Implementación de Técnicas Innovadoras en el Diagnóstico de Rutina de Leucemia Aguda Infantil: Análisis de Genoma y Transcriptoma por Micro-array

Las leucemias agudas son un grupo heterogéneo de neoplasias malignas caracterizadas por la proliferación anormal de un clon celular en la médula ósea, de origen linfocitario o mieloide. El repertorio de mutaciones que determinan la transformación leucémica, complejo y variable según el tipo tumoral y la progresión de la enfermedad, combinado en una misma célula de aberraciones cromosómicas equilibradas y desequilibradas, mutaciones puntuales y anomalías epigenéticas.

El proyecto que aquí se presenta es parte de un abordaje integral para el diagnóstico de neoplasias malignas hematológicas en niños. Usando la hibridación genómica comparativa en microarray (o array-CGH) y el análisis de transcriptoma por microarray, dos técnicas innovadoras para un análisis integral del genoma y el transcriptoma, ofrecen nuevas perspectivas para la identificación de defectos moleculares. Estas técnicas aportan nuevos elementos en la identificación de la leucemia aguda al momento del diagnóstico pudiendo identificar nuevos factores pronósticos para optimizar la atención de los pacientes.

Este proyecto involucra tanto al Departamento de Genética Médica (Prof. N. LEVY ) en cuanto a la identificación de anomalías genómicas asociadas a la leucemia infantil , el Laboratorio de Hematología del Hospital de la Timone ( Prof. Pierre Morange ) en cuanto a la caracterización fenotípica de las células tumorales, y el Departamento de Onco - Hematología Pediátrica (Prof. . Michel Gerard) que brinda diagnóstico, tratamiento, seguimiento y la médula ósea de niños con neoplasias hematológicas. El siguiente proyecto se centra principalmente en la identificación de anomalías genómicas (deleciones y duplicaciones) y anomalías en la expresión génica para identificar un perfil genético que garantice una mejor clasificación dentro de los diferentes grupos de riesgo.

El proyecto que proponemos se centra en la identificación de anomalías genómicas, modificando el número de copias de determinadas regiones del genoma o determinando pérdida de heterocigosidad, y la identificación de cambios en el nivel de expresión génica mediante dos técnicas analíticas, la hibridación genómica comparativa en microarrays (o array-CGH) y estudios de expresión con microarrays. Los datos generados permitirán, para la identificación de “firmas moleculares”, la clasificación de los pacientes según pronóstico, variaciones en la respuesta al tratamiento y supervivencia.

La originalidad de este proyecto radica en el uso de estas nuevas herramientas en el diagnóstico de neoplasias hematológicas en niños. Este estudio piloto se realizará con la comercial Affymetrix, se desarrollarán los chips de 'procesamiento', dedicados, enriquecidos con sondas correspondientes a genes implicados en la leucemogénesis, con alto poder discriminatorio en la identificación de estas firmas.

Los datos publicados en la literatura especializada a partir del estudio de grandes series de pacientes muestran que los microarrays aportan información importante para el diagnóstico y manejo terapéutico de los pacientes. Es por ello que al final esperamos integrar estos análisis en el diagnóstico de rutina para complementar otros análisis (fenotipado, identificación de genes de fusión y secuenciación) con el fin de caracterizar mejor las células anormales de la leucemia y establecer una “tarjeta de identidad de la leucemia”.