Внедрение инновационных методик в рутинную диагностику острого лейкоза у детей: анализ генома и транскриптома с помощью микрочипа

Острые лейкозы представляют собой гетерогенную группу злокачественных новообразований, характеризующихся аномальной пролиферацией клеточного клона в костном мозге, имеющего лимфоцитарное или миелоидное происхождение. Репертуар мутаций, определяющих лейкемическую трансформацию, сложный и вариабельный в зависимости от типа опухоли и течения заболевания, сочетающийся в одной клетке сбалансированных и несбалансированных хромосомных аберраций, точечных мутаций и эпигенетических аномалий.

Представленный здесь проект является частью комплексного подхода к диагностике онкогематологических заболеваний у детей. Использование сравнительной геномной гибридизации на микрочипах (или массив-CGH) и анализа транскриптома с помощью микрочипов, двух инновационных методов всестороннего анализа генома и транскриптома, открывает новые перспективы в выявлении молекулярных дефектов. Эти методы обеспечивают новые элементы в идентификации острого лейкоза при постановке диагноза, могут выявить новые прогностические факторы для оптимизации ухода за пациентами.

В этом проекте участвуют как кафедра медицинской генетики (проф. Н. ЛЕВИ) по выявлению геномных аномалий, связанных с детской лейкемией, лабораторией гематологии госпиталя де ла Тимон (проф. Пьер Моранж) с точки зрения фенотипической характеристики опухолевых клеток, а также педиатрическим отделением онкогематологии (проф. . Мишель Жерар), который обеспечивает диагностику, лечение, наблюдение и костный мозг у детей с гематологическими злокачественными новообразованиями. Следующий проект в основном сосредоточен на выявлении геномных аномалий (делеций и дупликаций) и аномалий экспрессии генов для определения генетического профиля, обеспечивающего лучшую классификацию в рамках различных групп риска.

Предлагаемый нами проект сосредоточен на выявлении геномных аномалий, изменении количества копий определенных областей генома или определении потери гетерозиготности, а также выявлении изменений уровня экспрессии генов с использованием двух аналитических методов, сравнительной геномной гибридизации. на микрочипах (или массивах-CGH) и исследованиях экспрессии с микрочипами. Сгенерированные данные будут использоваться для идентификации «молекулярных сигнатур», классификации пациентов в соответствии с прогнозом, вариациями ответа на лечение и выживаемостью.

Оригинальность данного проекта заключается в использовании этих новых инструментов в диагностике гемобластозов у ​​детей. Это пилотное исследование будет проведено с коммерческим Affymetrix, будут разработаны чипы «обработки», специализированные, обогащенные зонды, соответствующие генам, участвующим в лейкемогенезе, с высокой дискриминационной способностью при идентификации этих сигнатур.

Опубликованные в специализированной литературе данные исследования больших серий пациентов показывают, что микрочипы дают важную информацию для диагностики и терапевтического лечения пациентов. Именно по этой причине, в конце концов, мы надеемся интегрировать эти анализы в рутинную диагностику, чтобы дополнить другие анализы (фенотипирование, идентификация генов слияния и секвенирование), чтобы дополнительно охарактеризовать аномальные клетки лейкемии и установить «карту личности лейкемии».