Kolmannen sukupolven Nanopore HPV -integraatiosivusto kohdunkaulan syövän ennusteen tarkkaa ennustamista varten

Kohdunkaulan syöpä on yleisin lisääntymiskanavan pahanlaatuinen kasvain, joka on vakava uhka naisten terveydelle. Maailman terveysjärjestön (WHO) tietojen mukaan maailmanlaajuisesti todetaan vuosittain yli 500 000 uutta kohdunkaulan syöpätapausta ja noin 342 000 kuolemantapausta. Kiinassa todetaan vuosittain noin 107 000 uutta tapausta ja noin 51 000 potilasta kuolee kohdunkaulan syöpään. Ilmaisujen markkinat ovat laajat ja kasvavat edelleen. Kohdunkaulan syövän seulonnan ja hoidon pääasiallisia tutkimusmenetelmiä ovat HPV-testaus, sytologinen seulonta, kolposkopia ja kohdunkaulan biopsia. Kaikki markkinoilla olevat HPV-testit ovat kvalitatiivisia ja puolikvantitatiivisia, eikä markkinoilla ole tällä hetkellä tuotetta, joka pystyisi havaitsemaan, integroituuko HPV genomiin potilailla, joilla on jatkuva HPV-positiivisuus.

Tiimimme otti aikaisempaan tutkimukseen yli 200 kohdunkaulan solunäytettä, mukaan lukien näytteet potilailta, joilla oli korkean riskin HPV-infektio ilman intraepiteliaalista neoplasiaa, kohdunkaulan intraepiteliaalinen neoplasia (CIN) I, CIN II, CIN III ja näytteitä paikallisesti edenneestä kohdunkaulan syövästä ennen ja radiokemoterapian jälkeen useissa aikapisteissä. Kolmannen sukupolven nanohuokosteknologian avulla olemme saaneet päätökseen kokeet ja analyysit 93 kohdunkaulan solunäytteestä. Koetinhybridisaatiokaappausperiaatteen perusteella rikastimme ja sekvensoimme HPV-viruksen DNA:n integraatiokohdat. Alustavat johtopäätökset ovat seuraavat:

1. Itse kehitetyllä kokeellisella teknologiaprosessillamme saavutimme pitkän fragmentin virusten sieppauksen ja sekvensoinnin (keskimääräinen lukupituus 2-5 kb), HPV-inserttikohtien tunnistamisen ja tarkemman genomisen lokalisoinnin. Lisäksi nanohuokosten pitkän fragmentin sekvensointi voi havaita täydellisen Human-Virus-Human (H-V-H) -viruksen insertiorakennesekvenssin.
2. Tulehdusryhmän, CIN I-, CIN II-, CIN III-ryhmien HPV-insertiogeenien ja HPV-insertiogeenien välillä on tietty osa päällekkäisyyttä syöpäpotilailla, joilla on uusiutumista ja etäpesäkkeitä, mikä voi edelleen auttaa molekyylimarkkereihin liittyvien seulonnassa. kasvaimen etenemiseen ja huonoon ennusteeseen.
3. HPV-sekvenssien osuus ja lisättyjen geenien määrä potilasnäytteissä ennen radikaalia sädehoitoa ja sen jälkeen voivat edelleen arvioida hoidon tehokkuutta ja ennustetta, mikä tarjoaa tukitietoa hoitoa edeltävään interventioon ja riskivaroituksiin.

Tämän tutkimuksen tavoitteena on tehdä yhteistyötä kotimaisesti tuotetun nanohuokosekvensointialustan ja itse suunniteltujen koettimien kanssa, jotka kohdistuvat Kiinan väestön HPV-infektion ominaisuuksiin. Pyrimme tekemään insertiokohdan havaitsemisen myöhäisvaiheen kohdunkaulansyövän kohorteilla (vaihe IIIB ja sen jälkeen) sekä potilailla, joilla on uusiutumista ja etäpesäkkeitä radikaalin kohdunkaulansyövän radiokemoterapian jälkeen. Kehitämme ja optimoimme edelleen pitkän fragmentin virusrikastusmenetelmän ja nanohuokosekvensoinnin kokeellisen prosessin, jotta koko havaitsemisprosessi saadaan päätökseen yhden työpäivän (8 tunnin) sisällä. Tämä laajentaa myös teknologian soveltamista vuodediagnostiikkaan ja hajautettuihin suuntiin.