Etude de la valeur diagnostique de l'analyse "rapide" du séquençage du génome à haut débit dans les situations d'urgence diagnostique (FASTGEN)

Les maladies rares (affectant moins d'une personne sur 2 000) constituent un enjeu majeur de santé publique. Il existe environ 8 000 maladies rares et elles touchent plus de 3 millions de personnes en France. La plupart de ces maladies sont diagnostiquées chez les enfants et elles sont responsables de 10 % des décès avant l'âge de 5 ans. On pense que jusqu'à 80 % de ces maladies sont d'origine génétique. Les technologies de séquençage à haut débit (HTS) de nouvelle génération, qui permettent l'étude du génome entier d'un individu, se sont imposées ces dernières années comme un outil de choix pour l'étude des maladies rares. Notre équipe a été la première en France à démontrer l'intérêt du séquençage des exomes (ES : toutes les régions codantes (exons), représentant 1% de la taille totale du génome) dans le diagnostic des maladies graves chez les patients pédiatriques, des anomalies du développement et de la déficience intellectuelle.

Bien qu'elle représente une avancée significative dans le diagnostic des maladies génétiques, la SE n'apporte un résultat contributif que dans environ 30% des cas chez les patients sans diagnostic clinique évident et avec un CGH-array normal. Le séquençage du génome entier (GS) promet d'améliorer la capacité d'étudier les causes des maladies génétiques, avec un taux de diagnostic attendu de 50 à 60 % grâce à l'identification concomitante des variations ponctuelles, des CNV et des variations structurelles. Alors que certaines équipes internationales ont déjà mis en place le GS dans le diagnostic des maladies rares, seules deux équipes rapportent l'utilisation du trio GS dans les situations d'urgence en période néonatale, avec un faible rendement pour une utilisation diagnostique en première intention (respectivement 31 et 42 %). Il est donc essentiel que ces résultats préliminaires soient comparés à d'autres études avant d'envisager le déploiement de la SG dans des situations d'urgence diagnostiques, de détection précoce ou évoluant rapidement, telles que la réanimation néonatale ou la détresse neurologique pédiatrique.