Wdrożenie innowacyjnych technik w rutynowej diagnostyce ostrej białaczki dziecięcej: analiza genomu i transkryptomu za pomocą mikromacierzy

Ostre białaczki są heterogenną grupą nowotworów charakteryzujących się nieprawidłową proliferacją klonu komórkowego w szpiku kostnym, mającego jako pochodzenie linię limfocytarną lub szpikową. Repertuar mutacji determinujących transformację białaczkową, złożony i zmienny w zależności od typu guza i progresji choroby, łączy w tej samej komórce zrównoważone i niezrównoważone aberracje chromosomalne, mutacje punktowe i nieprawidłowości epigenetyczne.

Przedstawiony projekt jest częścią kompleksowego podejścia do diagnostyki nowotworów hematologicznych u dzieci. Wykorzystując porównawczą hybrydyzację genomową na mikromacierzy (lub macierz - CGH) i analizę transkryptomu za pomocą mikromacierzy, dwie innowacyjne techniki kompleksowej analizy genomu i transkryptomu, oferują nowe perspektywy identyfikacji defektów molekularnych. Techniki te dostarczają nowych elementów w identyfikacji ostrej białaczki w momencie rozpoznania, mogą identyfikować nowe czynniki prognostyczne w celu optymalizacji opieki nad pacjentami.

W projekt ten zaangażowany jest zarówno Zakład Genetyki Medycznej (prof. N. LEVY) dotyczące identyfikacji nieprawidłowości genomowych związanych z białaczką dziecięcą, Laboratorium Hematologii Szpitala de la Timone (prof. Pierre Morange) w zakresie charakterystyki fenotypowej komórek nowotworowych oraz Oddział Onko-Hematologii Pediatrycznej (prof. . Michel Gerard), która zajmuje się diagnostyką, leczeniem, monitorowaniem i szpikiem kostnym dzieci z nowotworami hematologicznymi. Poniższy projekt koncentruje się głównie na identyfikacji nieprawidłowości genomowych (delecje i duplikacje) oraz nieprawidłowości w ekspresji genów w celu identyfikacji profilu genetycznego zapewniającego lepszą klasyfikację w ramach różnych grup ryzyka.

Proponowany przez nas projekt koncentruje się na identyfikacji nieprawidłowości genomowych, zmianie liczby kopii określonych regionów genomu lub określeniu utraty heterozygotyczności oraz identyfikacji zmian w poziomie ekspresji genów za pomocą dwóch technik analitycznych, porównawczej hybrydyzacji genomowej na mikromacierzach (lub macierzach - CGH) i badaniach ekspresji na mikromacierzach. Wygenerowane dane umożliwią identyfikację „sygnatur molekularnych”, klasyfikację pacjentów zgodnie z prognozą, zmiennością odpowiedzi na leczenie i przeżyciem.

Oryginalność tego projektu polega na wykorzystaniu tych nowych narzędzi w diagnostyce nowotworów hematologicznych u dzieci. To badanie pilotażowe zostanie przeprowadzone z komercyjnym Affymetrix, w ramach którego zostaną opracowane chipy „przetwarzające”, dedykowane, wzbogacone sondy odpowiadające genom biorącym udział w leukemogenezie, o dużej mocy dyskryminacyjnej w identyfikacji tych sygnatur.

Publikowane w literaturze specjalistycznej dane z badań dużych grup pacjentów wskazują, że mikromacierze dostarczają ważnych informacji w diagnostyce i postępowaniu terapeutycznym pacjentów. Z tego powodu mamy nadzieję, że ostatecznie włączymy te analizy do rutynowej diagnostyki, aby uzupełnić inne analizy (fenotypowanie, identyfikacja genów fuzyjnych i sekwencjonowanie) w celu dalszego scharakteryzowania nieprawidłowych komórek białaczki i ustalenia „dowodu tożsamości białaczki”.