Implementazione di tecniche innovative nella diagnosi di routine della leucemia acuta infantile: analisi del genoma e del trascrittoma mediante microarray

Le leucemie acute sono un gruppo eterogeneo di tumori maligni caratterizzati dalla proliferazione abnorme di un clone cellulare nel midollo osseo, avente come origine linfocitica o mieloide. Il repertorio di mutazioni che determinano la trasformazione leucemica, complesso e variabile a seconda del tipo tumorale e della progressione della malattia, combina nella stessa cellula aberrazioni cromosomiche equilibrate e sbilanciate, mutazioni puntiformi e anomalie epigenetiche.

Il progetto qui presentato fa parte di un approccio globale alla diagnosi delle neoplasie ematologiche dei bambini. Utilizzando l'ibridazione genomica comparativa su microarray (o array-CGH) e l'analisi del trascrittoma mediante microarray, due tecniche innovative per un'analisi completa del genoma e del trascrittoma, offrono nuove prospettive nell'identificazione dei difetti molecolari. Queste tecniche forniscono nuovi elementi nell'identificazione della leucemia acuta alla diagnosi possono identificare nuovi fattori prognostici per ottimizzare la cura dei pazienti.

Questo progetto coinvolge sia il Dipartimento di Genetica Medica (Prof. N. LEVY ) per quanto riguarda l'identificazione delle anomalie genomiche associate alla leucemia infantile , il Laboratorio di Ematologia dell'Hospital de la Timone ( Prof. Pierre Morange ) per quanto riguarda la caratterizzazione fenotipica delle cellule tumorali, e il Dipartimento di Onco-Ematologia Pediatrica ( Prof. . Michel Gerard) che fornisce la diagnosi, il trattamento, il monitoraggio e il midollo osseo dei bambini con neoplasie ematologiche. Il seguente progetto è focalizzato principalmente sull'identificazione di anomalie genomiche (delezioni e duplicazioni) e anomalie nell'espressione genica per identificare un profilo genetico che garantisca una migliore classificazione all'interno dei diversi gruppi di rischio.

Il progetto che proponiamo è incentrato sull'identificazione di anomalie genomiche , modificando il numero di copie di alcune regioni del genoma o determinando la perdita di eterozigosi , e l'identificazione di cambiamenti nel livello di espressione genica utilizzando due tecniche analitiche, l'ibridazione genomica comparativa su microarray (o array-CGH) e studi di espressione con microarray. I dati generati consentiranno, per l'identificazione delle “firme molecolari”, la classificazione dei pazienti in base a prognosi, variazioni nella risposta al trattamento e sopravvivenza.

L'originalità di questo progetto risiede nell'utilizzo di questi nuovi strumenti nella diagnosi delle neoplasie ematologiche nei bambini. Questo studio pilota sarà condotto con Affymetrix commerciale, svilupperà dei chip 'processing', dedicati, sonde arricchite corrispondenti ai geni coinvolti nella leucemogenesi, con alto potere discriminatorio nell'identificazione di queste firme.

I dati pubblicati nella letteratura specializzata dallo studio di ampie serie di pazienti mostrano che i microarray forniscono informazioni importanti per la diagnosi e la gestione terapeutica dei pazienti. È per questo motivo che alla fine speriamo di integrare queste analisi nella diagnosi di routine per completare altre analisi (fenotipizzazione, identificazione di geni di fusione e sequenziamento) al fine di caratterizzare ulteriormente le cellule anormali della leucemia e stabilire una "carta d'identità della leucemia".