Tutkimus "nopean" suuren suorituskyvyn genomin sekvensointianalyysin diagnostisesta arvosta diagnostisissa hätätilanteissa (FASTGEN)

Harvinaiset sairaudet (joita sairastaa alle yksi 2 000:sta) ovat suuri kansanterveysongelma. Harvinaisia ​​sairauksia on noin 8 000, ja niistä kärsii yli 3 miljoonaa ihmistä Ranskassa. Suurin osa näistä sairauksista diagnosoidaan lapsilla, ja he ovat vastuussa 10 prosentista ennen 5-vuotiaana tapahtuneista kuolemista. Jopa 80 prosentin näistä sairauksista uskotaan olevan geneettistä alkuperää. Uuden sukupolven HTS-teknologiat, jotka mahdollistavat yksilön koko genomin tutkimisen, ovat nousseet viime vuosina valituksi työkaluksi harvinaisten sairauksien tutkimuksessa. Tiimimme osoitti ensimmäisenä Ranskassa eksomien sekvensoinnin (ES: kaikki koodaavat alueet (eksonit), jotka edustavat 1 % koko genomin koosta) arvon lapsipotilaiden vakavien sairauksien, kehityshäiriöiden ja kehitysvammaisten diagnosoinnissa.

Vaikka se edustaa merkittävää edistystä geneettisten sairauksien diagnosoinnissa, ES tarjoaa myötävaikuttavan tuloksen vain noin 30 %:ssa tapauksista potilailla, joilla ei ole ilmeistä kliinistä diagnoosia ja joilla on normaali CGH-ryhmä. Koko genomin sekvensointi (GS) lupaa parantaa kykyä tutkia geneettisten sairauksien syitä. Odotettavissa oleva diagnostinen osuus on 50–60 %, kun samanaikaisesti tunnistetaan pistevariaatioita, CNV:itä ja rakenteellisia muunnelmia. Vaikka jotkin kansainväliset ryhmät ovat jo ottaneet käyttöön GS:n harvinaisten sairauksien diagnosoinnissa, vain kaksi ryhmää raportoi trio GS:n käytön hätätilanteissa vastasyntyneen aikana, ja ensilinjan diagnostisessa käytössä on alhainen tuotto (31 ja 42 prosenttia). Siksi on olennaista, että näitä alustavia tuloksia verrataan muihin tutkimuksiin, ennen kuin harkitaan GS:n käyttöä diagnostisissa, varhaisessa havaitsemisessa tai nopeasti kehittyvissä hätätilanteissa, kuten vastasyntyneiden elvyttämisessä tai lasten neurologisissa häiriötilanteissa.