Nanopore HPV-integratiesite van de derde generatie voor nauwkeurige voorspelling van de prognose van baarmoederhalskanker

Baarmoederhalskanker is de meest voorkomende kwaadaardige tumor van het voortplantingsstelsel en vormt een ernstige bedreiging voor de gezondheid van vrouwen. Volgens gegevens van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) zijn er wereldwijd elk jaar ruim 500.000 nieuwe gevallen van baarmoederhalskanker, met ongeveer 342.000 sterfgevallen. In China zijn er jaarlijks ongeveer 107.000 nieuwe gevallen, waarbij ongeveer 51.000 patiënten sterven aan baarmoederhalskanker. De markt voor detectie is enorm en blijft groeien. De belangrijkste onderzoeksmethoden na screening en behandeling van baarmoederhalskanker zijn onder meer HPV-testen, cytologische screening, colposcopie en baarmoederhalsbiopsie. Alle HPV-tests op de markt zijn kwalitatief en semi-kwantitatief, en er is momenteel geen product op de markt dat kan detecteren of HPV in het genoom integreert bij patiënten met aanhoudende HPV-positiviteit.

Ons team heeft in eerder onderzoek meer dan 200 cervicale celmonsters geïncludeerd, waaronder die van patiënten met een hoog-risico HPV-infectie zonder intra-epitheliale neoplasie, cervicale intra-epitheliale neoplasie (CIN) I, CIN II, CIN III, en monsters van lokaal gevorderde baarmoederhalskanker vóór en na radiochemotherapie op meerdere tijdstippen. Met behulp van nanoporietechnologie van de derde generatie hebben we experimenten en analyses uitgevoerd op 93 cervicale celmonsters. Op basis van het probe-hybridisatie-capture-principe hebben we de integratieplaatsen van HPV-viraal DNA verrijkt en gesequenced. De voorlopige conclusies zijn als volgt:

1. Via ons zelfontwikkelde experimentele technologieproces hebben we virusvangst en sequencing van lange fragmenten bereikt (gemiddelde leeslengte 2-5 kb), waardoor HPV-insertieplaatsen en een nauwkeurigere genomische lokalisatie werden geïdentificeerd. Bovendien kan sequencing van lange fragmenten in nanoporiën de volledige sequentie van de humane-virus-menselijke (H-V-H) virale insertiestructuur detecteren.
2. Er is een zekere mate van overlap tussen de HPV-insertiegenen in de ontstekingsgroep, CIN I-, CIN II-, CIN III-groepen, en de HPV-insertiegenen bij kankerpatiënten met recidief en metastase, wat verder kan helpen bij het screenen op moleculaire markers die verband houden met kanker. tot tumorprogressie en een slechte prognose.
3. Het aandeel HPV-sequenties en het aantal ingebrachte genen in patiëntenmonsters voor en na radicale radiochemotherapie kunnen de effectiviteit van de behandeling en de prognose verder beoordelen, waardoor ondersteunende gegevens worden verkregen voor interventie voorafgaand aan de behandeling en risicowaarschuwing.

Het doel van deze studie is om samen te werken met een in eigen land geproduceerd nanoporie-sequencingplatform en zelfontworpen sondes die zich richten op de kenmerken van HPV-infectie bij de Chinese bevolking. Ons doel is detectie van de inbrengplaats uit te voeren bij cohorten van baarmoederhalskanker in een laat stadium (stadium IIIB en verder) en bij patiënten met recidief en metastase na radicale radiochemotherapie van baarmoederhalskanker. We zullen de virusverrijkingsmethode met lange fragmenten en het experimentele proces voor nanoporiesequencing verder ontwikkelen en optimaliseren om het hele detectieproces binnen één werkdag (8 uur) te voltooien. Dit zal ook de toepassing van de technologie uitbreiden in bedside-diagnostiek en gedecentraliseerde richtingen.