Implementering av innovative teknikker i rutinemessig diagnose av akutt leukemi i barndommen: Analyse av genom og transkriptom etter mikroarray

Akutte leukemier er en heterogen gruppe maligniteter karakterisert ved unormal spredning av en celleklon i benmargen, med lymfocytisk eller myeloid avstamning som opprinnelse. Repertoaret av mutasjoner som bestemmer den leukemiske transformasjonen, kompleks og variabel avhengig av tumortype og progresjon av sykdommen, kombinert i samme celle av balanserte og ubalanserte kromosomavvik, punktmutasjoner og epigenetiske abnormiteter.

Prosjektet som presenteres her er en del av en omfattende tilnærming til diagnostisering av hematologiske maligniteter hos barn. Ved å bruke komparativ genomisk hybridisering på mikroarray (eller array-CGH) og transkriptomanalyse ved mikroarray, tilbyr to innovative teknikker for en omfattende analyse av genomet og transkriptomet nye perspektiver som identifiserer molekylære defekter. Disse teknikkene gir nye elementer i identifiseringen av akutt leukemi ved diagnose kan identifisere nye prognostiske faktorer for å optimalisere behandlingen av pasienter.

Dette prosjektet involverer både Institutt for medisinsk genetikk (Prof. N. LEVY ) angående identifisering av genomiske abnormiteter assosiert med barneleukemi, laboratoriet for hematologi ved Hospital de la Timone (Prof. Pierre Morange) når det gjelder fenotypisk karakterisering av tumorceller, og Onco-Hematology Pediatric Department (Prof. . Michel Gerard ) som gir diagnose, behandling, overvåking og benmarg hos barn med hematologiske maligniteter. Det følgende prosjektet er hovedsakelig fokusert på identifisering av genomiske abnormiteter (delesjoner og dupliseringer) og abnormiteter i genuttrykk for å identifisere en genetisk profil som sikrer en bedre klassifisering innenfor de ulike gruppene risiko.

Prosjektet vi foreslår er sentrert om identifisering av genomiske abnormiteter, endring av antall kopier av visse regioner av genomet eller bestemmelse av tap av heterozygositet, og identifisering av endringer i nivået av genuttrykk ved å bruke to analytiske teknikker, komparativ genomisk hybridisering på mikroarray (eller array-CGH) og uttrykksstudier med mikromatriser. Dataene som genereres vil, for identifisering av "molekylære signaturer", klassifisering av pasienter i henhold til prognose, variasjoner i behandlingsrespons og overlevelse.

Originaliteten til dette prosjektet ligger i bruken av disse nye verktøyene i diagnostisering av hematologiske maligniteter hos barn. Denne pilotstudien vil bli utført med kommersielle Affymetrix, vil utvikle chips 'prosessering', dedikerte, berikede prober som tilsvarer gener involvert i leukemogenese, med høy diskriminerende kraft i å identifisere disse signaturene.

Dataene publisert i den spesialiserte litteraturen fra studiet av store serier av pasienter viser at mikroarrayer gir viktig informasjon for diagnostisering og terapeutisk behandling av pasienter. Det er av denne grunn at vi til slutt håper å integrere disse analysene i rutinediagnose for å komplementere andre analyser (fenotyping, identifisering av fusjonsgener og sekvensering) for ytterligere å karakterisere de unormale cellene leukemi og etablere et "identitetskort for leukemi".