Badanie wartości diagnostycznej „szybkiej” analizy sekwencjonowania genomu o wysokiej przepustowości w diagnostycznych sytuacjach awaryjnych (FASTGEN)

Rzadkie choroby (dotykające mniej niż jedną osobę na 2000) stanowią poważny problem zdrowia publicznego. Istnieje około 8 000 rzadkich chorób, które dotykają ponad 3 miliony ludzi we Francji. Większość z tych chorób diagnozuje się u dzieci i są one odpowiedzialne za 10% zgonów przed ukończeniem 5 roku życia. Uważa się, że nawet 80% tych chorób ma podłoże genetyczne. Technologie sekwencjonowania o dużej przepustowości (HTS) nowej generacji, które umożliwiają badanie całego genomu danej osoby, pojawiły się w ostatnich latach jako narzędzie z wyboru do badania rzadkich chorób. Nasz zespół jako pierwszy we Francji wykazał wartość sekwencjonowania egzomu (ES: wszystkie regiony kodujące (eksony), reprezentujące 1% całkowitej wielkości genomu) w diagnostyce ciężkich chorób u pacjentów pediatrycznych, anomalii rozwojowych i niepełnosprawności intelektualnej.

Chociaż stanowi to znaczny postęp w diagnostyce chorób genetycznych, ES zapewnia wynik przyczyniający się tylko w około 30% przypadków u pacjentów bez oczywistej diagnozy klinicznej iz prawidłową macierzą CGH. Sekwencjonowanie całego genomu (GS) obiecuje poprawę możliwości badania przyczyn chorób genetycznych, przy oczekiwanym wskaźniku diagnostycznym wynoszącym od 50 do 60% poprzez jednoczesną identyfikację zmian punktowych, CNV i zmian strukturalnych. Podczas gdy niektóre międzynarodowe zespoły wdrożyły już GS w diagnostyce rzadkich chorób, tylko dwa zespoły zgłaszają zastosowanie trio GS w sytuacjach nagłych w okresie noworodkowym, z niską wydajnością w diagnostyce pierwszego rzutu (odpowiednio 31 i 42%). Dlatego istotne jest, aby te wstępne wyniki porównać z innymi badaniami przed rozważeniem zastosowania GS w diagnostyce, wczesnym wykrywaniu lub szybko rozwijających się sytuacjach nagłych, takich jak resuscytacja noworodków lub pediatryczny stres neurologiczny.