A „gyors” nagy áteresztőképességű genomszekvenálási elemzés diagnosztikai értékének vizsgálata vészhelyzeti diagnosztikai helyzetekben (FASTGEN)

A ritka betegségek (2000 emberből kevesebb mint egyet érintenek) jelentős népegészségügyi problémát jelentenek. Körülbelül 8000 ritka betegség létezik, és ezek több mint 3 millió embert érintenek Franciaországban. A legtöbb ilyen betegséget gyermekeknél diagnosztizálják, és az 5 éves kor előtti halálozások 10%-áért ők a felelősek. E betegségek 80%-áról feltételezik, hogy genetikai eredetűek. Az elmúlt években a ritka betegségek tanulmányozásának választott eszközeként jelentek meg az új generációs nagy teljesítményű szekvenálási (HTS) technológiák, amelyek lehetővé teszik az egyén teljes genomjának tanulmányozását. Csapatunk Franciaországban elsőként mutatta be az exom szekvenálás (ES: minden kódoló régió (exon), amely a teljes genomméret 1%-át teszi ki) értékét gyermekbetegek súlyos betegségeinek, fejlődési rendellenességeinek és értelmi fogyatékosságának diagnosztizálásában.

Bár jelentős előrelépést jelent a genetikai betegségek diagnosztizálásában, az ES csak az esetek körülbelül 30%-ában biztosít hozzájáruló eredményt olyan betegeknél, akiknek nincs nyilvánvaló klinikai diagnózisa és normális CGH-array-vel rendelkeznek. A teljes genom szekvenálása (GS) azt ígéri, hogy javítja a genetikai betegségek okainak tanulmányozását, a várható diagnosztikai arány 50-60%, a pontvariációk, CNV-k és szerkezeti eltérések egyidejű azonosítása révén. Míg egyes nemzetközi csapatok már bevezették a GS-t a ritka betegségek diagnosztizálásában, csak két csapat számolt be a trió GS használatáról az újszülöttkori vészhelyzetekben, alacsony hozam mellett az első vonalbeli diagnosztikai alkalmazás esetében (31, illetve 42%). Ezért alapvető fontosságú, hogy ezeket az előzetes eredményeket összehasonlítsák más tanulmányokkal, mielőtt fontolóra vennék a GS alkalmazását diagnosztikai, korai felismerés vagy gyorsan fejlődő vészhelyzetekben, például újszülöttkori újraélesztésben vagy gyermekkori neurológiai distresszben.