Implementering af innovative teknikker i rutinediagnosticering af akut leukæmi i børn: Analyse af genom og transkriptom ved mikroarray

Akutte leukæmier er en heterogen gruppe af maligniteter karakteriseret ved den unormale proliferation af en celleklon i knoglemarven, som har lymfocytisk eller myeloid afstamning som oprindelse. Repertoiret af mutationer, der bestemmer leukæmitransformationen, kompleks og variabel afhængig af tumortype og progression af sygdommen, kombineret i den samme celle af balancerede og ubalancerede kromosomafvigelser, punktmutationer og epigenetiske abnormiteter.

Projektet præsenteret her er en del af en omfattende tilgang til diagnosticering af hæmatologiske maligniteter hos børn. Ved at bruge komparativ genomisk hybridisering på mikroarray (eller array-CGH) og transkriptomanalyse ved mikroarray tilbyder to innovative teknikker til en omfattende analyse af genomet og transkriptomet nye perspektiver, der identificerer molekylære defekter. Disse teknikker giver nye elementer i identifikation af akut leukæmi ved diagnose kan identificere nye prognostiske faktorer for at optimere behandlingen af ​​patienter.

Dette projekt involverer både Institut for Medicinsk Genetik (Prof. N. LEVY) vedrørende identifikation af genomiske abnormiteter forbundet med børneleukæmi, Laboratoriet for Hæmatologi på Hospital de la Timone (Prof. Pierre Morange) med hensyn til den fænotypiske karakterisering af tumorceller, og Onco-hæmatologisk pædiatrisk afdeling (Prof. . Michel Gerard) som giver diagnose, behandling, overvågning og knoglemarv hos børn med hæmatologiske maligniteter. Det følgende projekt er hovedsageligt fokuseret på identifikation af genomiske abnormiteter (deletioner og duplikationer) og abnormiteter i genekspression for at identificere en genetisk profil, der sikrer en bedre klassificering inden for de forskellige gruppers risiko.

Det projekt, vi foreslår, er centreret om identifikation af genomiske abnormiteter, ændring af antallet af kopier af visse områder af genomet eller bestemmelse af tab af heterozygositet, og identifikation af ændringer i niveauet af genekspression ved at bruge to analytiske teknikker, komparativ genomisk hybridisering på mikroarray (eller array-CGH) og ekspressionsundersøgelser med mikroarrays. De genererede data vil, til identifikation af "molekylære signaturer", klassificering af patienter i henhold til prognose, variationer i behandlingsrespons og overlevelse.

Originaliteten af ​​dette projekt ligger i brugen af ​​disse nye værktøjer til diagnosticering af hæmatologiske maligniteter hos børn. Denne pilotundersøgelse vil blive udført med kommercielle Affymetrix, vil udvikle chips 'behandling', dedikerede, berigede prober svarende til gener involveret i leukomogenese, med høj diskriminerende kraft til at identificere disse signaturer.

Data offentliggjort i den specialiserede litteratur fra undersøgelsen af ​​store serier af patienter viser, at mikroarrays giver vigtig information til diagnosticering og terapeutisk behandling af patienter. Det er af denne grund, at vi i sidste ende håber at integrere disse analyser i rutinediagnostik for at komplementere andre analyser (fænotyping, identifikation af fusionsgener og sekventering) for yderligere at karakterisere de unormale celler leukæmi og etablere et "identitetskort for leukæmi.