Vliv variability COVID-19 SARS-CoV-2 u pacientů hospitalizovaných na JIP s těžkým onemocněním (SEVARVIR)

Pozadí: Dopad výskytu variant SARS-CoV-2 na závažnost a klinické výsledky COVID-19 je kontroverzní. Předběžné studie odhadly, že pravděpodobnost úmrtí spojená s variantou obavy (VOC) B.1.1.7, varianta pro Spojené království, je o 55 % vyšší než u již existujících variant. V jiné studii však nebyl nalezen žádný rozdíl. V Brazílii se předpokládá, že infekce VOC P1 je spojena se zvýšenou úmrtností u mladých dospělých. Účinek dalších „variant zájmu“ (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2 nebo nejnovější varianty Omicron) nebo „zájmové varianty“ (A27, B.1.525, atd.) na závažnosti onemocnění a prognóza těžkých forem není známa. Obecněji, zda virologické charakteristiky zahrnující mutační vzory různých virových proteinů (např. Spike, NSP proteiny, ORF6) mohou být spojeny s odlišnou imunitní reakcí a následnou závažností onemocnění, není známo. V příštích měsících se budou v různých geografických oblastech nadále objevovat nové varianty nesoucí stejné nebo nové mutační vzory jako výsledek kolektivního imunitního tlaku vyvolaného přirozenou infekcí a očkováním. Sledování jejich dynamiky v průběhu času a jejich dopadu na závažnost onemocnění je nutné pro zdokonalování národních a mezinárodních politik kontroly nemocí.

V tomto projektu bude provedena velká prospektivní multicentrická observační kohorta podporovaná Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), aby porozuměla vlivu genetické variability SARS-CoV-2 na výsledek onemocnění COVID-19 u pacientů. s těžkým onemocněním. Studie bude zahrnovat kriticky nemocné pacienty hospitalizované pro akutní respirační selhání/syndrom akutní respirační tísně (ARDS) související s COVID-19. Cílem práce bude charakterizovat varianty SARS-CoV-2 nalezené v této populaci v průběhu času a identifikovat a fenotypově charakterizovat specifické mutace/mutační vzorce spojené s různými klinickými výsledky (primární klinický cíl definovaný jako mortalita v den 28). Vliv mutací na virovou infekčnost, citlivost na neutralizační protilátky a schopnost indukovat produkci cytokinů bude hodnocen in vitro a ex-vivo na vhodných modelech dostupných v laboratoři. Kromě úplného sekvenování virového genomu bude naše vlastní metoda metagenomiky brokovnice použita k charakterizaci účinku variací SARS-CoV-2 na profily exprese respirační transkriptomie a vztah s klinickými evolučními profily.

Design studie Prospektivní multicentrická observační kohortová studie

Hlavní cíl: Odhalit vztahy mezi specifickými virovými mutacemi/mutačními vzory a klinickými výsledky COVID-19 u pacientů hospitalizovaných na jednotkách intenzivní péče (JIP) pro akutní respirační selhání po těžké infekci SARS-CoV-2.

Harmonogram studia: Doba zařazení: 24 měsíců; Doba účasti: 28 dní ; Celková doba trvání: 24 měsíců + 28 dní;