Innovatiivisten tekniikoiden käyttöönotto lapsuuden akuutin leukemian rutiininomaisessa diagnosoinnissa: genomin ja transkription analyysi mikromatriisin avulla

Akuutit leukemiat ovat heterogeeninen ryhmä pahanlaatuisia kasvaimia, joille on tunnusomaista solukloonin epänormaali proliferaatio luuytimessä, jonka alkuperä on lymfosyyttinen tai myeloidinen linja. Leukeemisen transformaation määräävien mutaatioiden valikoima, monimutkainen ja vaihteleva kasvaintyypistä ja taudin etenemisestä riippuen, yhdistettynä samaan soluun tasapainoisia ja epätasapainoisia kromosomipoikkeavuuksia, pistemutaatioita ja epigeneettisiä poikkeavuuksia.

Tässä esitelty projekti on osa kokonaisvaltaista lähestymistapaa lasten hematologisten pahanlaatuisten kasvainten diagnosointiin. Käyttämällä vertailevaa genomista hybridisaatiota mikrosirulla (tai array-CGH:lla) ja transkriptomianalyysillä mikrosirulla, kaksi innovatiivista tekniikkaa genomin ja transkription kattavaan analyysiin, tarjoavat uusia näkökulmia molekyylivirheiden tunnistamiseen. Nämä tekniikat tarjoavat uusia elementtejä akuutin leukemian tunnistamiseen diagnoosin yhteydessä ja voivat tunnistaa uusia ennustetekijöitä potilaiden hoidon optimoimiseksi.

Tässä hankkeessa on mukana sekä lääketieteellisen genetiikan laitos (Prof. N. LEVY) lasten leukemiaan liittyvien genomisten poikkeavuuksien tunnistamisesta, Hospital de la Timonen hematologian laboratorio (prof. Pierre Morange) kasvainsolujen fenotyyppisen karakterisoinnin osalta ja onkohematologian lastenosasto (prof. . Michel Gerard), joka tarjoaa diagnoosin, hoidon, seurannan ja luuytimen hematologisista pahanlaatuisista kasvaimista kärsiville lapsille. Seuraava projekti keskittyy pääasiassa genomisten poikkeavuuksien (deleetiot ja päällekkäisyydet) ja geeniekspression poikkeavuuksien tunnistamiseen, jotta voidaan tunnistaa geneettinen profiili, joka varmistaa paremman luokittelun eri riskiryhmien sisällä.

Ehdottamamme projekti keskittyy genomien poikkeavuuksien tunnistamiseen, genomin tiettyjen alueiden kopioiden lukumäärän muuttamiseen tai heterotsygoottisuuden häviämisen määrittämiseen sekä geenien ilmentymisen tason muutosten tunnistamiseen käyttämällä kahta analyyttistä tekniikkaa, vertailevaa genomista hybridisaatiota. mikrosiruilla (tai array-CGH) ja ilmentymistutkimuksilla mikrosiruilla. Luodut tiedot tunnistavat " molekyyliset allekirjoitukset " , luokittelevat potilaat ennusteen , hoitovasteen vaihteluiden ja eloonjäämisen mukaan .

Tämän projektin omaperäisyys on näiden uusien työkalujen käyttö lasten hematologisten pahanlaatuisten kasvainten diagnosoinnissa. Tämä pilottitutkimus suoritetaan kaupallisen Affymetrixin kanssa, ja siinä kehitetään sirujen "käsittelyä", omistettuja, rikastettuja koettimia, jotka vastaavat leukemogeneesiin osallistuvia geenejä, joilla on suuri erottelukyky näiden allekirjoitusten tunnistamisessa.

Erikoiskirjallisuudessa julkaistut tiedot suurten potilassarjojen tutkimuksesta osoittavat, että mikrosirut tarjoavat tärkeää tietoa potilaiden diagnoosin ja terapeuttisen hoidon kannalta. Tästä syystä toivomme lopulta integroivamme nämä analyysit rutiinidiagnostiikkaan täydentämään muita analyysejä (fenotyypitys, fuusiogeenien tunnistaminen ja sekvensointi) voidaksemme edelleen karakterisoida epänormaalien solujen leukemiaa ja luoda "leukemian henkilökortti".