COVID-19 SARS-CoV-2 -vaihtelun vaikutus teho-osastolla oleviin sairaalapotilaisiin, joilla on vakava sairaus (SEVARVIR)

Taustaa: SARS-CoV-2-varianttien ilmaantumisen vaikutus COVID-19:n vakavuuteen ja kliinisiin tuloksiin on kiistanalainen. Alustavissa tutkimuksissa arvioitiin, että huolta aiheuttavaan varianttiin (VOC) liittyvän kuoleman todennäköisyys B.1.1.7, Yhdistyneen kuningaskunnan variantti on 55 % korkeampi kuin olemassa oleviin variantteihin liittyvä. Eroa ei kuitenkaan havaittu toisessa tutkimuksessa. Brasiliassa VOC P1 -infektion on oletettu liittyvän lisääntyneeseen kuolleisuuteen nuorilla aikuisilla. Muiden "huolenaiheiden muunnelmien" vaikutus (Beta, B.1.351; Delta, B.1.617.2 tai viimeisimmät Omicron-variantit) tai "kiinnostavat muunnelmat" (A27, B.1.525, jne.) taudin vakavuudesta ja vaikeiden muotojen ennusteesta ei ole tietoa. Yleisemmin ei tiedetä, voisivatko virologiset ominaisuudet, mukaan lukien eri virusproteiinien (esim. Spike, NSP-proteiinit, ORF6) mutaatiomallit liittyä erilaiseen immuunivasteeseen ja sairauden myöhempään vaikeusasteeseen. Seuraavien kuukausien aikana eri maantieteellisillä alueilla ilmaantuu edelleen uusia variantteja, joilla on samat tai uudet mutaatiomallit luonnollisen infektion ja rokotusten aiheuttaman kollektiivisen immuunipaineen seurauksena. Niiden dynamiikkaa ajan mittaan ja niiden vaikutusta taudin vakavuuteen on seurattava kansallisten ja kansainvälisten taudintorjuntapolitiikkojen jalostamiseksi.

Tässä projektissa toteutetaan Assistance Publique-Hôpitaux de Parisin (AP-HP) edistämä laaja potentiaalinen monikeskushavaintokohortti, jonka tarkoituksena on ymmärtää SARS-CoV-2:n geneettisen vaihtelun vaikutusta COVID-19-taudin lopputulokseen potilailla. vakavan sairauden kanssa. Tutkimukseen osallistuu kriittisesti sairaita potilaita, jotka joutuvat sairaalaan COVID-19:ään liittyvän akuutin hengitysvajauksen/akuutin hengitysvaikeusoireyhtymän (ARDS) vuoksi. Työn tavoitteena on karakterisoida tästä populaatiosta ajan mittaan löydetyt SARS-CoV-2-variantit sekä tunnistaa ja fenotyyppisesti karakterisoida spesifisiä mutaatioita/mutaatiomalleja, jotka liittyvät erilaisiin kliinisiin tuloksiin (ensisijainen kliininen päätepiste määritellään kuolleisuudeksi vuorokauden aikana). 28). Mutaatioiden vaikutus viruksen infektiivisyyteen, herkkyyteen neutraloiville vasta-aineille ja kykyyn indusoida sytokiinituotantoa arvioidaan in vitro ja ex vivo vastaavissa laboratoriossa saatavilla olevissa malleissa. Täyspitkän virusgenomin sekvensoinnin lisäksi talon sisäistä haulikon metagenomiikkamenetelmää käytetään karakterisoimaan SARS-CoV-2-variaatioiden vaikutusta hengitysteiden transkriptomisiin ilmentymisprofiileihin ja suhdetta kliinisiin evoluutioprofiileihin.

Tutkimuksen suunnittelu Prospektiivinen monikeskushavaintokohorttitutkimus

Päätavoite: Selvittää tiettyjen virusmutaatioiden/mutaatiomallien ja COVID-19:n kliinisten tulosten välisiä yhteyksiä potilailla, jotka on sairaalahoidossa tehohoitoyksiköissä (ICU) vakavan SARS-CoV-2-infektion aiheuttaman akuutin hengitysvajauksen vuoksi.

Tutkimuksen aikataulu: Osallistumisaika: 24 kuukautta; Osallistumisaika: 28 päivää ; Kokonaiskesto: 24 kuukautta + 28 päivää;