Implementace inovativních technik v rutinní diagnostice dětské akutní leukémie: Analýza genomu a transkriptomu pomocí Micro-array

Akutní leukémie jsou heterogenní skupinou malignit charakterizovaných abnormální proliferací buněčného klonu v kostní dřeni, jehož původcem je lymfocytární nebo myeloidní linie. Repertoár mutací, které určují leukemickou transformaci, komplexní a variabilní v závislosti na typu nádoru a progresi onemocnění, kombinovaný ve stejné buňce s vyváženými a nevyváženými chromozomálními aberacemi, bodovými mutacemi a epigenetickými abnormalitami.

Zde prezentovaný projekt je součástí komplexního přístupu k diagnostice hematologických malignit u dětí. Použití komparativní genomové hybridizace na microarray (nebo array-CGH) a transkriptomové analýzy pomocí microarray, dvou inovativních technik pro komplexní analýzu genomu a transkriptomu, nabízí nové perspektivy identifikace molekulárních defektů. Tyto techniky poskytují nové prvky v identifikaci akutní leukémie při diagnóze, mohou identifikovat nové prognostické faktory pro optimalizaci péče o pacienty.

Na tomto projektu se podílí jak Ústav lékařské genetiky (Prof. N. LEVY ) ve věci identifikace genomových abnormalit spojených s dětskou leukémií , Laboratoř hematologie Hospital de la Timone ( prof . Pierre Morange ) z hlediska fenotypové charakterizace nádorových buněk a Onkohematologické dětské oddělení ( prof . . Michel Gerard), která poskytuje diagnostiku, léčbu, monitorování a kostní dřeň dětí s hematologickými malignitami. Následující projekt je zaměřen především na identifikaci genomových abnormalit (delece a duplikace) a abnormalit v genové expresi s cílem identifikovat genetický profil zajišťující lepší klasifikaci v rámci různých rizikových skupin.

Projekt, který navrhujeme, je zaměřen na identifikaci genomových abnormalit, změnu počtu kopií určitých oblastí genomu nebo stanovení ztráty heterozygotnosti a identifikaci změn v úrovni genové exprese pomocí dvou analytických technik, komparativní genomové hybridizace. na microarray (nebo array-CGH) a expresní studie s microarrays. Získaná data budou pro identifikaci "molekulárních signatur" klasifikovat pacienty podle prognózy, variací v odpovědi na léčbu a přežití.

Originalita tohoto projektu spočívá ve využití těchto nových nástrojů v diagnostice hematologických malignit u dětí. Tato pilotní studie bude provedena s komerčním Affymetrixem, vyvine čipy 'zpracování', specializované, obohacené sondy odpovídající genům zapojeným do leukemogeneze, s vysokou diskriminační schopností při identifikaci těchto signatur.

Údaje publikované v odborné literatuře ze studie velkých sérií pacientů ukazují, že mikročipy poskytují důležité informace pro diagnostiku a terapeutický management pacientů. Z tohoto důvodu doufáme, že nakonec začleníme tyto analýzy do rutinní diagnostiky, aby doplnily další analýzy (fenotypizace, identifikace fúzních genů a sekvenování), abychom dále charakterizovali abnormální buňky leukémie a vytvořili „identifikační kartu leukémie“.