Implementatie van innovatieve technieken bij routinediagnose van acute leukemie bij kinderen: analyse van genoom en transcriptoom door microarray

Acute leukemieën zijn een heterogene groep maligniteiten die worden gekenmerkt door de abnormale proliferatie van een celkloon in het beenmerg, met als oorsprong een lymfocytische of myeloïde afstamming. Het repertoire van mutaties die de leukemische transformatie bepalen, complex en variabel afhankelijk van het tumortype en de progressie van de ziekte, gecombineerd in dezelfde cel van gebalanceerde en ongebalanceerde chromosomale afwijkingen, puntmutaties en epigenetische afwijkingen.

Het hier gepresenteerde project maakt deel uit van een alomvattende benadering van de diagnose van hematologische maligniteiten bij kinderen. Met behulp van vergelijkende genomische hybridisatie op microarray (of array-CGH) en transcriptoomanalyse door microarray, bieden twee innovatieve technieken voor een uitgebreide analyse van het genoom en transcriptoom nieuwe perspectieven voor het identificeren van moleculaire defecten. Deze technieken bieden nieuwe elementen bij de identificatie van acute leukemie bij diagnose en kunnen nieuwe prognostische factoren identificeren om de zorg voor patiënten te optimaliseren.

Bij dit project zijn zowel de afdeling Medische Genetica (Prof. N. LEVY ) met betrekking tot de identificatie van genomische afwijkingen geassocieerd met kinderleukemie , het Laboratorium voor Hematologie van het Hospital de la Timone (Prof. Pierre Morange ) wat betreft de fenotypische karakterisering van tumorcellen, en de Pediatrische Afdeling Onco - . Michel Gerard) die voorziet in diagnose, behandeling, monitoring en het beenmerg van kinderen met hematologische maligniteiten. Het volgende project is voornamelijk gericht op de identificatie van genomische afwijkingen (deleties en duplicaties) en afwijkingen in genexpressie om een ​​genetisch profiel te identificeren dat een betere classificatie binnen de verschillende risicogroepen mogelijk maakt.

Het project dat we voorstellen is gericht op de identificatie van genomische afwijkingen, het veranderen van het aantal kopieën van bepaalde regio's van het genoom of het bepalen van het verlies van heterozygositeit, en de identificatie van veranderingen in het niveau van genexpressie door gebruik te maken van twee analytische technieken, vergelijkende genomische hybridisatie op microarray (of array-CGH) en expressiestudies met microarrays. De gegenereerde gegevens zullen , voor de identificatie van " moleculaire kenmerken " , de classificatie van patiënten volgens prognose , variaties in behandelingsrespons en overleving .

De originaliteit van dit project ligt in het gebruik van deze nieuwe hulpmiddelen bij de diagnose van hematologische maligniteiten bij kinderen. Deze pilootstudie zal worden uitgevoerd met commerciële Affymetrix, zal de 'verwerking' van de chips ontwikkelen, speciale, verrijkte sondes die overeenkomen met genen die betrokken zijn bij leukemogenese, met een hoog onderscheidend vermogen bij het identificeren van deze handtekeningen.

De in de gespecialiseerde literatuur gepubliceerde gegevens uit de studie van grote series patiënten tonen aan dat microarrays belangrijke informatie verschaffen voor de diagnose en het therapeutisch beheer van patiënten. Het is om deze reden dat we uiteindelijk hopen deze analyses te integreren in routinematige diagnose om andere analyses aan te vullen (fenotypering, identificatie van fusiegenen en sequencing) om de abnormale cellen leukemie verder te karakteriseren en een "identiteitskaart van leukemie" op te stellen.