Undersøgelse af den diagnostiske værdi af "hurtig" genomsekventeringsanalyse med høj kapacitet i diagnostiske nødsituationer (FASTGEN)

Sjældne sygdomme (som rammer mindre end én ud af 2.000 mennesker) er et stort folkesundhedsproblem. Der er omkring 8.000 sjældne sygdomme, og de rammer mere end 3 millioner mennesker i Frankrig. De fleste af disse sygdomme diagnosticeres hos børn, og de er ansvarlige for 10 % af dødsfaldene før 5 års alderen. Op til 80 % af disse sygdomme menes at være af genetisk oprindelse. Ny generation af high throughput sequencing (HTS) teknologier, som tillader undersøgelse af et individs hele genom, er dukket op i de senere år som et valgværktøj til undersøgelse af sjældne sygdomme. Vores team var det første i Frankrig til at demonstrere værdien af ​​exome-sekventering (ES: alle kodende regioner (exoner), der repræsenterer 1% af den samlede genomstørrelse) i diagnosticering af alvorlige sygdomme hos pædiatriske patienter, udviklingsmæssige anomalier og intellektuelle handicap.

Selvom det repræsenterer et betydeligt fremskridt i diagnosticeringen af ​​genetiske sygdomme, giver ES kun et bidragende resultat i omkring 30 % af tilfældene hos patienter uden åbenbar klinisk diagnose og med normal CGH-array. Sekvensering af hele genomet (GS) lover at forbedre evnen til at studere årsagerne til genetiske sygdomme, med en forventet diagnostisk rate på 50 til 60% gennem samtidig identifikation af punktvariationer, CNV'er og strukturelle variationer. Mens nogle internationale teams allerede har implementeret GS i diagnosticering af sjældne sygdomme, rapporterer kun to teams brugen af ​​trio GS i nødsituationer i neonatalperioden med et lavt udbytte for førstelinjediagnostisk brug (henholdsvis 31 og 42 %). Det er derfor vigtigt, at disse foreløbige resultater sammenlignes med andre undersøgelser, før man overvejer anvendelsen af ​​GS i diagnostisk, tidlig detektion eller hastigt udviklende nødsituationer, såsom neonatal genoplivning eller pædiatrisk neurologisk nød.