Local de integração Nanopore HPV de terceira geração para previsão precisa do prognóstico do câncer cervical

O câncer cervical é o tumor maligno mais comum do trato reprodutivo, representando uma séria ameaça à saúde das mulheres. De acordo com dados da Organização Mundial da Saúde (OMS), ocorrem mais de 500 mil novos casos de câncer cervical em todo o mundo a cada ano, com aproximadamente 342 mil mortes. Na China, ocorrem cerca de 107 mil novos casos anualmente, com cerca de 51 mil pacientes morrendo de câncer cervical. O mercado de detecção é vasto e continua a crescer. Os principais métodos de exame após o rastreio e tratamento do cancro do colo do útero incluem testes de HPV, rastreio citológico, colposcopia e biópsia cervical. Todos os testes de HPV no mercado são qualitativos e semiquantitativos, e atualmente não existe nenhum produto no mercado que possa detectar se o HPV se integra ao genoma em pacientes com positividade persistente para HPV.

Nossa equipe, em pesquisas anteriores, registrou mais de 200 amostras de células cervicais, incluindo aquelas de pacientes com infecção por HPV de alto risco sem neoplasia intraepitelial, neoplasia intraepitelial cervical (NIC) I, NIC II, NIC III e amostras de câncer cervical localmente avançado antes e após radioquimioterapia em vários momentos. Usando a tecnologia nanopore de terceira geração, concluímos experimentos e análises em 93 amostras de células cervicais. Com base no princípio de captura de hibridização de sonda, enriquecemos e sequenciamos os locais de integração do DNA viral do HPV. As conclusões preliminares são as seguintes:

1. Através do nosso processo de tecnologia experimental autodesenvolvido, conseguimos captura e sequenciamento de vírus de fragmentos longos (comprimento médio de leitura de 2 a 5 kb), identificando locais de inserção do HPV e localização genômica mais precisa. Além disso, o sequenciamento de fragmentos longos de nanoporos pode detectar a sequência completa da estrutura de inserção viral Humano-Vírus-Humano (HVH).
2. Há uma certa proporção de sobreposição entre os genes de inserção do HPV no grupo de inflamação, grupos NIC I, NIC II, NIC III, e os genes de inserção do HPV em pacientes com câncer com recorrência e metástase, o que pode auxiliar ainda mais na triagem de marcadores moleculares relacionados à progressão do tumor e ao mau prognóstico.
3. A proporção de sequências de HPV e o número de genes inseridos em amostras de pacientes antes e depois da radioquimioterapia radical podem avaliar ainda mais a eficácia do tratamento e o prognóstico, fornecendo dados de apoio para intervenção pré-tratamento e alerta de risco.

O objetivo deste estudo é colaborar com uma plataforma de sequenciamento de nanoporos produzida internamente e sondas autoprojetadas visando as características da infecção por HPV na população chinesa. Nosso objetivo é realizar a detecção do local de inserção em coortes de câncer cervical em estágio avançado (estágio IIIB e além) e pacientes com recorrência e metástase após radioquimioterapia radical para câncer cervical. Estabeleceremos e otimizaremos ainda mais o método de enriquecimento de vírus de fragmentos longos e o processo experimental de sequenciamento de nanoporos para concluir todo o processo de detecção em um dia útil (8 horas). Isso também ampliará a aplicação da tecnologia no diagnóstico à beira do leito e nas orientações descentralizadas.