第三代纳米孔HPV整合位点可精确预测宫颈癌预后

宫颈癌是最常见的生殖道恶性肿瘤，严重威胁女性健康。 根据世界卫生组织（WHO）的数据，全球每年新增宫颈癌病例超过50万例，约34.2万人死亡。 在中国，每年约有107,000例新发宫颈癌病例，约51,000名患者死于宫颈癌。 检测市场广阔且持续增长。 宫颈癌筛查和治疗后的主要检查方法包括HPV检测、细胞学筛查、阴道镜检查和宫颈活检。 市场上所有的HPV检测都是定性和半定量的，目前市场上还没有产品可以检测HPV持续阳性患者的HPV是否整合到基因组中。

我们团队在前期研究中，入组了200余份宫颈细胞样本，包括无上皮内瘤变的高危HPV感染患者、宫颈上皮内瘤变（CIN）I、CIN II、CIN III以及之前的局部晚期宫颈癌样本。以及多个时间点的放化疗后。 利用第三代纳米孔技术，我们已经完成了93个宫颈细胞样本的实验和分析。 基于探针杂交捕获原理，我们对HPV病毒DNA的整合位点进行了富集和测序。 初步结论如下：

1. 通过自主研发的实验技术流程，我们实现了长片段病毒捕获和测序（平均读长2-5kb），识别HPV插入位点和更精确的基因组定位。 此外，纳米孔长片段测序可以检测完整的人-病毒-人（H-V-H）病毒插入结构序列。
2. 炎症组、CIN I、CIN II、CIN III组的HPV插入基因与复发转移的癌症患者的HPV插入基因存在一定比例的重叠，可进一步辅助筛查相关分子标志物。肿瘤进展和不良预后。
3. 根治性放化疗前后患者样本中HPV序列的比例和插入基因的数量可以进一步评估治疗效果和预后，为治疗前干预和风险预警提供支持数据。

本研究的目标是与国产纳米孔测序平台和自主设计的探针合作，针对中国人群的HPV感染特征。 我们的目标是对晚期宫颈癌（IIIB期及以上）队列和根治性宫颈癌放化疗后复发转移的患者进行插入部位检测。 我们将进一步建立和优化长片段病毒富集方法和纳米孔测序实验流程，在1个工作日（8小时）内完成整个检测过程。 这也将拓展该技术在床边诊断和分散方向的应用。