в некоторых случаях ОМЛ нет достаточного количества поддающихся оценке поверхностных маркеров, позволяющих его обнаружить. Методы на основе ПЦР могут быть очень чувствительными, но в настоящее время каждый анализ нацелен на одну рецидивирующую генетическую аномалию (например, слияние PML/RARA при остром промиелоцитарном лейкозе), и во многих случаях ОМЛ нет генетических аномалий, на которые нацелены текущие клинические анализы. Напротив, технология даПЦР, которую мы предлагаем применить в этом исследовании, обеспечивает мультиплексированную платформу с высокой пропускной способностью (24-96 вариантов) с беспрецедентным динамическим диапазоном (> 108), высокой простотой использования, низкой стоимостью и быстрым временем обработки. Поскольку даПЦР может одновременно исследовать несколько вариантов, мы предполагаем, что наш первоначальный анализ будет иметь потенциал для обнаружения и количественной оценки распространенности по крайней мере одной мутации, связанной с ОМЛ, в ~ 80% образцов ОМЛ. Этот технологический прогресс обеспечит реальное решение, позволяющее осуществлять частый и глубокий мониторинг терапевтического ответа у пациентов с ОМЛ.