Sitio de integración de VPH con nanoporos de tercera generación para una predicción precisa del pronóstico del cáncer de cuello uterino

El cáncer de cuello uterino es el tumor maligno más común del tracto reproductivo y representa una grave amenaza para la salud de la mujer. Según datos de la Organización Mundial de la Salud (OMS), cada año se producen en todo el mundo más de 500.000 nuevos casos de cáncer de cuello uterino, con aproximadamente 342.000 muertes. En China, hay alrededor de 107.000 casos nuevos al año y alrededor de 51.000 pacientes mueren de cáncer de cuello uterino. El mercado de la detección es enorme y sigue creciendo. Los principales métodos de examen después de la detección y el tratamiento del cáncer de cuello uterino incluyen la prueba del VPH, la detección citológica, la colposcopia y la biopsia de cuello uterino. Todas las pruebas de VPH en el mercado son cualitativas y semicuantitativas, y actualmente no existe ningún producto en el mercado que pueda detectar si el VPH se integra en el genoma en pacientes con positividad persistente al VPH.

Nuestro equipo, en investigaciones anteriores, inscribió más de 200 muestras de células cervicales, incluidas aquellas de pacientes con infección por VPH de alto riesgo sin neoplasia intraepitelial, neoplasia intraepitelial cervical (NIC) I, NIC II, NIC III y muestras de cáncer de cuello uterino localmente avanzado antes. y después de la radioquimioterapia en múltiples momentos. Utilizando tecnología de nanoporos de tercera generación, hemos completado experimentos y análisis en 93 muestras de células cervicales. Basándonos en el principio de captura por hibridación de sondas, enriquecimos y secuenciamos los sitios de integración del ADN viral del VPH. Las conclusiones preliminares son las siguientes:

1. A través de nuestro proceso de tecnología experimental de desarrollo propio, logramos la captura y secuenciación de virus de fragmentos largos (longitud de lectura promedio de 2 a 5 kb), la identificación de sitios de inserción del VPH y una localización genómica más precisa. Además, la secuenciación de fragmentos largos de nanoporos puede detectar la secuencia completa de la estructura de inserción viral humano-virus-humano (H-V-H).
2. Existe una cierta proporción de superposición entre los genes de inserción del VPH en el grupo de inflamación, los grupos CIN I, CIN II, CIN III y los genes de inserción del VPH en pacientes con cáncer con recurrencia y metástasis, lo que puede ayudar aún más en la detección de marcadores moleculares relacionados. a la progresión del tumor y al mal pronóstico.
3. La proporción de secuencias del VPH y el número de genes insertados en muestras de pacientes antes y después de la radioquimioterapia radical pueden evaluar aún más la eficacia del tratamiento y el pronóstico, proporcionando datos de apoyo para la intervención previa al tratamiento y la advertencia de riesgos.

El objetivo de este estudio es colaborar con una plataforma de secuenciación de nanoporos de producción nacional y sondas de diseño propio dirigidas a las características de la infección por VPH en la población china. Nuestro objetivo es realizar la detección del sitio de inserción en cohortes de cáncer de cuello uterino en etapa tardía (estadio IIIB y más allá) y pacientes con recurrencia y metástasis después de radioquimioterapia radical para el cáncer de cuello uterino. Además, estableceremos y optimizaremos el método de enriquecimiento de virus de fragmentos largos y el proceso experimental de secuenciación de nanoporos para completar todo el proceso de detección en un día hábil (8 horas). Esto también ampliará la aplicación de la tecnología en el diagnóstico de cabecera y en direcciones descentralizadas.