Untersuchung des diagnostischen Werts einer „schnellen“ Hochdurchsatz-Genomsequenzierungsanalyse in diagnostischen Notfallsituationen (FASTGEN)

Seltene Krankheiten (von denen weniger als einer von 2.000 Menschen betroffen sind) sind ein großes Problem für die öffentliche Gesundheit. Es gibt etwa 8.000 seltene Krankheiten, von denen in Frankreich mehr als 3 Millionen Menschen betroffen sind. Die meisten dieser Krankheiten werden bei Kindern diagnostiziert und sind für 10 % der Todesfälle vor dem fünften Lebensjahr verantwortlich. Man geht davon aus, dass bis zu 80 % dieser Krankheiten genetischen Ursprungs sind. Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien (HTS) der neuen Generation, die die Untersuchung des gesamten Genoms eines Individuums ermöglichen, haben sich in den letzten Jahren als bevorzugtes Instrument für die Untersuchung seltener Krankheiten herausgestellt. Unser Team war das erste in Frankreich, das den Wert der Exomsequenzierung (ES: alle kodierenden Regionen (Exons), die 1 % der gesamten Genomgröße darstellen) für die Diagnose schwerer Krankheiten bei pädiatrischen Patienten, Entwicklungsanomalien und geistiger Behinderung nachgewiesen hat.

Obwohl es einen erheblichen Fortschritt in der Diagnose genetischer Erkrankungen darstellt, liefert ES bei Patienten ohne offensichtliche klinische Diagnose und mit normalem CGH-Array nur in etwa 30 % der Fälle ein beitragendes Ergebnis. Die Sequenzierung des gesamten Genoms (GS) verspricht eine Verbesserung der Fähigkeit, die Ursachen genetischer Erkrankungen zu untersuchen, mit einer erwarteten Diagnoserate von 50 bis 60 % durch die gleichzeitige Identifizierung von Punktvariationen, CNVs und Strukturvariationen. Während einige internationale Teams bereits GS in der Diagnose seltener Krankheiten implementiert haben, berichten nur zwei Teams über den Einsatz von Trio-GS in Notfallsituationen in der Neugeborenenperiode, mit einer geringen Ausbeute für den Einsatz in der Erstliniendiagnostik (31 bzw. 42 %). Daher ist es wichtig, dass diese vorläufigen Ergebnisse mit anderen Studien verglichen werden, bevor der Einsatz von GS in der Diagnose, Früherkennung oder sich schnell entwickelnden Notfallsituationen wie der Wiederbelebung von Neugeborenen oder neurologischer Belastung bei Kindern in Betracht gezogen wird.