Сайт интеграции Nanopore HPV третьего поколения для точного прогнозирования рака шейки матки

Рак шейки матки — самая распространенная злокачественная опухоль репродуктивного тракта, представляющая серьезную угрозу здоровью женщин. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), ежегодно в мире регистрируется более 500 000 новых случаев рака шейки матки, из них около 342 000 — смертельные. В Китае ежегодно регистрируется около 107 000 новых случаев, при этом около 51 000 пациенток умирают от рака шейки матки. Рынок средств обнаружения огромен и продолжает расти. К основным методам обследования после скрининга и лечения рака шейки матки относятся тестирование на ВПЧ, цитологический скрининг, кольпоскопия и биопсия шейки матки. Все тесты на ВПЧ, имеющиеся на рынке, являются качественными и полуколичественными, и в настоящее время на рынке нет продукта, который мог бы определить, интегрируется ли ВПЧ в геном у пациентов со стойким положительным результатом на ВПЧ.

В ходе предыдущего исследования наша команда отобрала более 200 образцов клеток шейки матки, в том числе от пациентов с ВПЧ-инфекцией высокого риска без интраэпителиальной неоплазии, цервикальной интраэпителиальной неоплазии (CIN) I, CIN II, CIN III, а также образцы местно-распространенного рака шейки матки до и после радиохимиотерапии в несколько моментов времени. Используя технологию нанопор третьего поколения, мы завершили эксперименты и анализ 93 образцов клеток шейки матки. Основываясь на принципе захвата гибридизации зонда, мы обогатили и секвенировали сайты интеграции вирусной ДНК ВПЧ. Предварительные выводы таковы:

1. Благодаря нашему самостоятельно разработанному экспериментальному технологическому процессу мы добились захвата и секвенирования длинных фрагментов вируса (средняя длина чтения 2–5 КБ), определения сайтов внедрения ВПЧ и более точной геномной локализации. Более того, секвенирование длинных фрагментов нанопор может обнаружить полную последовательность вставочной структуры вируса Человек-Вирус-Человек (HVH).
2. Существует определенная доля перекрытия между генами-инсерциями ВПЧ в группе воспаления, группами CIN I, CIN II, CIN III и генами-инсерциями ВПЧ у онкологических больных с рецидивом и метастазами, что может дополнительно помочь в скрининге молекулярных маркеров, связанных с раком. к прогрессированию опухоли и неблагоприятному прогнозу.
3. Доля последовательностей ВПЧ и количество встроенных генов в образцах пациентов до и после радикальной радиохимиотерапии могут дополнительно оценить эффективность лечения и прогноз, предоставляя подтверждающие данные для вмешательства перед лечением и предупреждения о рисках.

Целью этого исследования является сотрудничество с отечественной платформой для секвенирования нанопор и самостоятельно разработанными зондами, нацеленными на характеристики инфекции ВПЧ у населения Китая. Мы стремимся провести обнаружение места введения у когорт поздней стадии рака шейки матки (стадия IIIB и выше) и пациентов с рецидивом и метастазами после радикальной радиохимиотерапии рака шейки матки. В дальнейшем мы разработаем и оптимизируем метод обогащения вирусов длинными фрагментами и экспериментальный процесс секвенирования нанопор, чтобы завершить весь процесс обнаружения в течение одного рабочего дня (8 часов). Это также расширит применение технологии в прикроватной диагностике и децентрализованных направлениях.