Site d'intégration Nanopore HPV de troisième génération pour une prédiction précise du pronostic du cancer du col de l'utérus

Le cancer du col de l'utérus est la tumeur maligne de l'appareil reproducteur la plus courante et constitue une menace sérieuse pour la santé des femmes. Selon les données de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), il y a chaque année plus de 500 000 nouveaux cas de cancer du col de l'utérus dans le monde, avec environ 342 000 décès. En Chine, on compte environ 107 000 nouveaux cas chaque année, et environ 51 000 patientes meurent du cancer du col de l'utérus. Le marché de la détection est vaste et continue de croître. Les principales méthodes d'examen après le dépistage et le traitement du cancer du col de l'utérus comprennent le test HPV, le dépistage cytologique, la colposcopie et la biopsie cervicale. Tous les tests HPV disponibles sur le marché sont qualitatifs et semi-quantitatifs, et il n'existe actuellement aucun produit sur le marché capable de détecter si le HPV s'intègre dans le génome chez les patients présentant une positivité persistante au HPV.

Notre équipe, lors de recherches antérieures, a recruté plus de 200 échantillons de cellules cervicales, y compris ceux provenant de patients présentant une infection par le VPH à haut risque sans néoplasie intraépithéliale, une néoplasie intraépithéliale cervicale (CIN) I, CIN II, CIN III et des échantillons de cancer du col de l'utérus localement avancé avant et après radiochimiothérapie à plusieurs moments. Grâce à la technologie nanopore de troisième génération, nous avons réalisé des expériences et des analyses sur 93 échantillons de cellules cervicales. Sur la base du principe de capture par hybridation de sondes, nous avons enrichi et séquencé les sites d'intégration de l'ADN viral HPV. Les conclusions préliminaires sont les suivantes :

1. Grâce à notre processus technologique expérimental que nous avons développé nous-mêmes, nous avons réalisé la capture et le séquençage de longs fragments de virus (longueur de lecture moyenne de 2 à 5 Ko), l'identification des sites d'insertion du VPH et une localisation génomique plus précise. De plus, le séquençage de fragments longs de nanopores peut détecter la séquence complète de la structure d’insertion virale humain-virus-humain (HVH).
2. Il existe une certaine proportion de chevauchement entre les gènes d'insertion du VPH dans le groupe inflammation, les groupes CIN I, CIN II, CIN III et les gènes d'insertion du VPH chez les patients cancéreux présentant une récidive et des métastases, ce qui peut faciliter davantage le dépistage des marqueurs moléculaires liés. à la progression tumorale et à un mauvais pronostic.
3. La proportion de séquences HPV et le nombre de gènes insérés dans les échantillons de patients avant et après la radiochimiothérapie radicale peuvent évaluer davantage l'efficacité du traitement et le pronostic, fournissant ainsi des données à l'appui de l'intervention préalable au traitement et de l'avertissement sur les risques.

Le but de cette étude est de collaborer avec une plateforme de séquençage de nanopores produite au niveau national et des sondes auto-conçues ciblant les caractéristiques de l'infection par le VPH dans la population chinoise. Nous visons à effectuer la détection du site d'insertion sur des cohortes de cancer du col de l'utérus à un stade avancé (stade IIIB et au-delà) et patients présentant une récidive et des métastases après radiochimiothérapie radicale du cancer du col de l'utérus. Nous établirons et optimiserons davantage la méthode d'enrichissement du virus en fragments longs et le processus expérimental de séquençage des nanopores pour terminer l'ensemble du processus de détection en une journée ouvrable (8 heures). Cela élargira également l’application de la technologie au diagnostic au chevet du patient et aux directions décentralisées.