Studio del valore diagnostico dell'analisi "rapida" del sequenziamento del genoma ad alto rendimento in situazioni di emergenza diagnostica (FASTGEN)

Le malattie rare (che colpiscono meno di una persona su 2.000) rappresentano un importante problema di salute pubblica. Le malattie rare sono circa 8.000 e colpiscono più di 3 milioni di persone in Francia. La maggior parte di queste malattie viene diagnosticata nei bambini e sono responsabili del 10% dei decessi prima dei 5 anni. Si ritiene che fino all'80% di queste malattie sia di origine genetica. Le tecnologie di sequenziamento ad alto rendimento (HTS) di nuova generazione, che consentono lo studio dell'intero genoma di un individuo, sono emerse negli ultimi anni come strumento di scelta per lo studio delle malattie rare. Il nostro team è stato il primo in Francia a dimostrare il valore del sequenziamento dell'esoma (ES: tutte le regioni codificanti (esoni), che rappresentano l'1% della dimensione totale del genoma) nella diagnosi di malattie gravi nei pazienti pediatrici, anomalie dello sviluppo e disabilità intellettiva.

Sebbene rappresenti un progresso significativo nella diagnosi delle malattie genetiche, l'ES fornisce un risultato determinante solo nel 30% circa dei casi in pazienti senza diagnosi clinica evidente e con array CGH normale. Il sequenziamento dell'intero genoma (GS) promette di migliorare la capacità di studiare le cause delle malattie genetiche, con un tasso diagnostico previsto dal 50 al 60% attraverso l'identificazione concomitante di variazioni puntiformi, CNV e variazioni strutturali. Mentre alcuni team internazionali hanno già implementato GS nella diagnosi delle malattie rare, solo due team segnalano l'uso del trio GS in situazioni di emergenza nel periodo neonatale, con una bassa resa per uso diagnostico di prima linea (rispettivamente 31 e 42%). È quindi essenziale che questi risultati preliminari vengano confrontati con altri studi prima di considerare l'impiego di GS in situazioni diagnostiche, di diagnosi precoce o di emergenza in rapida evoluzione, come la rianimazione neonatale o il disagio neurologico pediatrico.