Studie diagnostické hodnoty „rychlé“ analýzy sekvenování genomu s vysokou propustností v diagnostických nouzových situacích (FASTGEN)

Vzácná onemocnění (postihující méně než jednoho z 2 000 lidí) jsou hlavním problémem veřejného zdraví. Vzácných chorob je asi 8 000 a ve Francii jimi trpí více než 3 miliony lidí. Většina těchto nemocí je diagnostikována u dětí a jsou zodpovědné za 10 % úmrtí před dosažením 5. roku věku. Až 80 % těchto nemocí je považováno za genetického původu. Technologie nové generace vysokokapacitního sekvenování (HTS), které umožňují studium celého genomu jedince, se v posledních letech objevily jako nástroj volby pro studium vzácných onemocnění. Náš tým jako první ve Francii prokázal hodnotu sekvenování exomu (ES: všechny kódující oblasti (exony), představující 1 % celkové velikosti genomu) v diagnostice závažných onemocnění u dětských pacientů, vývojových anomálií a mentálního postižení.

Ačkoli představuje významný pokrok v diagnostice genetických onemocnění, ES poskytuje přispívající výsledek pouze v asi 30 % případů u pacientů bez zjevné klinické diagnózy a s normálním CGH polem. Sekvenování celého genomu (GS) slibuje zlepšení schopnosti studovat příčiny genetických onemocnění s očekávanou diagnostickou mírou 50 až 60 % prostřednictvím současné identifikace bodových variací, CNV a strukturálních variací. Zatímco některé mezinárodní týmy již zavedly GS v diagnostice vzácných onemocnění, pouze dva týmy uvádějí použití tria GS v mimořádných situacích v novorozeneckém období s nízkou výtěžností pro diagnostické použití první linie (31 a 42 %). Je proto nezbytné, aby byly tyto předběžné výsledky porovnány s jinými studiemi, než se bude zvažovat nasazení GS v diagnostických, časných detekčních nebo rychle se vyvíjejících nouzových situacích, jako je novorozenecká resuscitace nebo neurologické potíže u dětí.