Harmadik generációs Nanopore HPV integrációs oldal a méhnyakrák előrejelzésének pontos előrejelzéséhez

A méhnyakrák a reproduktív traktus leggyakoribb rosszindulatú daganata, amely komoly veszélyt jelent a nők egészségére. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) adatai szerint évente több mint 500 000 új méhnyakrákeset fordul elő világszerte, és körülbelül 342 000 haláleset. Kínában évente körülbelül 107 000 új esetet regisztrálnak, és körülbelül 51 000 beteg hal meg méhnyakrákban. Az észlelés piaca hatalmas és folyamatosan növekszik. A méhnyakrák szűrését és kezelését követő fő vizsgálati módszerek közé tartozik a HPV-vizsgálat, a citológiai szűrés, a kolposzkópia és a méhnyak-biopszia. A piacon lévő összes HPV-teszt kvalitatív és félkvantitatív, és jelenleg nincs olyan termék a piacon, amely képes lenne kimutatni, hogy a HPV beépül-e a genomba tartós HPV-pozitivitásban szenvedő betegeknél.

Csapatunk a korábbi kutatások során több mint 200 méhnyak-sejtmintát vett fel, beleértve azokat is, akik magas kockázatú HPV-fertőzésben szenvedtek intraepiteliális neoplázia nélkül, cervicalis intraepiteliális neoplázia (CIN) I, CIN II, CIN III, valamint lokálisan előrehaladott méhnyakrákból származó mintákat. és radiokemoterápia után több időpontban. Harmadik generációs nanopórusos technológiával 93 méhnyaki sejtmintán végeztünk kísérleteket és elemzéseket. A próba hibridizációs befogás elve alapján dúsítottuk és szekvenáltuk a HPV vírus DNS integrációs helyeit. Az előzetes következtetések a következők:

1. Saját fejlesztésű kísérleti technológiai eljárásunkkal hosszú fragmentumú vírusbefogást és szekvenálást értünk el (átlagos olvasási hossz 2-5 kb), a HPV inszerciós helyek azonosítását és pontosabb genomiális lokalizációt. Ezenkívül a nanopórusos hosszú fragmens szekvenálás képes kimutatni a teljes humán-vírus-ember (H-V-H) vírus inszerciós szerkezeti szekvenciáját.
2. Bizonyos arányban átfedés van a HPV inszerciós gének között a gyulladásos csoportban, a CIN I, CIN II, CIN III csoportokban és a HPV inszerciós gének között recidívában és áttétben szenvedő daganatos betegekben, ami tovább segítheti a molekuláris markerekkel kapcsolatos szűrést. a daganat progressziójához és a rossz prognózishoz.
3. A HPV szekvenciák aránya és a beépített gének száma a betegmintákban a radikális radiokemoterápia előtt és után tovább értékelheti a kezelés hatékonyságát és a prognózist, alátámasztó adatokat szolgáltatva a kezelés előtti beavatkozáshoz és a kockázati figyelmeztetéshez.

Ennek a tanulmánynak az a célja, hogy együttműködjön egy hazai gyártású nanopórus-szekvenáló platformmal és saját tervezésű szondákkal, amelyek a kínai lakosság HPV-fertőzésének jellemzőit célozzák meg. Célunk a behelyezési hely kimutatása a késői stádiumú méhnyakrák (IIIB és azon túli stádiumú) csoportjain, valamint a radikális méhnyakrák radiokemoterápia után kiújuló és metasztázisos betegeken. Tovább fejlesztjük és optimalizáljuk a hosszú fragmens vírus dúsítási módszert és a nanopórus szekvenálás kísérleti folyamatot, hogy a teljes kimutatási folyamatot egy munkanapon (8 órán belül) lehessen befejezni. Ezzel a technológia alkalmazását az ágy melletti diagnosztikában és decentralizált irányokba is kiterjesztik.