Sito di integrazione HPV con nanopori di terza generazione per una previsione precisa della prognosi del cancro cervicale

Il cancro della cervice è il tumore maligno più comune del tratto riproduttivo e rappresenta una seria minaccia per la salute delle donne. Secondo i dati dell’Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), ogni anno nel mondo si registrano oltre 500.000 nuovi casi di cancro alla cervice, con circa 342.000 decessi. In Cina si registrano circa 107.000 nuovi casi ogni anno, con circa 51.000 pazienti che muoiono di cancro cervicale. Il mercato del rilevamento è vasto e continua a crescere. I principali metodi di esame dopo lo screening e il trattamento del cancro cervicale comprendono il test HPV, lo screening citologico, la colposcopia e la biopsia cervicale. Tutti i test HPV sul mercato sono qualitativi e semiquantitativi e attualmente non esiste sul mercato alcun prodotto in grado di rilevare se l’HPV si integra nel genoma nei pazienti con persistente positività all’HPV.

Il nostro team, in ricerche precedenti, ha arruolato oltre 200 campioni di cellule cervicali, compresi quelli provenienti da pazienti con infezione da HPV ad alto rischio senza neoplasia intraepiteliale, neoplasia intraepiteliale cervicale (CIN) I, CIN II, CIN III e campioni di cancro cervicale localmente avanzato prima e dopo la radiochemioterapia in più punti temporali. Utilizzando la tecnologia dei nanopori di terza generazione, abbiamo completato esperimenti e analisi su 93 campioni di cellule cervicali. Sulla base del principio di cattura dell'ibridazione della sonda, abbiamo arricchito e sequenziato i siti di integrazione del DNA virale dell'HPV. Le conclusioni preliminari sono le seguenti:

1. Attraverso il nostro processo tecnologico sperimentale autosviluppato, abbiamo ottenuto la cattura e il sequenziamento dei virus a frammenti lunghi (lunghezza di lettura media 2-5kb), identificando i siti di inserzione dell'HPV e una localizzazione genomica più precisa. Inoltre, il sequenziamento di frammenti lunghi di nanopori è in grado di rilevare la sequenza completa della struttura di inserimento virale umano-virus-umano (HVH).
2. Esiste una certa proporzione di sovrapposizione tra i geni di inserzione dell'HPV nel gruppo infiammazione, gruppi CIN I, CIN II, CIN III, e i geni di inserzione dell'HPV nei pazienti affetti da cancro con recidiva e metastasi, che può ulteriormente aiutare nello screening dei marcatori molecolari correlati alla progressione del tumore e alla prognosi sfavorevole.
3. La proporzione delle sequenze di HPV e il numero di geni inseriti nei campioni dei pazienti prima e dopo la radiochemioterapia radicale possono valutare ulteriormente l’efficacia del trattamento e della prognosi, fornendo dati di supporto per l’intervento pre-trattamento e l’allarme sui rischi.

L'obiettivo di questo studio è collaborare con una piattaforma di sequenziamento di nanopori prodotta a livello nazionale e sonde autoprogettate mirate alle caratteristiche dell'infezione da HPV nella popolazione cinese. Il nostro obiettivo è condurre il rilevamento del sito di inserzione su coorti di cancro cervicale in stadio avanzato (stadio IIIB e oltre) e pazienti con recidiva e metastasi dopo radiochemioterapia radicale per cancro cervicale. Stabiliremo e ottimizzeremo ulteriormente il metodo di arricchimento del virus a frammenti lunghi e il processo sperimentale di sequenziamento dei nanopori per completare l'intero processo di rilevamento entro un giorno lavorativo (8 ore). Ciò amplierà anche l’applicazione della tecnologia nella diagnosi al posto letto e nelle direzioni decentralizzate.