Nanopore HPV integrační místo třetí generace pro přesnou předpověď prognózy rakoviny děložního čípku

Rakovina děložního čípku je nejčastějším zhoubným nádorem reprodukčního traktu, který představuje vážnou hrozbu pro zdraví žen. Podle údajů Světové zdravotnické organizace (WHO) se na celém světě každoročně objeví více než 500 000 nových případů rakoviny děložního čípku a přibližně 342 000 úmrtí. V Číně se ročně objeví asi 107 000 nových případů, přičemž asi 51 000 pacientek umírá na rakovinu děložního čípku. Trh pro detekci je obrovský a neustále roste. Mezi hlavní vyšetřovací metody po screeningu a léčbě karcinomu děložního hrdla patří HPV testování, cytologický screening, kolposkopie a cervikální biopsie. Všechny HPV testy na trhu jsou kvalitativní a semikvantitativní a v současné době není na trhu žádný produkt, který by dokázal detekovat, zda se HPV integruje do genomu u pacientů s přetrvávající HPV pozitivitou.

Náš tým do předchozího výzkumu zařadil přes 200 vzorků cervikálních buněk, včetně vzorků od pacientek s vysoce rizikovou infekcí HPV bez intraepiteliální neoplazie, cervikální intraepiteliální neoplazie (CIN) I, CIN II, CIN III a vzorků z lokálně pokročilého karcinomu děložního čípku před a po radiochemoterapii ve více časových bodech. S využitím technologie nanopórů třetí generace jsme dokončili experimenty a analýzy na 93 vzorcích cervikálních buněk. Na základě principu zachycení hybridizace sondy jsme obohatili a sekvenovali integrační místa HPV virové DNA. Předběžné závěry jsou následující:

1. Prostřednictvím našeho vlastního experimentálního technologického procesu jsme dosáhli zachycení a sekvenování viru s dlouhými fragmenty (průměrná délka čtení 2-5 kb), identifikace míst inzerce HPV a přesnější genomové lokalizace. Navíc sekvenování nanopórů s dlouhými fragmenty může detekovat kompletní sekvenci virové inzerce Human-Virus-Human (H-V-H).
2. Mezi inzertními geny HPV ve skupině zánětu, CIN I, CIN II, CIN III a inzerčními geny HPV u pacientů s rakovinou s recidivou a metastázami existuje určitá část překrývání, což může dále pomoci při screeningu souvisejících molekulárních markerů. k progresi nádoru a špatné prognóze.
3. Podíl sekvencí HPV a počet vložených genů ve vzorcích pacientů před a po radikální radiochemoterapii může dále posoudit účinnost léčby a prognózu, poskytnout podpůrná data pro intervenci před léčbou a varování před riziky.

Cílem této studie je spolupracovat s nanopórovou sekvenační platformou vyráběnou v tuzemsku a samostatně navrženými sondami zaměřenými na charakteristiky HPV infekce v čínské populaci. Naším cílem je provést detekci místa zavedení u kohort pozdního stadia karcinomu děložního hrdla (stadium IIIB a dále) a pacientek s recidivou a metastázami po radikální radiochemoterapii karcinomu děložního hrdla. Dále zavedeme a optimalizujeme metodu obohacování virů s dlouhými fragmenty a experimentální proces sekvenování nanopórů, abychom celý proces detekce dokončili během jednoho pracovního dne (8 hodin). Tím se také rozšíří uplatnění technologie v lůžkové diagnostice a decentralizovaných směrech.